PDB-9j1r: Structure of a triple-helix region of human Collagen type II from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j1r

タイトル

Structure of a triple-helix region of human Collagen type II from Trautec

要素

Triple-helix region of human collagen type II

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Human collagen II / Triple-helix

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Fan, X. / Chu, Y. / Zhai, Y. / Fu, S. / Li, D. / Cao, K. / Feng, P. / Wang, X. / Le, H. / Tang, D. ...

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a triple-helix region of human Collagen type II from Trautec
著者: Fan, X. / Chu, Y. / Zhai, Y. / Fu, S. / Li, D. / Cao, K. / Feng, P. / Wang, X. / Le, H. / Tang, D. / Zhang, F. / Qian, S.

履歴

登録	2024年8月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j1r.cif.gz	57.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j1r.ent.gz	35 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j1r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9j1r_validation.pdf.gz	790.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j1r_full_validation.pdf.gz	790.5 KB	表示
XML形式データ	9j1r_validation.xml.gz	7.1 KB	表示
CIF形式データ	9j1r_validation.cif.gz	9.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/9j1r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/9j1r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9j23C 1k6fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Triple-helix region of human collagen type II

B: Triple-helix region of human collagen type II

C: Triple-helix region of human collagen type II

ヘテロ分子

8.72 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.777, 14.204, 48.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.826, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	Triple-helix region of human collagen type II 分子量: 2876.101 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Crystal-C7:0.2M (NH4)2SO4, 30% PEG4,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→46.62 Å / Num. obs: 11458 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / Num. unique obs: 542 / CC_1/2: 0.826

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1K6F

1k6f

解像度: 1.45→46.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 4.317 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2235	578	5.045 %
R_work	0.1831	10879	-
all	0.185	-	-
obs	-	11457	97.957 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.276 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.422 Å²	-0 Å²	0.234 Å²
2-	-	-1.549 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.446 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→46.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	575	0	5	95	675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	645
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	555
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.951	1.846	907
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.678	1.689	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.837	5	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.089	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.766	10	47
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.482	10	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	112
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	466
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.291	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.428	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.201	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.301	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.173	2.481	346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.129	2.479	346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.283	4.428	430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.293	4.434	431
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.533	2.912	299
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.192	2.921	296
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.153	5.204	475
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.871	5.207	470
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	17.73	31.558	799
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.913	25.479	759
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.489	3	1200

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.488	0.344	63	0.264	756	X-RAY DIFFRACTION	99.3932
1.488-1.528	0.246	30	0.242	796	X-RAY DIFFRACTION	97.8673
1.528-1.573	0.26	25	0.207	723	X-RAY DIFFRACTION	90.4474
1.573-1.621	0.305	39	0.165	702	X-RAY DIFFRACTION	98.5372
1.621-1.674	0.301	21	0.16	721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.674-1.733	0.195	30	0.169	715	X-RAY DIFFRACTION	98.8064
1.733-1.798	0.236	40	0.158	637	X-RAY DIFFRACTION	92.9945
1.798-1.871	0.413	25	0.16	649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.871-1.954	0.322	33	0.161	620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.954-2.05	0.197	30	0.162	579	X-RAY DIFFRACTION	95.3052
2.05-2.16	0.271	30	0.17	556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.291	0.196	36	0.169	550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.291-2.449	0.26	30	0.154	487	X-RAY DIFFRACTION	96.6355
2.449-2.644	0.152	34	0.163	471	X-RAY DIFFRACTION	99.4094
2.644-2.896	0.229	11	0.176	459	X-RAY DIFFRACTION	98.5325
2.896-3.236	0.35	32	0.196	387	X-RAY DIFFRACTION	100
3.236-3.734	0.137	25	0.166	367	X-RAY DIFFRACTION	99.4924
3.734-4.565	0.195	22	0.164	306	X-RAY DIFFRACTION	99.0937
4.565-6.426	0.278	16	0.223	239	X-RAY DIFFRACTION	99.6094
6.426-46.62	0.187	6	0.387	158	X-RAY DIFFRACTION	98.7952

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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