PDB-9j1i: Apo structure of the F2Y224-FtmOx1 mutant with metal Iron

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j1i

タイトル

Apo structure of the F2Y224-FtmOx1 mutant with metal Iron

要素

Verruculogen synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dioxygenase / non-heme / iron dependent

機能・相同性

verruculogen synthase / verruculogen biosynthetic process / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / dioxygenase activity / : / : / Verruculogen synthase

機能・相同性情報

生物種

Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Wang, X.Y. / Wang, J. / Yan, W.P.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Catalysis Science And Technology / 年: 2025
タイトル: Characterizing Y224 conformational flexibility in FtmOx1-catalysis using 19 F NMR spectroscopy.
著者: Wang, X. / Yang, L. / Wang, S. / Wang, J. / Li, K. / Naowarojna, N. / Ju, Y. / Ye, K. / Han, Y. / Yan, W. / Liu, X. / Zhang, L. / Liu, P.

履歴

登録	2024年8月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j1i.cif.gz	273.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j1i.ent.gz	195.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j1i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/9j1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/9j1i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9j1hC 4y5sS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Verruculogen synthase

B: Verruculogen synthase

ヘテロ分子

70.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.443, 45.610, 105.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.020, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Verruculogen synthase / Fumitremorgin biosynthesis protein F 分子量: 35118.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 遺伝子: ftmOx1, ftmF, AFUA_8G00230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WAW9, verruculogen synthase
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM MES pH 6.0 50 mM CoCl2 1.8 M ammonium sulfate PH範囲: 5.6-6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→36.08 Å / Num. obs: 32539 / % possible obs: 99.19 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 35.2 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.0691 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 11.18
反射シェル	解像度: 2.11→2.19 Å / Num. unique obs: 3155 / CC_1/2: 0.686

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Y5S

4y5s

解像度: 2.11→36.08 Å / SU ML: 0.2472 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.4236
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2159	1627	5 %
R_work	0.1722	30904	-
obs	0.1744	32531	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→36.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4501	0	3	222	4726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0074	4612
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8527	6286
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0517	703
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0081	830
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0077	1762

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.11-2.17	0.2993	131	0.2403	2497	X-RAY DIFFRACTION	96.83
2.17-2.24	0.2809	135	0.2219	2564	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.24-2.33	0.2482	135	0.2026	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.33-2.42	0.2594	135	0.1912	2566	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.42-2.53	0.2487	135	0.1906	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.53-2.66	0.2546	135	0.1956	2555	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.66-2.83	0.2487	135	0.191	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.83-3.05	0.2399	137	0.1925	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.27
3.05-3.35	0.2397	134	0.1755	2554	X-RAY DIFFRACTION	99.22
3.35-3.84	0.2001	137	0.1562	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.31
3.84-4.83	0.1622	137	0.1322	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.2
4.83-36.08	0.1918	141	0.1689	2662	X-RAY DIFFRACTION	98.28

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.89513657293	0.902565516673	0.524267984502	2.84344150244	-0.981917760509	3.85467370609	-0.124214820336	0.435765938624	0.206052582914	0.013776276961	0.0290857478576	-0.423823285274	-0.438553716556	0.881890973329	0.0501044837631	0.416998658284	-0.0478403181818	0.114151224063	0.587617411741	-0.127352594332	0.385884892274	1.702	13.739	-46.019
2	0.289090163612	0.326708965274	-0.768208145815	0.354713588818	-0.855538222976	2.08922874963	0.601292387167	0.259046582457	-0.72753720144	-0.754285111956	-0.133249879437	-0.187048545133	0.109179956206	-0.650486955611	-0.419661956055	0.622112023331	0.184753554028	-0.0130526741179	0.715690921734	-0.157791331245	1.10579997466	-1.986	-12.55	-32.065
3	8.97992832332	-0.200639795891	-3.51234639478	6.18864269011	0.466143480654	7.03183575513	-0.913324460762	1.49851641607	-0.930719100813	-0.390041849606	0.0416554842089	-0.427087951394	0.818492254782	-0.204886572162	0.856546399079	0.857104232223	-0.0715774627514	0.0566112688606	0.570786343348	-0.138353151028	0.671843584327	-13.456	-10.005	-37.638
4	2.10169999494	-0.284144660662	0.422320615324	1.08836106575	0.158742846718	2.38798249058	0.0144689834912	0.145573549737	-0.253508946181	-0.120485279392	0.0647467226687	-0.17570394406	0.128851196721	0.171127726643	-0.0749332228321	0.264795451049	-0.019526820666	0.0559853820623	0.281769098813	-0.0345261070412	0.294133497714	-9.245	9.236	-38.475
5	2.75209403778	1.07828578828	2.40041407361	1.60126618501	-0.573404529014	4.05158924749	0.0355114587329	0.345674627257	-0.252736976493	-0.300817246178	0.115740495685	-0.209151867601	-0.00656810821689	0.473263539923	-0.15098286406	0.381522822668	-0.00687414823044	0.0659689415482	0.431984691332	-0.0795789157183	0.273814279764	-8.165	8.652	-52.023
6	1.77634394044	-0.267498159458	0.0997752806963	2.14285276871	0.479198160773	3.06684478203	-0.0469132324761	0.101474174855	-0.231884167032	-0.0417935669095	0.0581812488503	-0.127654553564	0.0856627976686	0.269334877551	0.0065253402218	0.211404063836	-0.0142756441946	0.0307298549964	0.213625114426	-0.0375694284104	0.297389117776	-7.537	9.184	-29.729
7	2.62992957898	-1.48857684505	-2.61414158428	2.12435165554	1.16487860597	3.10892880581	-0.043404835273	-0.940482731934	0.960633044925	0.351211326166	0.319703226219	-0.273308152373	-0.23981678833	0.493947617077	-0.264480776782	0.322061696725	0.0290071587913	-0.0748147340745	0.437178526169	-0.0583925378943	0.379793282124	-4.955	16.343	-14.228
8	4.8774258106	0.181437726932	1.85367148005	1.2616174878	-0.684601672383	3.70509844681	-0.046912099372	-0.194989758635	-0.283938417288	0.0688447595669	0.0404004474093	0.23695885065	0.112259086574	-0.621738863182	-0.0091155550809	0.290423835857	-0.00177068680791	0.0587552491595	0.278626650702	-0.0540169028985	0.353174651669	-40.617	13.67	-14.331
9	6.86057040686	0.707381286057	-3.38707881853	4.09083304519	1.60598845709	2.64176742874	0.786228799672	-0.771714049568	0.97771513603	-0.132755694824	0.119089019963	-0.187126161913	-0.658777561223	0.318772799629	-0.854019840805	0.525184582742	-0.0193390239642	0.0999816337408	0.410192738204	-0.061810285332	0.500747257605	-19.494	27.025	-9.185
10	1.56921576778	-0.639890244251	0.158248261622	1.535117586	-0.121443523622	1.83942356221	-0.0358177031038	0.0130374030368	-0.0158242963308	0.048893504713	0.00803529517778	0.107346512995	-0.0316486536337	-0.167041342903	0.0235228727845	0.235781105326	-0.0263927551637	0.016483055856	0.24976529395	-0.00334417375145	0.284580923246	-30.727	15.055	-21.289
11	3.73771962439	-1.18448853097	0.788723842889	3.58151968822	-0.521744621778	4.6811816815	0.00117163468627	-0.0542536829532	0.292074603418	0.0211694381866	0.0571401145604	0.149435230319	-0.418224745467	-0.137778920659	-0.0640253095405	0.201795557609	0.00215356740076	-0.00754569311676	0.264889115784	-0.0471736616173	0.310332265684	-40.828	24.262	-20.899
12	3.06080864791	-2.37379645843	-1.36200680712	6.05638373701	3.45989205819	3.70964294208	-0.180655217258	-0.274525570663	0.436809034422	0.0900468574326	0.0146549791231	0.0945373586571	-0.22227063102	0.0312314242133	0.147122598425	0.276610559735	-0.00180319154455	-0.0340409869315	0.294884521005	-0.050765323567	0.338452824879	-35.603	24.832	-9.724
13	1.70707498548	0.716841343444	1.3084759963	1.11580753659	-0.420597388366	4.50809820269	0.0775178473487	-0.319658391597	-0.0325435755349	0.346861272585	0.0837591825789	0.0943444320314	-0.165604616664	-0.318009468287	-0.148588048295	0.273586347241	0.016378952157	-0.00162427335276	0.225004223046	-0.0224573734847	0.304556162835	-19.268	9.193	-19.169
14	3.20685145332	-1.05844627177	-0.52625404	2.9834885799	-0.0150075434143	4.62069942696	-0.0203932037553	-0.0402184068668	-0.441578999103	0.0166719137275	0.0284019227576	0.01387754315	0.501724273197	0.225717413061	-0.000653738312801	0.321654930979	-0.0293014597282	-0.0230735934666	0.201101717239	-0.0277964727267	0.386599188271	-20.142	-2.095	-21.173

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 6:50 )	A	6 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 51:59 )	A	51 - 59
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 60:72 )	A	60 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 73:150 )	A	73 - 150
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 151:206 )	A	151 - 206
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 207:274 )	A	207 - 274
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 275:289 )	A	275 - 289
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 6:57 )	B	6 - 57
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 58:76 )	B	58 - 76
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 77:150 )	B	77 - 150
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 151:209 )	B	151 - 209
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 210:225 )	B	210 - 225
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 226:241 )	B	226 - 241
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 242:290 )	B	242 - 290

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)