PDB-9j1h: The binary complex structure of F2Y224-FtmOx1 mutant with alpha-k...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j1h

タイトル

The binary complex structure of F2Y224-FtmOx1 mutant with alpha-ketoglutarate

要素

Verruculogen synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dioxygenase / non-heme / iron dependent

機能・相同性

verruculogen synthase / verruculogen biosynthetic process / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / dioxygenase activity / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / Verruculogen synthase

機能・相同性情報

生物種

Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wang, X.Y. / Wang, J. / Yan, W.P.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Catalysis Science And Technology / 年: 2025
タイトル: Characterizing Y224 conformational flexibility in FtmOx1-catalysis using 19 F NMR spectroscopy.
著者: Wang, X. / Yang, L. / Wang, S. / Wang, J. / Li, K. / Naowarojna, N. / Ju, Y. / Ye, K. / Han, Y. / Yan, W. / Liu, X. / Zhang, L. / Liu, P.

履歴

登録	2024年8月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j1h.cif.gz	275.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j1h.ent.gz	196.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j1h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/9j1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/9j1h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9j1iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Verruculogen synthase

B: Verruculogen synthase

ヘテロ分子

70.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.032, 62.077, 151.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Verruculogen synthase / Fumitremorgin biosynthesis protein F 分子量: 35118.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 遺伝子: ftmOx1, ftmF, AFUA_8G00230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WAW9, verruculogen synthase

-
非ポリマー , 5種, 426分子

#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 100 mM Bis-Tris pH 6.4 50 mM CoCl2 1.8 M ammonium sulfate PH範囲: 6.0-7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.95 Å / Num. obs: 40043 / % possible obs: 99.04 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_rim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 9.28
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / R_merge(I) obs: 0.4696 / Num. unique obs: 3641 / CC_1/2: 0.846 / R_rim(I) all: 0.5454

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→47.95 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 44.63 / 位相誤差: 21.3399
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1935	2009	5.02 %
R_work	0.1721	38034	-
obs	0.1815	40043	98.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4466	0	33	420	4919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4599
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9411	6261
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0515	699
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.016	827
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.0789	1757

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.29	126	0.2648	2376	X-RAY DIFFRACTION	84.46
2.05-2.1	0.2919	137	0.2436	2608	X-RAY DIFFRACTION	91.57
2.1-2.16	0.2767	141	0.2339	2674	X-RAY DIFFRACTION	94.59
2.16-2.23	0.2432	145	0.229	2757	X-RAY DIFFRACTION	95
2.23-2.31	0.2774	142	0.2342	2703	X-RAY DIFFRACTION	94.98
2.31-2.4	0.2249	143	0.234	2710	X-RAY DIFFRACTION	94.95
2.4-2.51	0.2302	143	0.2221	2718	X-RAY DIFFRACTION	94.97
2.51-2.65	0.2408	142	0.215	2711	X-RAY DIFFRACTION	94.99
2.65-2.81	0.2434	146	0.2084	2770	X-RAY DIFFRACTION	94.96
2.81-3.03	0.2227	144	0.1948	2728	X-RAY DIFFRACTION	94.92
3.03-3.33	0.1992	144	0.1657	2753	X-RAY DIFFRACTION	95
3.33-3.82	0.1653	147	0.1472	2778	X-RAY DIFFRACTION	94.91
3.82-4.81	0.146	148	0.1287	2815	X-RAY DIFFRACTION	94.91
4.81-47.95	0.1811	155	0.1618	2939	X-RAY DIFFRACTION	94.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.59674850239	0.602113343528	0.480570659541	2.12954597108	0.0928122193711	1.63886394913	-0.0798169552764	0.121543506418	-0.162427662791	-0.317230553981	0.0381991216015	-0.182411707084	0.163938555742	0.0581450321255	0.0432285802929	0.254904095099	0.0564684330329	0.0143235647532	0.12034451513	-0.0314411351162	0.324918679768	36.878291173	-11.4470632117	7.79701308199
2	0.498108964797	-0.611061931423	-0.593703311148	1.67279659752	-1.63304218123	6.71564117096	0.0378076644469	-0.0803001204851	-0.0652506718434	0.0430980889741	-0.0287711445982	-0.132663012764	-0.055806548604	0.163774778316	-0.015211615828	0.133542866846	-0.0320500007727	-0.0111108421176	0.16371125712	0.0180066424686	0.334034579055	39.8253371756	-1.43451122787	20.6131661057
3	0.672285332841	0.400713363789	-0.14543971392	2.23020822882	-0.265145069227	0.986772364703	0.0238190931006	-0.0864740365391	-0.238238940546	-0.121777526476	0.0134572327368	-0.0290520166878	0.206884230271	-0.0099913933888	-0.0498480778449	0.223016105626	-0.0196156738479	-0.0459355930629	0.140936015324	0.0128652236722	0.369513597655	28.4085774567	-9.9246778057	15.307275557
4	2.56421280759	2.94970713294	-0.700656701004	3.64590001242	-0.550307918016	1.80454417555	0.162482400964	-0.44659214227	0.0639632787941	0.239135895755	0.131224495225	-0.0871334165324	0.320046748356	0.00127115023304	-0.252810023715	0.495979450761	0.0141700946235	-0.0359465136668	0.171679288172	0.0770466960997	0.370687895213	23.6146811489	-23.3110521452	21.4303853957
5	1.62974384937	0.626321059869	-0.0853416646997	2.50076321705	-0.945672544513	1.63527255279	-0.090830889406	0.210490759991	-0.00785866403149	-0.0122229288505	0.0299202384897	-0.352647256878	0.340324478831	0.0934301195638	0.0412997584919	0.309861222116	0.019633819123	-0.0424671461593	0.123219879065	-0.0361264066419	0.393667316037	31.6489422538	-15.1127182699	12.9740897892
6	0.66403739209	-0.927640687295	-0.0638418052647	2.323106666	-0.326819230897	1.35207775746	0.123292799658	-0.020750807306	-0.188544419064	-0.169176913685	-0.00877647621652	-0.0413874879824	0.0728977662086	0.00244112339301	-0.111447247668	0.149075241953	-0.0367462219662	-0.0248905071949	0.132732855771	-0.00989091590099	0.271479357438	32.6658376869	3.17892751975	13.349849299
7	2.65612252542	-0.0473609199751	-1.82045790462	2.47453648281	-0.0452349993302	3.89987901641	0.216337339951	0.017056215355	0.514661800208	-0.196027962107	-0.110605349041	-0.118081159955	-0.388958667749	0.0985537867997	-0.111778070686	0.204689964916	-0.0117900984138	-0.0227015709725	0.135914052733	0.0414651040566	0.340307529757	27.815404703	18.678163944	7.91972525649
8	3.1608487099	0.54118673193	-0.261731416564	1.72399353928	0.176602662544	1.08080572679	0.0433443572568	-0.493320904845	0.193044617822	0.263643284256	-0.0148621016145	0.460281729613	-0.108318204113	-0.224522139267	-0.00717175050323	0.18662387594	0.0422994538265	0.0512316516706	0.306267346456	0.0144257481338	0.344894000423	3.22783216925	20.4822267127	31.4520576591
9	0.404709813233	-0.0733584359863	-0.359185053154	4.67505381857	2.22536309261	1.31658634758	0.591238885839	0.325829384257	0.527985441415	0.320919366062	-0.675489685708	0.332179796904	-0.595255481677	-0.549413399529	0.0871014433659	0.770342204342	0.106894722628	-0.135614606567	0.479015554004	-0.0809869003674	0.452483082571	15.9703063796	26.494901028	5.87778172001
10	4.12132416161	1.616866332	1.81349263084	0.662512758197	0.970510853559	3.16720064289	0.0405713456291	0.816457330972	-0.24930662287	-0.542953149464	-0.0551479501332	-0.110036821254	0.104805934127	0.527764827676	0.0451532008543	1.01819828497	-0.155047268868	0.460056793129	0.574181125578	-0.194189905679	0.62783971975	6.94234803901	28.7981377625	7.41240724281
11	1.94163714118	-0.932542195152	-0.0607784178403	2.31386009017	-0.565569628431	1.94366301312	-0.0182687997723	-0.251760745917	0.00612376633481	0.0139102019861	0.0843187155816	0.0605119815619	-0.0340062890619	-0.124424203206	-0.0719300695002	0.0819665410219	-0.0105584333345	-0.0064189471673	0.203222386905	-0.00691891730579	0.265178750331	13.9032748571	18.4280758224	26.6147130309
12	2.24283336632	0.225256870795	0.107573888874	0.407088994805	-0.162056230539	0.762571193186	0.0174427408928	0.110982613735	-0.085606114808	-0.0997193310758	0.0479127761933	0.155208426536	0.00644534598886	-0.229998782006	-0.0497818831264	0.154578934812	-0.0228440335711	-0.0151043705803	0.287324927354	0.0768112104583	0.408047281316	0.294159289771	12.7730510721	20.2551722431
13	5.13519575772	-3.17103257259	2.2055427951	5.65829022849	-0.111263281667	2.1904182412	-0.0214224170458	0.0959938408609	0.452281501383	-0.465364560956	-0.408802478832	0.415076904563	-0.25464896112	-0.157843193773	0.257470208559	0.36211358617	0.21431526983	0.122296357388	0.773607911468	0.521068107241	0.984349227409	-6.35828517477	32.3410945163	14.3632096554
14	1.62294204856	-0.959552099889	0.351722030656	2.00189094356	-0.153522119822	0.858111879808	-0.0429070434601	-0.297636831874	0.0162363758701	0.0295287175851	0.114623987597	-0.0407920733184	-0.0586109045506	0.049071277361	-0.0674519972177	0.12529134167	-0.0182072420765	0.00394396734405	0.20297817801	-0.00576006007373	0.263128209487	25.0328046618	14.4489700167	26.6432644765

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain A and resid 6:58)	A	A	6 - 58	1 - 53
2	2	(chain A and resid 59:93)	A	A	59 - 93	54 - 88
3	3	(chain A and resid 94:174)	A	A	94 - 174	89 - 169
4	4	(chain A and resid 175:188)	A	A	175 - 188	170 - 183
5	5	(chain A and resid 189:209)	A	A	189 - 209	184 - 204
6	6	(chain A and resid 210:268)	A	A	210 - 268	205 - 263
7	7	(chain A and resid 269:289)	A	A	269 - 289	264 - 284
8	8	(chain B and resid 6:54)	B	F	6 - 54	1 - 49
9	9	(chain B and resid 55:68)	B	F	55 - 68	50 - 63
10	10	(chain B and resid 69:73)	B	F	69 - 73	64 - 65
11	11	(chain B and resid 74:120)	B	F	74 - 120	66 - 112
12	12	(chain B and resid 121:208)	B	F	121 - 208	113 - 200
13	13	(chain B and resid 209:216)	B	F	209 - 216	201 - 208
14	14	(chain B and resid 217:289)	B	F	217 - 289	209 - 281

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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