PDB-9j11: Structure of mEos3.2 in the green fluorescent state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j11

タイトル

Structure of mEos3.2 in the green fluorescent state

要素

Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Green-to-red photoconvertible fluorescent protein

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

機能・相同性情報

生物種

Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Zheng, S.P. / Shi, X.R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the fast maturation of pcStar, a photoconvertible fluorescent protein.
著者: Zheng, S. / Shi, X. / Lin, J. / Yang, Y. / Xin, Y. / Bai, X. / Zhu, H. / Chen, H. / Wu, J. / Zheng, X. / Lin, L. / Huang, Z. / Yang, S. / Hu, F. / Liu, W.

履歴

登録	2024年8月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j11.cif.gz	201.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j11.ent.gz	158.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j11.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/9j11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/9j11	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9j0qC 9j0rC 5oozS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (5)
#42 - 2003年6月
緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein)
類似性 (4)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

B: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

ヘテロ分子

57.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.357, 82.392, 61.775
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP 分子量: 28542.238 Da / 分子数: 2 / 変異: N11K,E70K,H74N,I102N,H121Y,V123T,T158E,Y189A / 由来タイプ: 組換発現詳細: Fusion protein: ...詳細: Fusion protein: MGSSHHHHHHSQDPLEVLFQGPEFMSAIKPDMKIKLRMEGNVNGHHFVIDGDGTGKPFEGKQSMDLEVKEGGPLPFAFDILTTAFHYGNRVFAKYPDNIQDYFKQSFPKGYSWERSLTFEDGGICNARNDITMEGDTFYNKVRFYGTNFPANGPVMQKKTLKWEPSTEKMYVRDGVLTGDIEMALLLEGNAHYRCDFRTTYKAKEKGVKLPGAHFVDHCIEILSHDKDYNKVKLYEHAVAHSGLPDNARR 由来: (組換発現) Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5S6Z9
#2: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate, pH 6.0, 30% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→48.73 Å / Num. obs: 43073 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / Num. unique obs: 6286 / CC_1/2: 0.842

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OOZ

5ooz

解像度: 1.85→28.64 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 17.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184	1903	4.64 %
R_work	0.1533	-	-
obs	0.1548	41044	95.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→28.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3500	0	0	431	3931

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3611
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.462	4867
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.436	483
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	493
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	631

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.2502	125	0.1976	2522	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9-1.95	0.2044	123	0.1895	2622	X-RAY DIFFRACTION	89
1.95-2	0.2131	122	0.1695	2640	X-RAY DIFFRACTION	91
2-2.07	0.191	134	0.1636	2723	X-RAY DIFFRACTION	93
2.07-2.14	0.2026	133	0.161	2746	X-RAY DIFFRACTION	94
2.14-2.23	0.1998	135	0.151	2782	X-RAY DIFFRACTION	95
2.23-2.33	0.1988	136	0.1596	2801	X-RAY DIFFRACTION	96
2.33-2.45	0.2113	141	0.1623	2813	X-RAY DIFFRACTION	97
2.45-2.61	0.183	140	0.1567	2869	X-RAY DIFFRACTION	98
2.61-2.81	0.1605	141	0.1481	2877	X-RAY DIFFRACTION	98
2.81-3.09	0.1939	142	0.1476	2904	X-RAY DIFFRACTION	99
3.09-3.54	0.1923	142	0.1395	2913	X-RAY DIFFRACTION	99
3.54-4.45	0.1453	143	0.1341	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
4.45-28.64	0.181	146	0.1635	2987	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7984	-0.4566	0.2404	2.0392	0.1747	1.9479	0.0088	-0.5202	-0.178	0.2235	0.0272	-0.029	0.0189	0.0291	-0.0367	0.1598	-0.01	-0.0101	0.1443	0.0028	0.1207	0.2381	22.3059	-9.1096
2	4.1839	0.5686	0.3986	3.1946	0.48	2.8775	-0.0376	0.0035	-0.1971	0.0612	-0.0329	0.3168	0.0805	-0.3323	0.0732	0.1083	-0.0065	0.0172	0.1509	-0.0126	0.1582	-13.9532	16.8056	-17.3215
3	6.9457	3.3135	-7.4518	2.1445	-3.1831	8.2338	-0.133	-0.1445	-0.5455	-0.1262	-0.0625	-0.2436	0.2782	0.0954	0.3317	0.164	0.0078	-0.0232	0.1651	-0.0032	0.1945	1.2057	14.3736	-18.1693
4	5.2464	1.4646	-5.9665	1.6835	-1.3124	6.8477	-0.2278	-0.3816	-0.5857	0.077	0.0073	-0.0646	0.3562	0.1657	0.2066	0.1618	-0.0034	-0.0436	0.2129	-0.0031	0.1635	-0.4793	14.9455	-9.6558
5	3.2579	0.2304	-0.3178	2.0385	-0.0148	1.3608	-0.0272	0.1585	-0.008	-0.2715	0.0852	-0.2189	-0.0313	0.1375	-0.0706	0.1272	0.0177	0.0183	0.1339	-0.0148	0.1115	3.3726	22.4117	-25.6953
6	5.4197	2.1605	-0.4933	3.697	-0.3397	3.3597	-0.0362	-0.0032	-0.2144	-0.116	0.0045	-0.0161	0.1199	-0.0599	0.0277	0.1204	0.0361	-0.0064	0.114	-0.0336	0.1194	-3.6636	16.3094	-24.2501
7	5.4741	2.2503	2.0129	4.1655	1.5911	3.3385	-0.1561	-0.125	0.4109	-0.0447	0.0099	0.1196	-0.2302	0.0042	0.1783	0.11	0.0249	0.0274	0.0978	-0.0033	0.1072	-3.0876	28.8126	-16.7771
8	5.5116	-0.1424	-0.4315	0.9846	-0.0908	1.3166	-0.0408	-0.3441	-0.0004	0.1932	0.0528	0.0296	0.0024	-0.0661	-0.0137	0.2144	0.0076	0.0169	0.1436	0.007	0.1355	-11.3707	46.7563	-6.9948
9	6.4918	-1.6797	-3.4838	3.6814	0.5127	6.8823	-0.1799	0.096	-0.0676	-0.0897	-0.024	-0.286	0.1226	0.2527	0.1801	0.1754	-0.0062	-0.0311	0.1658	0.0055	0.1663	4.3614	52.626	-18.3186
10	4.3243	0.2371	1.5183	1.0568	0.0281	2.6723	-0.0783	-0.2164	0.1362	0.0867	0.0974	0.1013	-0.1492	-0.2567	0.0113	0.1536	0.0182	0.0231	0.1177	0.0028	0.1158	-13.7112	53.6013	-12.1875
11	5.5051	4.8185	-0.8856	6.5734	0.0892	1.8478	-0.0642	0.1456	0.0682	-0.3113	0.0992	0.0708	-0.0076	-0.0447	-0.0482	0.1752	0.0131	-0.0182	0.1512	0.0192	0.1068	-10.5842	51.1459	-24.1892
12	4.9729	1.0495	-0.1649	1.5897	-0.4725	3.2402	0.072	-0.0506	0.1313	0.0174	-0.0408	0.0448	-0.0831	-0.0766	-0.0034	0.1673	0.0382	0.0042	0.0844	0.0181	0.1092	-8.9849	55.2474	-20.5304
13	5.5835	2.1068	-2.3633	3.7969	-1.3553	2.9206	-0.2477	-0.1386	-0.4463	-0.0906	-0.0318	-0.0871	0.2887	0.0357	0.2942	0.1492	0.0102	-0.0011	0.105	-0.0166	0.1194	-9.0223	41.4475	-15.2804

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 60 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 61 through 86 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 87 through 110 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 111 through 123 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 124 through 163 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 164 through 189 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 190 through 219 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 65 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 66 through 79 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 80 through 135 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 136 through 163 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 164 through 189 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 190 through 219 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)