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- PDB-9j0u: Crystal structure of monomeric PLP-dependent transaminase from De... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j0u
タイトルCrystal structure of monomeric PLP-dependent transaminase from Desulfobacula toluolica in F 41 3 2 space group
要素Dat: predicted D-alanine aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / DAAT / D-amino acid transaminase / PLP / TA / monomeric TA
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine-2-oxoglutarate aminotransferase activity / carboxylic acid biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / : / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV
類似検索 - ドメイン・相同性
branched-chain-amino-acid transaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfobacula toluolica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Matyuta, I.O. / Bakunova, A.K. / Nikolaeva, A.Y. / Rakitina, T.V. / Bezsudnova, E.Y. / Popov, V.O. / Boyko, K.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2024
タイトル: From Structure to Function: Analysis of the First Monomeric Pyridoxal-5'-Phosphate-Dependent Transaminase from the Bacterium Desulfobacula toluolica .
著者: Bakunova, A.K. / Matyuta, I.O. / Nikolaeva, A.Y. / Rakitina, T.V. / Boyko, K.M. / Popov, V.O. / Bezsudnova, E.Y.
履歴
登録2024年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年12月25日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 2.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dat: predicted D-alanine aminotransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2851
ポリマ－32,2851
非ポリマー00
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)250.089, 250.089, 250.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132

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要素

#1: タンパク質 Dat: predicted D-alanine aminotransferase


分子量: 32285.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfobacula toluolica (バクテリア)
遺伝子: dat, TOL2_C39420 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K0NPP0, D-amino-acid transaminase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.8 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 400mM NaNitrate, 0.1M Bis-tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.89999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→144.39 Å / Num. obs: 21699 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 66.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.192 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 17.3 / Num. measured all: 1452550
反射 シェル解像度: 2.58→2.69 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 37.6 % / Rmerge(I) obs: 9.059 / Num. measured all: 97661 / Num. unique obs: 2594 / CC1/2: 0.446 / Rpim(I) all: 1.437 / Rrim(I) all: 9.174 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I) obs: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.58→88.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 26.494 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25274 1096 5.1 %RANDOM
Rwork0.20912 ---
obs0.21116 20573 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 98.156 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.58→88.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2238 0 15 15 2268
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0122291
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.4741.6353094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.1735285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.08621.565115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.40515418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.331517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2930.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.021689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.2287.0711143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.13110.6011427
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.5537.461147
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.75295.8013308
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.647 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 87 -
Rwork0.393 1493 -
obs--99.94 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.389 Å / Origin y: -45.5359 Å / Origin z: -65.285 Å
111213212223313233
T0.4224 Å20.0477 Å20.0183 Å2-0.1318 Å20.0475 Å2--0.2051 Å2
L0.4627 °20.055 °2-0.2281 °2-1.653 °2-0.5355 °2--0.3564 °2
S-0.1441 Å °0.1793 Å °0.1452 Å °0.2826 Å °0.3035 Å °-0.0574 Å °0.0446 Å °-0.174 Å °-0.1594 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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