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- PDB-9j0s: CRYSTAL STRUCTURE OF A NOVEL ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM KLEBSIEL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j0s
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A NOVEL ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM KLEBSIELLA PNEUMONIAE WITH LIGAND
要素Aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / catalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+)
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Zhang, J. / Han, Y. / LIu, W.D. / Zhang, W.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2025
タイトル: Aldehyde Dehydrogenase from Klebsiella pneumoniae: A Robust Biocatalyst for Preparing Heteroatom-Containing Carboxylic Acids
著者: Han, Y. / Geng, N. / Sha, J. / Li, H. / You, C. / Liu, W. / Zhang, J. / Shi, J. / Wu, X. / Zhang, W.
履歴
登録2024年8月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
C: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,9088
ポリマ－210,9344
非ポリマー2,9744
水1,29772
1
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,9544
ポリマ－105,4672
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area34960 Å2
手法PISA
2
C: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,9544
ポリマ－105,4672
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area35130 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14170 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area65860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.150, 144.774, 150.239
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family protein / Putative aldehyde dehydrogenase


分子量: 52733.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for Klebsiella pneumoniae (573) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID A0A069Q1D5.
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: yfmT, xylC_1, CAZ10_02010, DT376_04100, IPC1295_07430, NCTC13621_03651, PAERUG_P19_London_7_VIM_2_05_10_05035
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A069Q1D5, aldehyde dehydrogenase (NAD+), benzaldehyde dehydrogenase (NAD+)
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MMT, 25% PEG1500, 10% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17UM / 波長: 0.979176 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979176 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→48.36 Å / Num. obs: 51167 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.88→2.97 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4372 / CC1/2: 0.475

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21_5207: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.88→48.36 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 25.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 2556 5.01 %
Rwork0.2074 --
obs0.21 51066 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→48.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13470 0 158 72 13700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00614026
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14219121
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8771976
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0612163
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0152508
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.88-2.980.33422500.30754796X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.10.35972610.27754762X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.240.30362490.25354785X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.410.29232520.23384836X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.630.26782530.2174803X-RAY DIFFRACTION100
3.63-3.910.27862450.2094815X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.30.22742600.18664844X-RAY DIFFRACTION100
4.3-4.920.20192560.16394860X-RAY DIFFRACTION100
4.92-6.20.25792620.19584902X-RAY DIFFRACTION100
6.2-48.360.24152680.18715107X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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