PDB-9j0k: An agonist(compound 14e)of Thyroid Hormone Receptor B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j0k

タイトル

An agonist(compound 14e)of Thyroid Hormone Receptor B

要素

Nuclear receptor coactivator 2
Thyroid hormone receptor beta

キーワード

TRANSCRIPTION / Thyroid Hormone Receptor B / agonist / resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / thyroid hormone binding / retinal cone cell development / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / type I pneumocyte differentiation ...retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / thyroid hormone binding / retinal cone cell development / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / type I pneumocyte differentiation / regulation of heart contraction / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / transcription regulator inhibitor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / positive regulation of adipose tissue development / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / nuclear receptor binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / sensory perception of sound / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Nuclear Receptor transcription pathway / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / cell differentiation / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / nuclear body / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.698 Å

データ登録者

Yao, B. / Li, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of a Potent, Selective, and Multiple His435 Mutation-Sensitive Thyroid Hormone Receptor beta Agonist.
著者: Li, Q. / Yao, B. / Zhao, S. / Lu, Z. / Wu, X. / Lu, Z. / Wu, T. / Li, J. / Chen, X. / Chen, Z. / Zhang, C. / Wu, D. / Zhang, Y. / Xiang, Q. / Li, Y. / Xu, Y.

履歴

登録	2024年8月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9j0k.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/9j0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/9j0k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9ix5C C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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#258 - 2021年6月
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ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
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アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (20)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (6)
#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (2)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (4)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (2)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (2)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Thyroid hormone receptor beta

B: Thyroid hormone receptor beta

C: Nuclear receptor coactivator 2

D: Nuclear receptor coactivator 2

ヘテロ分子

62.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Thyroid hormone receptor beta

C: Nuclear receptor coactivator 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
31.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Thyroid hormone receptor beta

D: Nuclear receptor coactivator 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.552, 82.552, 211.698
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

#1: タンパク質	Thyroid hormone receptor beta / Nuclear receptor subfamily 1 group A member 2 / c-erbA-2 / c-erbA-beta 分子量: 29410.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THRB, ERBA2, NR1A2, THR1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10828
#2: タンパク質・ペプチド	Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2 分子量: 1464.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCOA2, BHLHE75, SRC2, TIF2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物	ChemComp-A1EAE / 2-[[7-[3-(aminomethyl)phenoxy]-1-methoxy-4-oxidanyl-isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid 分子量: 397.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₉N₃O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.7 and 13% v/v 1,4-Dioxane

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.698→50 Å / Num. obs: 21049 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.115 / Χ²: 0.969 / Net I/σ(I): 6.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.7-2.75	13.5	1.332	1024	0.829	0.952	0.375	1.385	0.894	100
2.75-2.8	13.4	1.017	1019	0.916	0.978	0.288	1.058	0.913	100
2.8-2.85	13.2	0.852	1043	0.912	0.977	0.243	0.887	0.914	100
2.85-2.91	13.1	0.698	1007	0.933	0.982	0.2	0.726	0.928	100
2.91-2.97	12.9	0.63	1030	0.955	0.988	0.182	0.656	0.936	100
2.97-3.04	12.7	0.53	1019	0.959	0.989	0.154	0.552	1.016	100
3.04-3.12	12	0.401	1030	0.975	0.994	0.121	0.419	0.94	100
3.12-3.2	12.5	0.309	1040	0.982	0.995	0.091	0.322	0.985	100
3.2-3.3	13.1	0.242	1043	0.989	0.997	0.069	0.252	0.997	100
3.3-3.4	13.4	0.203	1023	0.99	0.997	0.058	0.211	1.016	100
3.4-3.52	13.3	0.166	1033	0.992	0.998	0.047	0.173	1.035	100
3.52-3.66	13.1	0.142	1056	0.994	0.999	0.041	0.148	1.031	100
3.66-3.83	13	0.129	1031	0.99	0.998	0.037	0.134	1.056	100
3.83-4.03	12.1	0.112	1063	0.995	0.999	0.034	0.117	1.025	100
4.03-4.29	12.2	0.105	1048	0.995	0.999	0.031	0.109	1.015	100
4.29-4.62	13.2	0.1	1072	0.995	0.999	0.028	0.104	1.011	100
4.62-5.08	13	0.097	1067	0.993	0.998	0.028	0.101	0.974	100
5.08-5.81	12.1	0.095	1084	0.993	0.998	0.028	0.1	0.915	100
5.81-7.32	11.9	0.089	1112	0.996	0.999	0.027	0.093	0.885	100
7.32-10	10.4	0.083	1205	0.996	0.999	0.028	0.088	0.894	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.698→45.019 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.868 / SU B: 28.848 / SU ML: 0.281 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.87 / ESU R Free: 0.363 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2748	930	4.746 %
R_work	0.2235	18665	-
all	0.226	-	-
obs	-	19595	93.261 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.444 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.444 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.887 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.698→45.019 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4015	0	58	57	4130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	4158
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.017	0.015	3965
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.775	1.641	5622
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.763	1.579	9141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.343	5	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.144	22.549	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.033	15	728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.282	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4574
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	904
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	987
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.241	0.2	3939
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	2053
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.018	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.298	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.297	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.54	3.36	2024
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.541	3.36	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.284	5.012	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.284	5.013	2517
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.441	3.69	2134
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.441	3.692	2135
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.185	5.434	3106
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.185	5.436	3107
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.559	38.331	4713
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.559	38.332	4714

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.698-2.768	0.474	32	0.284	635	X-RAY DIFFRACTION	43.9684
2.768-2.844	0.304	44	0.278	965	X-RAY DIFFRACTION	67.582
2.844-2.926	0.342	57	0.264	1312	X-RAY DIFFRACTION	95.9355
2.926-3.016	0.299	51	0.249	1328	X-RAY DIFFRACTION	99.6387
3.016-3.115	0.254	58	0.247	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.115-3.224	0.283	70	0.242	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
3.224-3.346	0.28	60	0.244	1215	X-RAY DIFFRACTION	100
3.346-3.482	0.339	65	0.253	1154	X-RAY DIFFRACTION	99.918
3.482-3.637	0.339	57	0.236	1128	X-RAY DIFFRACTION	99.9157
3.637-3.814	0.26	47	0.234	1071	X-RAY DIFFRACTION	100
3.814-4.02	0.28	53	0.201	1045	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-4.263	0.255	50	0.191	977	X-RAY DIFFRACTION	100
4.263-4.556	0.204	50	0.174	924	X-RAY DIFFRACTION	100
4.556-4.92	0.247	37	0.189	875	X-RAY DIFFRACTION	100
4.92-5.388	0.253	49	0.21	792	X-RAY DIFFRACTION	100
5.388-6.021	0.315	50	0.221	720	X-RAY DIFFRACTION	100
6.021-6.946	0.223	38	0.204	659	X-RAY DIFFRACTION	100
6.946-8.492	0.206	23	0.186	577	X-RAY DIFFRACTION	100
8.492-11.946	0.186	29	0.167	451	X-RAY DIFFRACTION	98.9691
11.946-45.019	0.416	10	0.351	286	X-RAY DIFFRACTION	96.732

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2567	-0.0169	-0.968	0.6437	0.5754	1.3169	-0.0018	0.2078	-0.1438	0.0693	-0.0982	0.0372	-0.1073	-0.0284	0.1	0.2371	0.0885	-0.0683	0.286	0.0228	0.0878	9.4937	26.1625	18.1392
2	2.4724	-1.0744	0.0069	1.361	1.211	2.1491	0.361	0.0619	-0.0813	-0.1951	-0.3351	-0.0686	-0.365	-0.2278	-0.0258	0.4262	0.0703	-0.0019	0.3516	0.1462	0.0676	-15.8339	53.6167	45.0971
3	6.7475	-0.6801	0.2127	8.8964	-1.5552	4.8704	-0.2495	0.1604	-0.4199	0.2232	0.3477	-0.218	0.1603	-0.0592	-0.0981	0.2081	0.0531	-0.078	0.2508	-0.0649	0.1057	5.7669	18.3881	0.403
4	6.6852	3.0291	-1.7807	8.4487	-3.3816	4.9201	0.1267	-0.0161	-0.3116	-0.0697	-0.3955	0.2358	-0.3113	0.2034	0.2688	0.2114	0.1829	-0.0532	0.2263	0.0096	0.1408	-23.5678	50.7664	26.9073

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	211 - 460
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	212 - 460
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	462 - 473
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	462 - 473

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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