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- PDB-9j0g: Crystal structure of RhoA-TP1001 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j0g
タイトルCrystal structure of RhoA-TP1001 complex
要素Transforming protein RhoA
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell lineage commitment / aortic valve formation / mitotic cleavage furrow formation / positive regulation of lipase activity / bone trabecula morphogenesis / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / angiotensin-mediated vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity ...alpha-beta T cell lineage commitment / aortic valve formation / mitotic cleavage furrow formation / positive regulation of lipase activity / bone trabecula morphogenesis / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / angiotensin-mediated vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / Roundabout signaling pathway / negative regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / cleavage furrow formation / regulation of neural precursor cell proliferation / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of osteoblast proliferation / forebrain radial glial cell differentiation / apical junction assembly / regulation of modification of postsynaptic structure / cell junction assembly / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to chemokine / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / beta selection / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / negative regulation of oxidative phosphorylation / negative regulation of motor neuron apoptotic process / RHO GTPases Activate ROCKs / negative regulation of cell size / RHO GTPases activate CIT / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / PCP/CE pathway / RHO GTPases activate KTN1 / positive regulation of podosome assembly / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / wound healing, spreading of cells / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / PI3K/AKT activation / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / odontogenesis / motor neuron apoptotic process / ossification involved in bone maturation / regulation of focal adhesion assembly / negative chemotaxis / apical junction complex / EPHA-mediated growth cone collapse / stress fiber assembly / positive regulation of cytokinesis / androgen receptor signaling pathway / myosin binding / RHOC GTPase cycle / regulation of neuron projection development / cellular response to cytokine stimulus / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / cleavage furrow / semaphorin-plexin signaling pathway / ficolin-1-rich granule membrane / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / mitotic spindle assembly / RHOA GTPase cycle / negative regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of T cell migration / endothelial cell migration / Rho protein signal transduction / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / skeletal muscle tissue development / GPVI-mediated activation cascade / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of stress fiber assembly / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cytoplasmic microtubule organization / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / EPHB-mediated forward signaling / substantia nigra development / positive regulation of neuron differentiation / substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of microtubule cytoskeleton organization / regulation of cell migration / secretory granule membrane / cell-matrix adhesion / small monomeric GTPase / cell periphery / regulation of actin cytoskeleton organization / kidney development / RHO GTPases Activate Formins / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / VEGFA-VEGFR2 Pathway / ruffle membrane / cytoplasmic side of plasma membrane / Ovarian tumor domain proteases / cell morphogenesis / neuron migration / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cell junction
類似検索 - 分子機能
Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Transforming protein RhoA
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhu, L. / Li, H. / Chang, L. / Hu, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82150208 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RhoA-TP1001 complex
著者: Zhu, L. / Li, H. / Chang, L. / Hu, X.
履歴
登録2024年8月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming protein RhoA
B: Transforming protein RhoA
C: Transforming protein RhoA
D: Transforming protein RhoA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,38816
ポリマ－87,0644
非ポリマー2,32312
水724
1
A: Transforming protein RhoA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2343
ポリマ－21,7661
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transforming protein RhoA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2584
ポリマ－21,7661
非ポリマー4923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transforming protein RhoA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2343
ポリマ－21,7661
非ポリマー4682
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Transforming protein RhoA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6626
ポリマ－21,7661
非ポリマー8965
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.240, 124.800, 173.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Transforming protein RhoA / Rho cDNA clone 12 / h12


分子量: 21766.088 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHOA, ARH12, ARHA, RHO12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61586, small monomeric GTPase

-
非ポリマー , 5種, 16分子

#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-U6L / (1~{R})-1-(3-ethylphenyl)ethane-1,2-diol / SCHEMBL24015313


分子量: 166.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.5 M Lithium sulfate monohydrate,0.1 M HEPES pH 7.5,30% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2024年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→44.12 Å / Num. obs: 16388 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.8 % / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.439 / Num. unique obs: 2906 / CC1/2: 0.978

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
HKL-30007.21データスケーリング
HKL-30007.21データ削減
PHASER2.7.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FTN

1ftn


解像度: 3.1→44.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.803 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.724 / SU B: 35.051 / SU ML: 0.637 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.68 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3541 849 5.2 %RANDOM
Rwork0.31065 ---
obs0.31298 15513 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.429 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å2-0 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→44.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5593 0 145 4 5742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0125847
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.8517931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5631.78612873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4765700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.13540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.91101034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2883
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.13.3062821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.13.3062821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5695.9423514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5695.9413515
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7963.4223026
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7933.4213024
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0766.2584418
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.1433.266725
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.1433.266726
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.447 56 -
Rwork0.315 1112 -
obs--99.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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