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- PDB-9j0a: Complex structure of ANKRD11/STAG2/RAD21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j0a
タイトルComplex structure of ANKRD11/STAG2/RAD21
要素
  • 64-kDa C-terminal product
  • Ankyrin repeat domain-containing protein 11
  • Cohesin subunit SA-2
キーワードPROTEIN BINDING / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac neural crest cell differentiation involved in heart development / Cohesin Loading onto Chromatin / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / localization of cell / cohesin complex / positive regulation of sister chromatid cohesion / mitotic cohesin complex / head development ...cardiac neural crest cell differentiation involved in heart development / Cohesin Loading onto Chromatin / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / localization of cell / cohesin complex / positive regulation of sister chromatid cohesion / mitotic cohesin complex / head development / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / tissue remodeling / Separation of Sister Chromatids / negative regulation of glial cell apoptotic process / tissue homeostasis / head morphogenesis / chromatin looping / neural crest cell migration / neural precursor cell proliferation / face morphogenesis / skeletal system morphogenesis / sister chromatid cohesion / negative regulation of interleukin-1 beta production / stem cell population maintenance / lncRNA binding / heart contraction / social behavior / face development / odontogenesis of dentin-containing tooth / roof of mouth development / outflow tract morphogenesis / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / chromosome, centromeric region / proteasomal protein catabolic process / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein localization to chromatin / neurogenesis / ossification / condensed nuclear chromosome / meiotic cell cycle / chromosome segregation / protein catabolic process / bone development / multicellular organism growth / cognition / nuclear matrix / heart development / midbody / gene expression / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of neuron apoptotic process / in utero embryonic development / response to hypoxia / cell division / DNA repair / apoptotic process / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat domain-containing protein 11 / STAG / Stromalin conservative domain / Cohesin subunit Scc3/SA / STAG domain / Stromalin conservative domain / Stromalin conservative (SCD) domain profile. / : / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal ...Ankyrin repeat domain-containing protein 11 / STAG / Stromalin conservative domain / Cohesin subunit Scc3/SA / STAG domain / Stromalin conservative domain / Stromalin conservative (SCD) domain profile. / : / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ankyrin repeat domain-containing protein 11 / Cohesin subunit SA-2 / Double-strand-break repair protein rad21 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Liu, H. / Cai, Q. / Zhang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: ANKRD11 binding to cohesin suggests a connection between KBG syndrome and Cornelia de Lange syndrome.
著者: Liu, H. / Li, H. / Cai, Q. / Zhang, J. / Zhong, H. / Hu, G. / Zhao, S. / Lu, Y. / Mao, Y. / Lu, Y. / Yao, H. / Zhang, M.
履歴
登録2024年8月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cohesin subunit SA-2
B: 64-kDa C-terminal product
C: Ankyrin repeat domain-containing protein 11
D: Cohesin subunit SA-2
E: 64-kDa C-terminal product
F: Ankyrin repeat domain-containing protein 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,9356
ポリマ－269,9356
非ポリマー00
水25214
1
A: Cohesin subunit SA-2
B: 64-kDa C-terminal product
C: Ankyrin repeat domain-containing protein 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,9673
ポリマ－134,9673
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9030 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area45150 Å2
手法PISA
2
D: Cohesin subunit SA-2
E: 64-kDa C-terminal product
F: Ankyrin repeat domain-containing protein 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,9673
ポリマ－134,9673
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9190 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area46600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)280.535, 48.773, 290.906
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Cohesin subunit SA-2 / SCC3 homolog 2 / Stromal antigen 2


分子量: 113875.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Stag2, Sa2, Sap2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O35638
#2: タンパク質 64-kDa C-terminal product / 64-kDa carboxy-terminal product


分子量: 16308.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rad21, Hr21, Scc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q61550
#3: タンパク質・ペプチド Ankyrin repeat domain-containing protein 11


分子量: 4783.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ankrd11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9Q4F7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.63 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 0.02 M citric acid, 0.08 M BIS-TRIS propane (pH 8.8), and 16% w/v polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月8日
放射モノクロメーター: LN2-cooled DCM with Si(111) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 60932 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 6.45 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.214 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 6.76 % / Rmerge(I) obs: 1.406 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2973 / CC1/2: 0.606 / Rpim(I) all: 0.58 / Rrim(I) all: 1.523 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
DIALSデータスケーリング
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QNX

6qnx


解像度: 3.3→31.88 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2792 3185 5.24 %
Rwork0.2326 --
obs0.2351 60740 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→31.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16792 0 0 14 16806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00317085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62723031
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.1592226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0372613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072922
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.350.38171320.32432463X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.40.35111370.32872457X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.460.41831270.34662521X-RAY DIFFRACTION99
3.46-3.520.3571610.3232448X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.580.29181620.30272424X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.650.33871580.29572439X-RAY DIFFRACTION100
3.65-3.720.33741620.28062462X-RAY DIFFRACTION100
3.72-3.80.29081270.2692468X-RAY DIFFRACTION100
3.8-3.890.30841090.25662495X-RAY DIFFRACTION100
3.89-3.990.31261320.24862516X-RAY DIFFRACTION100
3.99-4.10.31381480.23952466X-RAY DIFFRACTION100
4.1-4.220.26011270.21752506X-RAY DIFFRACTION100
4.22-4.350.27481290.21592475X-RAY DIFFRACTION100
4.35-4.510.2615970.2122552X-RAY DIFFRACTION100
4.51-4.690.26181290.2042489X-RAY DIFFRACTION100
4.69-4.90.23581420.20752548X-RAY DIFFRACTION100
4.9-5.160.2751570.22262434X-RAY DIFFRACTION100
5.16-5.480.28051410.22552573X-RAY DIFFRACTION100
5.48-5.90.2903960.24342526X-RAY DIFFRACTION100
5.9-6.490.28331580.25122507X-RAY DIFFRACTION100
6.49-7.420.31641470.23092561X-RAY DIFFRACTION100
7.42-9.310.20731610.17462584X-RAY DIFFRACTION100
9.31-31.880.21931460.17872641X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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