PDB-9j05: Apo state purinergic receptor P2Y14-BRIL/PPTN/1B3 Fab-4/9Glue

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j05

タイトル

Apo state purinergic receptor P2Y14-BRIL/PPTN/1B3 Fab-4/9Glue

要素

Antibody 1b3 Fab Heavy chain
Antibody 1b3 Fab Light chain
P2Y purinoceptor 14,Soluble cytochrome b562

キーワード

MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Complex / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

G protein-coupled UDP receptor activity / P2Y receptors / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / hematopoietic stem cell homeostasis / electron transport chain / G alpha (i) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Wang, T.X. / Tang, W.Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Apo state purinergic receptor P2Y14-BRIL/PPTN/1B3 Fab-4/9Glue
著者: Wang, T.X. / Tang, W.Q.

履歴

登録	2024年8月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j05.cif.gz	168.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j05.ent.gz	125.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9j05_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j05_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9j05_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	9j05_validation.cif.gz	58.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/9j05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/9j05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61049MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
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#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (8)
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人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
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グルカゴン (Glucagon)
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モネリン (Monellin)
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抗体 (Antibodies)
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SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
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ロドプシン (Rhodopsin)
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アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
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ナノボディ (Nanobodies)
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#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (4)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (4)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (4)

登録構造単位

A: P2Y purinoceptor 14,Soluble cytochrome b562

B: Antibody 1b3 Fab Heavy chain

C: Antibody 1b3 Fab Light chain

117 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	P2Y purinoceptor 14,Soluble cytochrome b562 / P2Y14 purinergic receptor， / P2Y14 / G-protein coupled receptor 105 / UDP-glucose receptor / ...P2Y14 purinergic receptor， / P2Y14 / G-protein coupled receptor 105 / UDP-glucose receptor / Cytochrome b-562 分子量: 58084.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: P2RY14, GPR105, KIAA0001, cybC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15391, UniProt: P0ABE7
#2: 抗体	Antibody 1b3 Fab Heavy chain 分子量: 30704.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: 抗体	Antibody 1b3 Fab Light chain 分子量: 27768.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Apo state purinergic receptor P2Y14-BRIL/PPTN/1B3 Fab-4/9Glue
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	1	Homo sapiens (ヒト)	9606
3	1	Escherichia coli (大腸菌)	562

由来(組換発現)

生物種:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

緩衝液

pH: 7.5

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 88888 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	6049
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.628	8242
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.872	850
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.041	954
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	1043

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関連情報:EMDBヘッダ

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