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- PDB-9j00: Crystal Structure Sensory Appendage Protein 2 from Anopheles culi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j00
タイトルCrystal Structure Sensory Appendage Protein 2 from Anopheles culicifacies in space group P21 with three molecules per ASU
要素Chemosensory protein 3
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Sensory Appendage Protein 2 / SAP2 / Mosquito / Olfaction / hydrophobic chemicals / Vector Control
機能・相同性Insect odorant-binding protein A10/Ejaculatory bulb-specific protein 3 / Insect odorant-binding protein A10/Ejaculatory bulb-specific protein 3 superfamily / Insect pheromone-binding family, A10/OS-D / ACETATE ION / : / Chemosensory protein 3
機能・相同性情報
生物種Anopheles culicifacies (カ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.828 Å
データ登録者Goswami, R. / Biswas, S. / Chakraborti, S. / Manickam, Y.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)PR32713 インド
Indian Council of Medical Research75/20/2020/ECD-II インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure and Ligand Binding Studies of Chemosensory and Sensory Appendage Proteins
著者: Biswas, S. / Goswami, R. / Barbosa, R.L. / Sung, S. / Marquez, J.A. / Chakraborti, S. / Manickam, Y.
履歴
登録2024年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemosensory protein 3
B: Chemosensory protein 3
C: Chemosensory protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,56427
ポリマ－39,4593
非ポリマー2,10624
水4,360242
1
A: Chemosensory protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,99311
ポリマ－13,1531
非ポリマー84010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5230 Å2
手法PISA
2
B: Chemosensory protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8989
ポリマ－13,1531
非ポリマー7458
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area6050 Å2
手法PISA
3
C: Chemosensory protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6737
ポリマ－13,1531
非ポリマー5216
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.504, 37.345, 79.437
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chemosensory protein 3


分子量: 13152.870 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anopheles culicifacies (カ) / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A182MAD2
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate pH 4.5, 30% v/v PEG 400, 0.1 M Cadmium chloride hemi(pentahydrate)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.828→78.968 Å / Num. obs: 30282 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.828→1.86 Å / 冗長度: 3.7 % / Num. unique obs: 1306 / CC1/2: 0.358 / Rrim(I) all: 1.932 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15rc1_3423: ???)精密化
autoPROCデータスケーリング
CRANK2位相決定
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.828→78.968 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2363 1508 4.99 %
Rwork0.1903 --
obs0.1925 30195 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.828→78.968 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2419 0 27 242 2688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112501
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3033369
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3751963
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007445
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8282-1.88720.31751250.292246X-RAY DIFFRACTION86
1.8872-1.95470.25381210.23932569X-RAY DIFFRACTION98
1.9547-2.0330.24631310.21172637X-RAY DIFFRACTION100
2.033-2.12550.23321520.19222572X-RAY DIFFRACTION100
2.1255-2.23750.24091340.18282659X-RAY DIFFRACTION100
2.2375-2.37770.23391340.18252622X-RAY DIFFRACTION100
2.3777-2.56130.22711480.16972648X-RAY DIFFRACTION100
2.5613-2.81910.20981390.16972629X-RAY DIFFRACTION100
2.8191-3.22710.22361410.1772663X-RAY DIFFRACTION100
3.2271-4.06570.22611400.16812684X-RAY DIFFRACTION100
4.0657-78.9680.25021430.21032758X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.97 Å / Origin y: -16.0311 Å / Origin z: 12.5174 Å
111213212223313233
T0.1248 Å2-0.0218 Å20.0198 Å2-0.1322 Å20.0086 Å2--0.1104 Å2
L0.2651 °2-0.1912 °20.1318 °2-0.1965 °2-0.0429 °2--0.0955 °2
S0.0022 Å °-0.0201 Å °-0.0198 Å °0.0348 Å °0.0073 Å °0.0446 Å °-0.0263 Å °0.0095 Å °0.0012 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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