PDB-9izn: Crystal structure of HKU1A RBD bound to TMPRSS2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9izn

タイトル

Crystal structure of HKU1A RBD bound to TMPRSS2

要素

Spike protein S1
Transmembrane protease serine 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / Complex of a human coronavirus spike protein bound to receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane protease serine 2 / symbiont-mediated induction of syncytium formation / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell ...
類似検索 - 分子機能

Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal ...Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Human coronavirus HKU1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Wang, W. / Xu, Y. / Zhang, S.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Hlife / 年: 2024
タイトル: High-resolution crystal structure of human coronavirus HKU1 receptor binding domain bound to TMPRSS2 receptor
著者: Wang, W. / Guan, J. / Ren, M. / Li, Z. / Ji, W. / Chen, R. / Xu, Y. / Zhang, S.

履歴

登録	2024年8月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9izn.cif.gz	301.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9izn.ent.gz	243.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9izn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/9izn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/9izn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (6) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Transmembrane protease serine 2

A: Spike protein S1

ヘテロ分子

86.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.324, 78.358, 257.364
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Transmembrane protease serine 2 / Serine protease 10

分子量: 43473.945 Da / 分子数: 1 / 変異: R255Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10
発現宿主:

Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: O15393, transmembrane protease serine 2

#2: タンパク質

Spike protein S1

分子量: 42530.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human coronavirus HKU1 (isolate N1) (ウイルス)
遺伝子: S, 3
発現宿主:

Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q5MQD0

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.87 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2% v/v Tacsimate pH 7.0, 5% v/v 2-Propanol, 0.1 M Imidazole (pH 7.0) and 8% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 51020 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.93 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.74
反射シェル	解像度: 2.4→2.54 Å / Num. unique obs: 8031 / CC_1/2: 0.295

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→19.91 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2605	2478	4.86 %
R_work	0.2145	-	-
obs	0.2167	50958	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5462	0	28	281	5771

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.514
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.257	2005
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	826
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	991

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.45	0.4398	134	0.3784	2653	X-RAY DIFFRACTION	99
2.45-2.5	0.3941	146	0.3752	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.55	0.3768	132	0.3605	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.61	0.3808	140	0.3312	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.67	0.3373	132	0.3092	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.75	0.3268	135	0.3035	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.83	0.3352	131	0.2892	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.92	0.3626	142	0.2801	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.02	0.2926	136	0.2633	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.14	0.3313	138	0.2558	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.29	0.2789	128	0.2431	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.46	0.2806	141	0.2327	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.67	0.2851	139	0.2165	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-3.95	0.2336	149	0.1948	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.35	0.2253	142	0.166	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
4.35-4.97	0.1862	122	0.1542	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
4.97-6.23	0.2079	151	0.18	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
6.23-19.91	0.2479	140	0.1982	2896	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.139	-0.0576	0.205	0.2039	0.0831	0.2451	-0.134	1.1347	-0.2106	-1.2436	0.2826	-0.3919	0.1795	0.1157	-0	1.7944	0.3216	0.0456	1.5128	-0.2523	1.2867	22.5285	-38.6284	35.9654
2	0.2145	-0.0817	-0.036	0.0517	-0.0805	0.2979	0.5206	0.3588	-0.1625	-1.2586	0.0872	-0.5707	-0.0308	0.1105	0.0004	1.5142	0.4421	0.1522	1.1498	-0.1258	1.0508	26.5441	-34.4053	36.1164
3	1.1558	-1.0646	0.9332	2.0104	-0.9838	1.3794	0.4862	0.262	0.0648	-1.0334	-0.4246	0.2306	0.2989	0.3586	0.0024	0.8356	0.1982	-0.173	0.5239	-0.0537	0.5682	2.7324	-19.7511	50.8641
4	0.3969	0.2337	0.1859	1.0255	-0.7178	0.6456	0.1825	0.2012	-0.1412	-0.3421	-0.265	0.0364	0.3324	0.2769	0	0.6859	0.1295	-0.0634	0.5911	0.0699	0.6178	14.4486	-22.908	63.8367
5	0.9032	-0.4842	0.4634	0.3744	-0.5416	0.547	0.213	0.2157	0.0805	-0.2874	-0.2381	0.0588	-0.0174	-0.0586	0	0.6636	0.0908	-0.0411	0.4922	-0.005	0.6006	12.7653	-27.6062	66.5148
6	0.4469	0.3336	-0.3718	0.2254	-0.2419	0.3408	0.1807	0.3811	-0.4869	-0.7559	-0.3441	-0.0959	0.2911	0.386	-0.0443	1.1978	0.3183	-0.1761	0.641	-0.1528	0.5807	9.4652	-33.7338	48.4467
7	1.959	0.5454	1.2768	0.6409	0.3276	1.4987	-0.0526	-0.1492	-0.0536	-0.0454	0.0474	-0.0249	0.0474	0.1058	-0	0.4594	-0.0133	0.0264	0.5133	-0.0382	0.51	36.0629	-32.3779	101.0351
8	0.2821	0.338	0.6926	0.8092	0.7137	0.5645	-0.1071	0.1569	0.0993	-0.1464	0.1086	0.222	-0.3508	0.1566	0	0.6502	-0.0699	-0.1004	0.8382	-0.028	0.5494	64.346	-8.6493	131.5072

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 141 through 188 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 189 through 245 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 246 through 366 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 367 through 410 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 411 through 471 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 472 through 491 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 311 through 606 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 607 through 674 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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