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- PDB-9iz4: Crystal structure of phosphonopyruvate decarboxylase RhiEF from B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iz4
タイトルCrystal structure of phosphonopyruvate decarboxylase RhiEF from Bacillus subtilis ATCC6633 in complex with thiamine pyrophosphate
要素
  • Putative phosphonopyruvate decarboxylase alpha subunit
  • Putative phosphonopyruvate decarboxylase beta subunit
キーワードLYASE / phosphonopyruvate decarboxylase / RhiEF / rhizocticin biosynthesis / thiamine pyrophosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxy-lyase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold
類似検索 - ドメイン・相同性
SULFOPYRUVATE / THIAMINE DIPHOSPHATE / Putative phosphonopyruvate decarboxylase alpha subunit / Putative phosphonopyruvate decarboxylase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus spizizenii ATCC 6633 = JCM 2499 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Nakamura, A. / Kojima, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Structural Analysis of Phosphonopyruvate Decarboxylase RhiEF: First Insights into an Ancestral Heterooligomeric Thiamine Pyrophosphate-Dependent Decarboxylase.
著者: Nakamura, A. / Shiina, A. / Fukaya, T. / Seki, Y. / Momiyama, M. / Kojima, S.
履歴
登録2024年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Putative phosphonopyruvate decarboxylase alpha subunit
B: Putative phosphonopyruvate decarboxylase beta subunit
C: Putative phosphonopyruvate decarboxylase alpha subunit
D: Putative phosphonopyruvate decarboxylase beta subunit
E: Putative phosphonopyruvate decarboxylase alpha subunit
F: Putative phosphonopyruvate decarboxylase beta subunit
G: Putative phosphonopyruvate decarboxylase alpha subunit
H: Putative phosphonopyruvate decarboxylase beta subunit
I: Putative phosphonopyruvate decarboxylase alpha subunit
J: Putative phosphonopyruvate decarboxylase beta subunit
K: Putative phosphonopyruvate decarboxylase alpha subunit
L: Putative phosphonopyruvate decarboxylase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,66027
ポリマ－245,45812
非ポリマー3,20215
水00
1
A: Putative phosphonopyruvate decarboxylase alpha subunit
B: Putative phosphonopyruvate decarboxylase beta subunit
C: Putative phosphonopyruvate decarboxylase alpha subunit
D: Putative phosphonopyruvate decarboxylase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7198
ポリマ－81,8194
非ポリマー8994
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12030 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area23320 Å2
手法PISA
2
E: Putative phosphonopyruvate decarboxylase alpha subunit
F: Putative phosphonopyruvate decarboxylase beta subunit
G: Putative phosphonopyruvate decarboxylase alpha subunit
H: Putative phosphonopyruvate decarboxylase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,05510
ポリマ－81,8194
非ポリマー1,2356
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12880 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area23690 Å2
手法PISA
3
I: Putative phosphonopyruvate decarboxylase alpha subunit
J: Putative phosphonopyruvate decarboxylase beta subunit
K: Putative phosphonopyruvate decarboxylase alpha subunit
L: Putative phosphonopyruvate decarboxylase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8879
ポリマ－81,8194
非ポリマー1,0675
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12360 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.115, 156.494, 172.971
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
Putative phosphonopyruvate decarboxylase alpha subunit


分子量: 20342.178 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus spizizenii ATCC 6633 = JCM 2499 (バクテリア)
遺伝子: rhiE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4HRI2
#2: タンパク質
Putative phosphonopyruvate decarboxylase beta subunit


分子量: 20567.533 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus spizizenii ATCC 6633 = JCM 2499 (バクテリア)
遺伝子: rhiF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4HRI3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SPV / SULFOPYRUVATE / スルホピルビン酸


分子量: 168.125 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.2M magnesium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→46.79 Å / Num. obs: 41754 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 75.82 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.058 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3.05→3.17 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4645 / CC1/2: 0.691 / Rpim(I) all: 0.444 / Rsym value: 1.086

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→43.55 Å / SU ML: 0.3844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 30.1969 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2763 2106 5.05 %
Rwork0.2322 39556 -
obs0.2345 41662 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→43.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16260 0 192 0 16452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002216761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.551522737
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04162574
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00422916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.979310005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.05-3.120.3561400.32552575X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.20.34081430.32762620X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.290.32221170.30392623X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.380.35141160.30942604X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.490.38421180.29412619X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.620.32951560.27632614X-RAY DIFFRACTION99.96
3.62-3.760.29031310.26152621X-RAY DIFFRACTION99.96
3.76-3.930.29051260.24772620X-RAY DIFFRACTION99.93
3.93-4.140.31031410.23822625X-RAY DIFFRACTION100
4.14-4.40.24091550.2142624X-RAY DIFFRACTION99.96
4.4-4.740.24551420.20472632X-RAY DIFFRACTION99.93
4.74-5.210.25691470.19792638X-RAY DIFFRACTION99.93
5.21-5.970.26551610.21452657X-RAY DIFFRACTION100
5.97-7.510.26731680.21992676X-RAY DIFFRACTION100
7.51-43.550.22871450.18642808X-RAY DIFFRACTION98.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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