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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9iyk | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of hSOD1 in C121 space group | ||||||
Components | Superoxide dismutase [Cu-Zn] | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / hSOD1 / SOD1 / superoxide dismutase (Cu-Zn) | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationaction potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / regulation of organ growth / response to superoxide ...action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / regulation of organ growth / response to superoxide / regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / cellular response to potassium ion / retrograde axonal transport / superoxide anion generation / regulation of GTPase activity / myeloid cell homeostasis / response to copper ion / superoxide metabolic process / muscle cell cellular homeostasis / superoxide dismutase / heart contraction / Detoxification of Reactive Oxygen Species / superoxide dismutase activity / cellular response to ATP / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cellular response to cadmium ion / transmission of nerve impulse / regulation of multicellular organism growth / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / neuronal action potential / ovarian follicle development / positive regulation of superoxide anion generation / axon cytoplasm / embryo implantation / glutathione metabolic process / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phagocytosis / response to amphetamine / thymus development / positive regulation of cytokine production / placenta development / regulation of mitochondrial membrane potential / determination of adult lifespan / locomotory behavior / response to nutrient levels / response to hydrogen peroxide / sensory perception of sound / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / negative regulation of inflammatory response / regulation of blood pressure / peroxisome / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / response to ethanol / spermatogenesis / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / lysosome / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.34 Å | ||||||
Authors | Yapici, I. / DeMirci, H. | ||||||
| Funding support | Turkey, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Int J Mol Sci / Year: 2025Title: Structural Insights into the Dynamics of Water in SOD1 Catalysis and Drug Interactions. Authors: Yapici, I. / Tokur, A.G. / Sever, B. / Ciftci, H. / Basak, A.N. / DeMirci, H. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9iyk.cif.gz | 724.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9iyk.ent.gz | 608.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9iyk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9iyk_validation.pdf.gz | 12.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9iyk_full_validation.pdf.gz | 13 MB | Display | |
| Data in XML | 9iyk_validation.xml.gz | 77 KB | Display | |
| Data in CIF | 9iyk_validation.cif.gz | 104.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/9iyk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/9iyk | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 6 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 12 molecules ACKFEDBGILJH
| #1: Protein | Mass: 16183.982 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SOD1 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 526 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-CU / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.46 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: Ammonium sulfate, sodium acetate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.98 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 1, 2023 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.34→56.47 Å / Num. obs: 88500 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 7.13 % / CC1/2: 0.939 / Net I/σ(I): 9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.34→2.38 Å / Num. unique obs: 4366 / CC1/2: 0.237 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.34→48.92 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 33.72 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.34→48.92 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Turkey, 1items
Citation
PDBj














