PDB-9iyf: Structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase (PPAT) from E...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9iyf

タイトル

Structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase (PPAT) from Enterobacter spp. with the expression tag bound in the substrate binding site of a neighbouring molecule at 2.37 A resolution.

要素

Phosphopantetheine adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / coaD / PPAT / COENZYME A biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter sp. 638 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Ahmad, N. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase (PPAT) from Enterobacter spp. with the expression tag bound in the substrate binding site of a neighbouring molecule at 2.37 A resolution.
著者: Ahmad, N. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2024年7月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2024年8月21日	ID: 8I8N
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9iyf.cif.gz	216.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9iyf.ent.gz	172.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9iyf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/9iyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/9iyf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

C: Phosphopantetheine adenylyltransferase

D: Phosphopantetheine adenylyltransferase

E: Phosphopantetheine adenylyltransferase

F: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

116 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
38.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Phosphopantetheine adenylyltransferase

D: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Phosphopantetheine adenylyltransferase

F: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	137.268, 78.418, 106.465
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.100, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
2	1	1	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
3	2	2	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
4	2	2	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
5	3	3	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
6	3	3	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
7	4	4	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
8	4	4	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
9	5	5	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
10	5	5	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
11	6	6	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
12	6	6	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
13	7	7	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
14	7	7	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
15	8	8	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
16	8	8	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
17	9	9	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
18	9	9	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
19	10	10	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
20	10	10	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
21	11	11	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
22	11	11	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
23	12	12	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
24	12	12	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
25	13	13	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
26	13	13	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
27	14	14	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
28	14	14	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
29	15	15	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
30	15	15	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30

#1: タンパク質	Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT 分子量: 19182.268 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter sp. 638 (バクテリア) 遺伝子: coaD, Ent638_0105 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A4W515, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PAE / PHOSPHONOACETIC ACID / ホスホノ酢酸分子量: 140.032 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅O₅P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: BIS-TRIS propane pH 7.0, Sodium citrate tribasic dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→42.486 Å / Num. obs: 43453 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.1 % / CC_1/2: 0.964 / R_merge(I) obs: 0.233 / R_pim(I) all: 0.233 / Net I/σ(I): 2.6
反射シェル	解像度: 2.37→2.46 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 1.235 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4673 / CC_1/2: 0.34 / R_pim(I) all: 1.234 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.37→42.486 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / WR_factor R_free: 0.249 / WR_factor R_work: 0.22 / Average fsc free: 0.9446 / Average fsc work: 0.9518 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.511 / ESU R Free: 0.266 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2464	863	1.986 %
R_work	0.2197	42590	-
all	0.22	-	-
obs	-	43453	94.377 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.031 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.857 Å²	0 Å²	0.133 Å²
2-	-	0.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.596 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→42.486 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7662	0	68	573	8303

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	7946
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	7641
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.317	1.826	10747
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.72	1.745	17597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.956	5	992
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	17.875	5	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.527	10	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.499	10	341
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9197
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	1738
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	7264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	3900
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	4031
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	446
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.053	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.194	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.245	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.069	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.207	4.532	3953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.207	4.532	3953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.355	8.12	4941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.355	8.121	4942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.444	5	3993
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.444	5	3994
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.855	8.993	5803
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.854	8.993	5804
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.445	55.681	36148
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.447	55.695	36114
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.106	0.05	4966
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.139	0.05	4913
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.116	0.05	4995
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.087	0.05	5091
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.106	0.05	4950
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.131	0.05	4901
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.107	0.05	4999
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.114	0.05	4939
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.09	0.05	5428
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.146	0.05	4853
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.138	0.05	4852
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.131	0.05	4818
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.128	0.05	4877
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.107	0.05	4922
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.116	0.05	4902

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10581	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10581	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13948	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13948	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11647	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11647	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08715	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08715	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10634	0.05009
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10634	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13086	0.05008
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13086	0.05008
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10736	0.05009
7	14	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10736	0.05009
8	15	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11402	0.05009
8	16	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11402	0.05009
9	17	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08974	0.05009
9	18	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08974	0.05009
10	19	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14649	0.05008
10	20	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14649	0.05008
11	21	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13805	0.05008
11	22	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13805	0.05008
12	23	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13135	0.05008
12	24	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13135	0.05008
13	25	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1278	0.05008
13	26	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1278	0.05008
14	27	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10702	0.05009
14	28	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10702	0.05009
15	29	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11558	0.05008
15	30	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11558	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.37-2.431	0.328	67	0.334	3183	0.334	3352	0.93	0.91	96.957	0.33
2.431-2.498	0.37	65	0.331	3156	0.332	3322	0.884	0.912	96.9597	0.328
2.498-2.57	0.327	75	0.327	2996	0.327	3182	0.922	0.921	96.5116	0.326
2.57-2.649	0.32	75	0.31	2931	0.31	3118	0.927	0.928	96.408	0.303
2.649-2.735	0.291	62	0.282	2813	0.282	3011	0.939	0.941	95.4832	0.276
2.735-2.831	0.279	47	0.267	2771	0.267	2940	0.95	0.947	95.8503	0.259
2.831-2.937	0.284	38	0.25	2650	0.25	2817	0.948	0.954	95.4207	0.244
2.937-3.057	0.303	57	0.257	2509	0.258	2685	0.926	0.95	95.568	0.251
3.057-3.192	0.283	49	0.231	2428	0.232	2601	0.952	0.963	95.2326	0.225
3.192-3.347	0.242	48	0.223	2258	0.223	2487	0.961	0.966	92.7222	0.216
3.347-3.526	0.207	44	0.212	2209	0.212	2385	0.972	0.971	94.4654	0.209
3.526-3.739	0.164	35	0.203	2089	0.202	2265	0.98	0.973	93.7748	0.201
3.739-3.995	0.221	34	0.182	1951	0.183	2120	0.964	0.979	93.6321	0.184
3.995-4.311	0.217	31	0.176	1779	0.177	1954	0.964	0.979	92.6305	0.18
4.311-4.718	0.191	27	0.155	1677	0.155	1840	0.98	0.983	92.6087	0.164
4.718-5.267	0.207	17	0.165	1505	0.166	1662	0.975	0.983	91.5764	0.177
5.267-6.066	0.256	22	0.193	1306	0.194	1461	0.961	0.98	90.8966	0.203
6.066-7.392	0.214	20	0.156	1091	0.157	1244	0.969	0.986	89.3087	0.169
7.392-10.299	0.138	36	0.112	820	0.113	987	0.989	0.991	86.7275	0.129
10.299-42.486	0.238	14	0.194	468	0.195	600	0.961	0.973	80.3333	0.25

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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