PDB-9iye: Structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase (PPAT) from E...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9iye

タイトル

Structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase (PPAT) from Enterobacter spp. with the expression tag bound in the substrate binding site of a neighbouring molecule at 2.39 A resolution.

要素

Phosphopantetheine adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / coaD / PPAT / COENZYME A biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter sp. 638 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Ahmad, N. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase (PPAT) from Enterobacter spp. with the expression tag bound in the substrate binding site of a neighbouring molecule at 2.39 A resolution.
著者: Ahmad, N. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2024年7月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2024年8月21日	ID: 8I8K
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9iye.cif.gz	222.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9iye.ent.gz	173.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9iye.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9iye_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9iye_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	9iye_validation.xml.gz	43.9 KB	表示
CIF形式データ	9iye_validation.cif.gz	61.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/9iye ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/9iye	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

C: Phosphopantetheine adenylyltransferase

D: Phosphopantetheine adenylyltransferase

E: Phosphopantetheine adenylyltransferase

F: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

116 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
38.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Phosphopantetheine adenylyltransferase

D: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Phosphopantetheine adenylyltransferase

F: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	137.919, 78.618, 106.981
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.118, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
2	1	1	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
3	2	2	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
4	2	2	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
5	3	3	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
6	3	3	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
7	4	4	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
8	4	4	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
9	5	5	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
10	5	5	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
11	6	6	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
12	6	6	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
13	7	7	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
14	7	7	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
15	8	8	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
16	8	8	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
17	9	9	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
18	9	9	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
19	10	10	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
20	10	10	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
21	11	11	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
22	11	11	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
23	12	12	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
24	12	12	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
25	13	13	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
26	13	13	LYS	LYS	1 - 159	15 - 173
27	14	14	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
28	14	14	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
29	15	15	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172
30	15	15	LEU	LEU	1 - 158	15 - 172

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30

#1: タンパク質	Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT 分子量: 19182.268 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter sp. 638 (バクテリア) 遺伝子: coaD, Ent638_0105 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A4W515, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PAE / PHOSPHONOACETIC ACID / ホスホノ酢酸分子量: 140.032 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅O₅P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.72 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: BIS-TRIS propane pH 7.0, Sodium citrate tribasic dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→56.49 Å / Num. obs: 43366 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.1 % / CC_1/2: 0.981 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4653 / CC_1/2: 0.594 / R_pim(I) all: 0.568 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.39→42.666 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 10.355 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.524 / ESU R Free: 0.261 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2405	893	2.06 %
R_work	0.2224	42456	-
all	0.223	-	-
obs	-	43349	95.403 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.201 Å²	-0 Å²	0.578 Å²
2-	-	1.257 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.506 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→42.666 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7662	0	68	574	8304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	7946
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7641
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.39	1.826	10747
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.489	1.745	17597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.922	5	992
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.308	5	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.342	10	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.854	10	341
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9197
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	6898
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	3837
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	3911
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.104	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.216	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.2	209
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.03	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.804	4.307	3953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.804	4.307	3953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.049	7.727	4941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.048	7.727	4942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.299	4.845	3993
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.298	4.845	3994
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.954	8.681	5803
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.954	8.681	5804
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.295	53.082	35607
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.298	53.086	35571
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.1	0.05	4922
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.127	0.05	4882
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.11	0.05	4947
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.082	0.05	5051
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.102	0.05	4907
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.118	0.05	4876
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.099	0.05	4967
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.108	0.05	4913
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.082	0.05	5375
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.134	0.05	4830
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.126	0.05	4836
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.119	0.05	4785
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.12	0.05	4853
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.098	0.05	4874
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.11	0.05	4871

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09992	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09992	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1274	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1274	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11042	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11042	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08167	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08167	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1019	0.05009
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1019	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11845	0.05009
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11845	0.05009
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09916	0.05009
7	14	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09916	0.05009
8	15	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10786	0.05009
8	16	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10786	0.05009
9	17	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08248	0.0501
9	18	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08248	0.0501
10	19	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13447	0.05009
10	20	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13447	0.05009
11	21	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12559	0.05009
11	22	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12559	0.05009
12	23	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11939	0.05009
12	24	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11939	0.05009
13	25	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12002	0.05009
13	26	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12002	0.05009
14	27	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09774	0.05009
14	28	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09774	0.05009
15	29	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11039	0.05009
15	30	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11039	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.39-2.452	0.392	53	0.332	3176	0.333	3306	0.898	0.928	97.6709	0.324
2.452-2.519	0.415	63	0.341	3096	0.343	3243	0.903	0.927	97.4098	0.333
2.519-2.592	0.323	56	0.322	3024	0.322	3159	0.934	0.936	97.4992	0.313
2.592-2.671	0.287	45	0.283	2954	0.283	3099	0.948	0.949	96.7732	0.271
2.671-2.758	0.263	42	0.255	2815	0.255	2968	0.959	0.957	96.2601	0.242
2.758-2.855	0.272	55	0.247	2694	0.247	2864	0.945	0.958	95.9846	0.237
2.855-2.962	0.278	48	0.231	2633	0.232	2802	0.937	0.965	95.6817	0.222
2.962-3.082	0.235	71	0.238	2485	0.237	2676	0.959	0.964	95.5157	0.231
3.082-3.219	0.234	69	0.226	2398	0.226	2564	0.967	0.97	96.2169	0.22
3.219-3.375	0.207	38	0.224	2312	0.224	2443	0.973	0.972	96.1932	0.22
3.375-3.556	0.225	50	0.221	2209	0.221	2357	0.982	0.974	95.8422	0.22
3.556-3.77	0.267	54	0.204	2081	0.205	2227	0.957	0.975	95.8689	0.203
3.77-4.028	0.198	40	0.186	1932	0.186	2076	0.971	0.978	94.9904	0.187
4.028-4.348	0.181	47	0.178	1796	0.178	1966	0.978	0.979	93.7436	0.182
4.348-4.758	0.242	37	0.17	1650	0.172	1796	0.959	0.981	93.931	0.181
4.758-5.311	0.288	22	0.193	1473	0.194	1642	0.966	0.979	91.0475	0.204
5.311-6.117	0.235	38	0.221	1292	0.221	1448	0.977	0.976	91.8508	0.232
6.117-7.453	0.247	17	0.197	1116	0.198	1225	0.97	0.979	92.4898	0.21
7.453-10.383	0.145	25	0.145	856	0.145	980	0.99	0.988	89.898	0.166
10.383-42.666	0.17	23	0.232	464	0.229	588	0.984	0.964	82.8231	0.267

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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