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- PDB-9iy9: Crystal structure of a putative endopeptidase from Bacteroides fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iy9
タイトルCrystal structure of a putative endopeptidase from Bacteroides fragilis
要素Exported protein
キーワードHYDROLASE / Aspartic Proteinase / Bacteroides fragilis
機能・相同性Retropepsin-like domain, bacterial / gag-polyprotein putative aspartyl protease / Aspartic peptidase domain superfamily / Exported protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Oh, H. / Hong, M.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021R1F1A1045940 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a putative endopeptidase from Bacteroides fragilis
著者: Oh, H. / Hong, M.
履歴
登録2024年7月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exported protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4401
ポリマ－47,4401
非ポリマー00
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, MONOMER
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.867, 102.867, 161.968
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: タンパク質 Exported protein


分子量: 47440.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: BF9343_2581 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5LC06
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M sodium HEPES pH 8.5, 15% glycerol, 10% isopropanol, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2023年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.599→37.24 Å / Num. obs: 16290 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 49.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.091 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 52.04
反射 シェル解像度: 2.599→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 10.07 / Num. unique obs: 16290 / CC1/2: 0.97 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.412

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→37.24 Å / SU ML: 0.3179 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.4091
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2483 821 5.06 %
Rwork0.1917 15392 -
obs0.1944 16213 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3266 0 0 45 3311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00583329
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79764498
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0525503
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042585
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.06282018
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.760.33771470.25122464X-RAY DIFFRACTION99.47
2.76-2.980.29121440.23252500X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.270.28551300.22832529X-RAY DIFFRACTION99.96
3.27-3.750.2641330.19482550X-RAY DIFFRACTION99.96
3.75-4.720.21541310.15822599X-RAY DIFFRACTION100
4.72-100.21551360.18262750X-RAY DIFFRACTION99.62
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.235734316510.6909772836451.333482036870.740271792373-0.2635479105124.084680967760.113215484172-0.144575986053-0.1960117788350.0421421798863-0.1476671681310.1123522790280.5140103079710.2146328541930.0439241259230.3342415354110.05607975285180.04572483017210.326435412326-0.03912907730770.39507020194733.992767819536.540112259170.5910323015
22.021549509150.0103384209158-0.06024304487959.00227918067-2.01498322891.504641220760.117481209126-0.22375919556-0.3389394897730.027055937586-0.4406190817010.03905753247680.3063261822840.1454094525860.2493204232020.411353945630.07200353271610.0832121120750.561975431780.06911450713680.43461706482645.909334816441.939661725483.2143601822
33.03457453579-0.413305116924-0.8858438865521.449859472890.09557917665421.497870975510.105098644598-0.3008953722710.1538422571960.232938805018-0.0548814053587-0.0878358037924-0.03256388520220.110598284797-0.10862541640.338067521859-0.0231141749711-0.0384347131670.315387568691-0.04166397902780.30595114954561.559415397160.320421061676.3841823709
44.12977003437-1.65813743679-0.3133378223625.125791551080.03154528676452.446833241390.0788704793202-0.401655691902-0.609651238484-0.3306949025530.02193330285190.07973378918950.4262760792360.09679336972280.1326876937390.48757237494-0.052229904186-0.001409226560370.538465808671-0.03925124999780.45071326530754.141635815350.324819726183.1278226062
52.34924740585-0.290536537665-0.7878799870981.269507799760.6238059830641.732361226960.0216609412680.227048155719-0.0173812594189-0.102636497575-0.04596045721430.0717097767837-0.0866228475943-0.1526400491970.0637233796840.264224333783-0.00716333476464-0.01666505248840.2901509609610.01480828889350.31237170762655.557719282552.246052559464.2780276062
65.84723825231-2.8005042299-3.106302194462.521199483632.34683678752.269624991860.1660089520460.495592709310.0591372281031-0.225463539477-0.1704122989430.0543575114324-0.236847099737-0.206692849686-0.01934077344280.3313195772740.0167398323671-0.07507323233930.4862186663610.03204776212220.33860350595253.203592306154.278912290657.3853552974
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 124 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 125 through 159 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 160 through 223 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 224 through 251 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 252 through 380 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 381 through 437 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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