PDB-9iy5: WDR5 inhibitor complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9iy5

タイトル

WDR5 inhibitor complex

要素

WD repeat-containing protein 5
YCP-A1EAK-A1ECH

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / WDR5

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3Q5ser reader activity / histone H3K4me1 reader activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wang, F. / Zhou, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: WDR5 inhibitor complex structure
著者: Wang, F. / Zhou, C.

履歴

登録	2024年7月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9iy5.cif.gz	259.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9iy5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9iy5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9iy5_validation.pdf.gz	445.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9iy5_full_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示
XML形式データ	9iy5_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	9iy5_validation.cif.gz	49.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/9iy5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/9iy5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uvmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 5

B: WD repeat-containing protein 5

C: YCP-A1EAK-A1ECH

D: YCP-A1EAK-A1ECH

74.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: WD repeat-containing protein 5

C: YCP-A1EAK-A1ECH

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: WD repeat-containing protein 5

D: YCP-A1EAK-A1ECH

登録者が定義した集合体
37.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.030, 61.447, 64.716
Angle α, β, γ (deg.)	68.48, 88.73, 67.79
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein 分子量: 36635.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: タンパク質・ペプチド	YCP-A1EAK-A1ECH 分子量: 442.595 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: Bis-tris pH 5.5 25% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→37.45 Å / Num. obs: 155092 / % possible obs: 94.97 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.966 / R_merge(I) obs: 0.1683 / Net I/σ(I): 4.48
反射シェル	解像度: 1.6→1.62 Å / R_merge(I) obs: 0.5024 / Num. unique obs: 5002 / CC_1/2: 0.857

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_4924: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3UVM

3uvm

解像度: 1.8→37.45 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2548	5301	4.85 %
R_work	0.2213	-	-
obs	0.223	109323	95.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4671	0	64	641	5376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.073
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.289	659
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	748
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	818

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3189	164	0.2901	3394	X-RAY DIFFRACTION	94
1.82-1.84	0.2996	148	0.2694	3469	X-RAY DIFFRACTION	95
1.84-1.86	0.2664	199	0.244	3407	X-RAY DIFFRACTION	95
1.86-1.89	0.276	163	0.2435	3413	X-RAY DIFFRACTION	94
1.89-1.91	0.2916	160	0.2287	3424	X-RAY DIFFRACTION	95
1.91-1.94	0.3059	206	0.2242	3392	X-RAY DIFFRACTION	95
1.94-1.97	0.2494	171	0.2301	3506	X-RAY DIFFRACTION	94
1.97-2	0.245	183	0.2225	3336	X-RAY DIFFRACTION	94
2-2.03	0.2662	170	0.2282	3521	X-RAY DIFFRACTION	95
2.03-2.06	0.2527	176	0.2265	3460	X-RAY DIFFRACTION	95
2.06-2.1	0.2726	170	0.222	3434	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1-2.13	0.2768	209	0.2277	3445	X-RAY DIFFRACTION	94
2.13-2.18	0.2594	140	0.2209	3455	X-RAY DIFFRACTION	96
2.18-2.22	0.2623	192	0.2199	3440	X-RAY DIFFRACTION	95
2.22-2.27	0.29	204	0.2308	3469	X-RAY DIFFRACTION	95
2.27-2.32	0.3186	171	0.2332	3502	X-RAY DIFFRACTION	96
2.32-2.38	0.3288	212	0.2325	3471	X-RAY DIFFRACTION	96
2.38-2.44	0.2836	181	0.2395	3436	X-RAY DIFFRACTION	96
2.44-2.51	0.3281	138	0.2316	3507	X-RAY DIFFRACTION	96
2.51-2.6	0.2526	157	0.2389	3559	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6-2.69	0.2734	158	0.2248	3520	X-RAY DIFFRACTION	96
2.69-2.8	0.2254	184	0.2311	3513	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8-2.92	0.2593	178	0.2215	3500	X-RAY DIFFRACTION	96
2.92-3.08	0.2674	163	0.2298	3514	X-RAY DIFFRACTION	97
3.08-3.27	0.241	236	0.2277	3437	X-RAY DIFFRACTION	97
3.27-3.52	0.2482	213	0.2009	3440	X-RAY DIFFRACTION	96
3.52-3.88	0.2124	183	0.1965	3493	X-RAY DIFFRACTION	96
3.88-4.44	0.2158	169	0.1878	3521	X-RAY DIFFRACTION	97
4.44-5.59	0.2025	142	0.2049	3546	X-RAY DIFFRACTION	96
5.59-37.45	0.2249	161	0.2257	3498	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7512	-0.5791	-0.5475	1.3277	0.3641	1.0205	-0.0063	0.011	0.1061	-0.084	0.043	0.0082	0.0156	-0.0556	-0.0395	0.081	-0.0171	-0.0102	0.1147	0.0234	0.0697	13.1284	-3.7528	13.2704
2	3.1243	-0.234	0.4754	2.4252	0.8088	3.0971	0.0051	-0.2021	-0.1773	0.0919	0.0666	0.27	0.3114	-0.2267	-0.068	0.1003	-0.0142	-0.006	0.1115	0.0344	0.1266	-1.6748	-13.3058	22.3403
3	1.9913	0.9211	-0.7938	2.2451	0.1366	1.8443	-0.0694	-0.2933	-0.1753	-0.0212	-0.0113	0.0749	0.1985	-0.0699	0.0721	0.122	0.0281	-0.004	0.1659	0.0587	0.1165	14.2944	-22.1662	20.7261
4	1.6711	0.1698	0.0342	1.3958	0.5658	1.5689	0.0102	-0.0897	-0.0303	0.0984	0.0858	-0.1651	0.0094	0.2752	-0.0901	0.0871	0.0155	-0.0052	0.1289	0.0093	0.0996	39.8898	-21.4784	-8.4937
5	1.93	-0.2079	0.0449	1.5353	0.6571	2.859	-0.0493	0.0837	-0.0934	0.0256	0.0084	0.0181	-0.0039	-0.2267	0.0261	0.058	0.0011	0.0039	0.1293	0.0243	0.0904	22.1195	-22.0967	-15.9945
6	2.0781	0.9233	-0.6558	2.8831	-0.7635	2.0222	0.0739	0.3239	0.2331	-0.0537	0.034	0.3038	-0.586	-0.5062	-0.1131	0.2501	0.0684	-0.0009	0.2701	0.0325	0.1333	20.9996	-6.961	-19.2586
7	1.6267	-0.1075	-0.0239	1.2443	-0.3706	1.9745	-0.0408	0.1989	0.2333	-0.1801	0.1115	-0.1638	-0.4951	0.2999	-0.0486	0.2658	-0.0821	0.0472	0.2247	0.015	0.1705	39.2565	-4.815	-15.428

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 167 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 168 through 233 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 234 through 334 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 31 through 126 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 127 through 199 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 200 through 252 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 253 through 334 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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