PDB-9ixe: Crystal structure of Copper-bound N(omega)-hydroxy-L-arginine hyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ixe

タイトル

Crystal structure of Copper-bound N(omega)-hydroxy-L-arginine hydrolase without oxidized Cys86

要素

N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Nomega-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / arginase activity / : / antibiotic biosynthetic process / manganese ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces lavendulae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Oda, K. / Matoba, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Copper inactivates DcsB by oxidizing the metal ligand Cys86 to sulfinic acid.
著者: Oda, K. / Komaguchi, K. / Matoba, Y.

履歴

登録	2024年7月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2024年11月20日	ID: 9IQ9
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2025年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ixe.cif.gz	130.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ixe.ent.gz	99.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ixe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/9ixe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/9ixe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ixcC 9ixdC 9ixfC 9ixgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase

B: N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase

ヘテロ分子

60.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.502, 46.981, 59.559
Angle α, β, γ (deg.)	83.57, 84.69, 70.09
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase / hydroxyarginase 分子量: 30016.701 Da / 分子数: 2 / 断片: N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces lavendulae (バクテリア) 遺伝子: dcsB / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: D2Z025, Nomega-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.16 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: PEG 4000, MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1.35 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.35 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→43.65 Å / Num. obs: 59923 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 0.73 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 122601
反射シェル	解像度: 1.58→1.61 Å / % possible obs: 86.7 % / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.475 / Num. measured all: 5828 / Num. unique obs: 2774 / CC_1/2: 0.648 / R_pim(I) all: 0.439 / R_rim(I) all: 0.648 / Χ²: 0.85 / Net I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.58→43.65 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2165	3085	5.15 %
R_work	0.179	-	-
obs	0.181	59912	92.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→43.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4067	0	6	546	4619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4250
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.807	5820
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.689	611
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	669
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	782

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.58-1.6	0.2933	131	0.2653	2404	X-RAY DIFFRACTION	86
1.6-1.63	0.2587	135	0.2408	2490	X-RAY DIFFRACTION	90
1.63-1.66	0.2368	133	0.2144	2449	X-RAY DIFFRACTION	89
1.66-1.69	0.2693	127	0.2096	2535	X-RAY DIFFRACTION	91
1.69-1.72	0.2701	104	0.1946	2564	X-RAY DIFFRACTION	90
1.72-1.76	0.2129	160	0.1989	2500	X-RAY DIFFRACTION	92
1.76-1.8	0.2281	135	0.1887	2572	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8-1.84	0.2405	160	0.1873	2503	X-RAY DIFFRACTION	92
1.84-1.88	0.24	130	0.1892	2568	X-RAY DIFFRACTION	92
1.88-1.93	0.2239	112	0.1812	2618	X-RAY DIFFRACTION	92
1.93-1.99	0.2176	143	0.1869	2580	X-RAY DIFFRACTION	93
1.99-2.05	0.2665	147	0.1813	2579	X-RAY DIFFRACTION	93
2.05-2.13	0.1957	113	0.1818	2623	X-RAY DIFFRACTION	93
2.13-2.21	0.2133	151	0.1732	2565	X-RAY DIFFRACTION	93
2.21-2.31	0.1917	149	0.175	2585	X-RAY DIFFRACTION	94
2.31-2.44	0.2209	158	0.1866	2597	X-RAY DIFFRACTION	94
2.44-2.59	0.2375	122	0.1817	2654	X-RAY DIFFRACTION	95
2.59-2.79	0.2205	147	0.1821	2672	X-RAY DIFFRACTION	96
2.79-3.07	0.2364	130	0.1843	2704	X-RAY DIFFRACTION	96
3.07-3.51	0.2211	150	0.164	2680	X-RAY DIFFRACTION	97
3.51-4.43	0.186	187	0.1543	2684	X-RAY DIFFRACTION	98
4.43-43.65	0.1976	161	0.1747	2701	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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