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- PDB-9ix8: Crystallization and structural characterization of phosphopentomu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ix8
タイトルCrystallization and structural characterization of phosphopentomutase from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis
要素Phosphopentomutase
キーワードISOMERASE / Phosphopentomutase / Thermococcus kodakarensis / Hyperthermophilic archaea / Phosphohexomutase homologue
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglucosamine mutase activity / phosphopentomutase / phosphopentomutase activity / phosphomannomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoglucosamine mutase, archaeal type / : / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, C-terminal domain / Alpha-D-phosphohexomutase superfamily / Alpha-D-phosphohexomutase, conserved site / Phosphoglucomutase and phosphomannomutase phosphoserine signature. / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain II ...Phosphoglucosamine mutase, archaeal type / : / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, C-terminal domain / Alpha-D-phosphohexomutase superfamily / Alpha-D-phosphohexomutase, conserved site / Phosphoglucomutase and phosphomannomutase phosphoserine signature. / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain II / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain III / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain I / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha I/II/III / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain superfamily / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain I
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7PE / Phosphopentomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Naz, Z. / Lubkowski, T.J. / Saleem, M. / Rahman, M. / Wlodawer, A. / Rashid, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2024
タイトル: Biophysical Characterization of a Novel Phosphopentomutase from the Hyperthermophilic Archaeon Thermococcus kodakarensis .
著者: Naz, Z. / Lubkowski, J. / Saleem, M. / Aslam, M. / Rahman, M. / Wlodawer, A. / Rashid, N.
履歴
登録2024年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopentomutase
B: Phosphopentomutase
C: Phosphopentomutase
D: Phosphopentomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,5807
ポリマ－197,8674
非ポリマー7133
水7,548419
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10960 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area63850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.772, 97.575, 128.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Phosphopentomutase / PPM


分子量: 49466.691 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
遺伝子: TK1777, Tko0866 / プラスミド: pNZPi / 詳細 (発現宿主): pET-21a(+)-His6-TEV-Tk1777 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q6I7B6, phosphopentomutase
#2: 化合物 ChemComp-7PE / 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENT / 3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オ-ル


分子量: 310.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O7
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% v/v PEG300, 10% v/v Glycerol, 0.1 M Tris-HCl- pH 8.5, 5% w/v PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 77057 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rrim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 10.48
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.39-2.536.81.0391.57121370.70.597
2.53-2.710.652115700.8730.135
2.71-2.920.401108520.9470.433
2.92-3.20.252100160.9770.272
3.2-3.580.14291110.9920.155
3.58-4.130.08480800.9960.091
4.13-5.050.05968980.9980.063
5.05-7.10.06253320.9980.067

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.39→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 9.344 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.29 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27378 2310 3 %RANDOM
Rwork0.20111 ---
obs0.2033 74699 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.494 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20 Å20.53 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.39→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13803 0 48 419 14270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01314151
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01713713
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7211.64219163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2661.57831714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.01251787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.99621.525708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.151152451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.91515109
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022940
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6125.0287136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.6085.0287135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6757.538915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.6767.5318916
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2225.6977015
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2215.6977016
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.9168.27810245
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.83358.6915408
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.83858.68815384
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.452 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 166 -
Rwork0.373 5367 -
obs--97.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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