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- PDB-9iwv: Crystal structure of Lsd18 after incubation with the substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iwv
タイトルCrystal structure of Lsd18 after incubation with the substrate
要素Putative epoxidase LasC
キーワードFLAVOPROTEIN / a flavin-dependent monooxygenase / epoxidase
機能・相同性酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / FAD-binding domain / FAD binding domain / antibiotic biosynthetic process / FAD binding / monooxygenase activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Putative epoxidase LasC
機能・相同性情報
生物種Streptomyces lasalocidi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Wang, Q. / Kim, C.Y. / Chen, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21807088 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Mechanistic and molecular insights into iterative triepoxidation catalyzed by monooxygenase MonCI using a natural substrate analog.
著者: Deng, Y. / Guan, Y. / Xiao, H. / Kang, Y. / Dang, D. / Jiang, G. / Wang, Q. / Yang, Y. / Cheng, L. / Zang, Y. / Zhang, S. / He, W. / Hotta, K. / Liu, J.Q. / Yang, Z. / Chen, X.
履歴
登録2024年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative epoxidase LasC
B: Putative epoxidase LasC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,2129
ポリマ－105,2932
非ポリマー1,9187
水8,881493
1
A: Putative epoxidase LasC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5604
ポリマ－52,6471
非ポリマー9133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative epoxidase LasC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6525
ポリマ－52,6471
非ポリマー1,0054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.040, 61.970, 76.290
Angle α, β, γ (deg.)74.80, 81.86, 76.80
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Putative epoxidase LasC / Lasalocid biosynthesis protein Lsd18


分子量: 52646.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lasalocidi (バクテリア)
遺伝子: lsd18, lasC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B5M9L6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: B5M9L6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.95 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Imidazole pH 8.0, 0.8 M NaCl, 37% (w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→32.943 Å / Num. obs: 67215 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 10.18
反射 シェル解像度: 1.85→1.916 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.016 / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / Num. unique obs: 4932 / CC1/2: 0.704 / Rrim(I) all: 1.096 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.16_3549: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8T3P

8t3p


解像度: 1.85→32.943 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2302 3359 5 %
Rwork0.189 --
obs0.191 67200 97.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→32.943 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6906 0 152 493 7551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077213
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8679844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.892575
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571119
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061291
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.87640.32911390.28722649X-RAY DIFFRACTION96
1.8764-1.90440.32211390.27062633X-RAY DIFFRACTION96
1.9044-1.93410.28911370.26562606X-RAY DIFFRACTION97
1.9341-1.96580.26551400.25362654X-RAY DIFFRACTION97
1.9658-1.99970.27781380.24872630X-RAY DIFFRACTION96
1.9997-2.03610.29141370.23192601X-RAY DIFFRACTION97
2.0361-2.07520.29331390.22692646X-RAY DIFFRACTION97
2.0752-2.11760.25351400.21622654X-RAY DIFFRACTION97
2.1176-2.16360.27181400.21382650X-RAY DIFFRACTION97
2.1636-2.21390.23651400.19932665X-RAY DIFFRACTION97
2.2139-2.26930.25521380.20262616X-RAY DIFFRACTION97
2.2693-2.33060.23971400.19822661X-RAY DIFFRACTION98
2.3306-2.39920.23741400.20262658X-RAY DIFFRACTION98
2.3992-2.47660.23281420.19872698X-RAY DIFFRACTION98
2.4766-2.56510.26511390.20532640X-RAY DIFFRACTION98
2.5651-2.66770.26861390.19142641X-RAY DIFFRACTION98
2.6677-2.78910.251410.19952696X-RAY DIFFRACTION98
2.7891-2.93610.24781420.18692687X-RAY DIFFRACTION98
2.9361-3.11990.20071410.18222687X-RAY DIFFRACTION99
3.1199-3.36060.21571410.17362682X-RAY DIFFRACTION99
3.3606-3.69830.20271410.162674X-RAY DIFFRACTION99
3.6983-4.23250.17751430.16072703X-RAY DIFFRACTION99
4.2325-5.32890.20671420.16162716X-RAY DIFFRACTION99
5.3289-32.9430.22021410.18332694X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.4962 Å / Origin y: 6.2676 Å / Origin z: 18.2828 Å
111213212223313233
T0.2032 Å20.0069 Å20.0223 Å2-0.1853 Å20.0119 Å2--0.1867 Å2
L0.1279 °20.0471 °20.1583 °2-0.2072 °20.1343 °2--0.3814 °2
S0.0061 Å °-0.011 Å °0.0082 Å °0.0537 Å °-0.012 Å °0.0354 Å °0.0169 Å °-0.0216 Å °0.0062 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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