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- PDB-9iwf: crystal structure of P. beijingensis xanthine-II riboswitch in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iwf
タイトルcrystal structure of P. beijingensis xanthine-II riboswitch in complex with xanthine
要素P. beijingensis xanthine-II riboswitch (70-MER)
キーワードRNA / riboswitch / xanthine
機能・相同性GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / XANTHINE / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Paenibacillus beijingensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Xu, X.C. / Ren, A.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Sci China Life Sci / 年: 2025
タイトル: Structure-based principles underlying ligand recognition of xanthine-II riboswitch.
著者: Xu, X. / He, M. / Tai, X. / Ren, Q. / Shen, X. / Li, C. / Ren, A.
履歴
登録2024年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P. beijingensis xanthine-II riboswitch (70-MER)
B: P. beijingensis xanthine-II riboswitch (70-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,84121
ポリマ－44,1262
非ポリマー1,71519
水1,982110
1
A: P. beijingensis xanthine-II riboswitch (70-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,93311
ポリマ－22,0631
非ポリマー87010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: P. beijingensis xanthine-II riboswitch (70-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,90910
ポリマ－22,0631
非ポリマー8459
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)26.585, 115.752, 126.759
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 P. beijingensis xanthine-II riboswitch (70-MER)


分子量: 22063.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Paenibacillus beijingensis (バクテリア)
参照: GenBank: 779742186
#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-XAN / XANTHINE / キサンチン


分子量: 152.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.07 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.02 M Magnesium chloride, 0.04 M Sodium cacodylate pH 5.5, 40% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.002 M Hexammine cobalt(III) chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→85.48 Å / Num. obs: 24728 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 19.5 / Num. measured all: 307642
反射 シェル解像度: 2.06→2.17 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 1.198 / Num. measured all: 46330 / Num. unique obs: 3588 / CC1/2: 0.793 / Rpim(I) all: 0.344 / Rrim(I) all: 1.247 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→30.56 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 1999 8.11 %
Rwork0.2187 --
obs0.2215 24648 97.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→30.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2986 37 110 3133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053354
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1315216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3581698
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051698
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007144
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.110.37641390.3321576X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.160.35611450.3061642X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.230.38771460.29791656X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.30.34311100.2881248X-RAY DIFFRACTION78
2.3-2.380.34161460.29171657X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.480.30231440.2941633X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.590.311480.30651661X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.730.41511430.31361629X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.90.38291470.30631680X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.120.30051460.26161641X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.430.2371480.21011677X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.930.24781240.18831413X-RAY DIFFRACTION83
3.93-4.950.18711520.1631710X-RAY DIFFRACTION100
4.95-30.560.17991610.1691826X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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