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- PDB-9iwc: High Resolution Crystal Structure of Glyceraldehyde-3-Phosphate D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iwc
タイトルHigh Resolution Crystal Structure of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Saccharomyces cerevisiae Complexed with a Maleate Derivative
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3
キーワードPROTEIN BINDING / covalent inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Gluconeogenesis / Glycolysis / heme transport / melatonin binding / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / fungal-type cell wall / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / lipid droplet / reactive oxygen species metabolic process / glycolytic process ...Gluconeogenesis / Glycolysis / heme transport / melatonin binding / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / fungal-type cell wall / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / lipid droplet / reactive oxygen species metabolic process / glycolytic process / gluconeogenesis / NAD binding / NADP binding / mRNA binding / apoptotic process / heme binding / mitochondrion / RNA binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Cao, H. / Zhang, X. / Ren, Y. / Wan, J.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22177036 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22377030 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22373039 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: High Resolution Crystal Structure of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Saccharomyces cerevisiae Complexed with a Maleate Derivative
著者: Cao, H. / Zhang, X. / Ren, Y. / Wan, J.
履歴
登録2024年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0402
ポリマ－36,8091
非ポリマー2311
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,1608
ポリマ－147,2354
非ポリマー9254
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
Buried area12690 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area44700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.792, 115.792, 115.043
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-546-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3 / GAPDH 3 / Triose-phosphate dehydrogenase 1


分子量: 36808.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TDH3, GPD3, YGR192C, G7576 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P00359, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物 ChemComp-A1D98 / methyl 4-[(4-ethynylphenyl)amino]-4-oxidanylidene-butanoate


分子量: 231.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H13NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% v/v PEG 3350, 0.2M Ammonium acetate, pH 6.3, 0.5M sodium chloride, 0.1M Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→47.07 Å / Num. obs: 27081 / % possible obs: 90.32 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 21.72
反射 シェル解像度: 1.965→2.035 Å / Num. unique obs: 2135 / CC1/2: 0.771

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.96→47.07 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 1426 5.61 %
Rwork0.2123 --
obs0.2141 25397 90.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→47.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2459 0 17 123 2599
拘束条件タイプ: f_plane_restr / Dev ideal: 0.008 / 数: 435
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.96-2.040.36631020.36392033X-RAY DIFFRACTION78
2.04-2.120.37431030.32921890X-RAY DIFFRACTION72
2.12-2.210.37721160.29272360X-RAY DIFFRACTION89
2.21-2.330.34141130.26061945X-RAY DIFFRACTION74
2.33-2.480.29421230.24282513X-RAY DIFFRACTION95
2.48-2.670.28221580.21662558X-RAY DIFFRACTION97
2.67-2.930.27021990.21912564X-RAY DIFFRACTION98
2.94-3.360.24741620.20122644X-RAY DIFFRACTION99
3.36-4.230.21211520.19222689X-RAY DIFFRACTION100
4.23-47.070.20421980.18692775X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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