[日本語] English
万見
- PDB-9ivt: Crystal structure of Ang1 receptor-binding domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ivt
タイトルCrystal structure of Ang1 receptor-binding domain
要素Angiopoietin-1
キーワードCELL ADHESION / Angiopoietin-1
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / Tie signaling pathway / glomerulus vasculature development / positive regulation of blood-brain barrier permeability / heparin proteoglycan biosynthetic process / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of coagulation / negative regulation of cytokine production involved in immune response ...regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / Tie signaling pathway / glomerulus vasculature development / positive regulation of blood-brain barrier permeability / heparin proteoglycan biosynthetic process / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of coagulation / negative regulation of cytokine production involved in immune response / regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of cell adhesion / negative regulation of vascular permeability / sprouting angiogenesis / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein localization to cell surface / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of protein import into nucleus / positive chemotaxis / cell-substrate adhesion / microvillus / hemopoiesis / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Tie2 Signaling / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of cell adhesion / receptor tyrosine kinase binding / blood coagulation / : / RAF/MAP kinase cascade / neuron apoptotic process / angiogenesis / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / membrane raft / receptor ligand activity / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ANG-1-like domain / Fibrinogen alpha chain / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Wang, R. / Huang, M.D. / Jiang, L.G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82070142 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Development of a recombinant Ang1 variant with enhanced Tie2 binding and its application to attenuate sepsis in mice.
著者: Wang, R. / Li, H. / Xie, Z. / Huang, M. / Xu, P. / Yuan, C. / Li, J. / Flaumenhaft, R. / Huang, M. / Jiang, L.
履歴
登録2024年7月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Angiopoietin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1881
ポリマ－26,1881
非ポリマー00
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.600, 61.980, 44.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-556-

HOH

21A-641-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Angiopoietin-1 / ANG-1


分子量: 26188.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANGPT1, KIAA0003 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: Q15389
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.5 M Sodium formate at pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→24.05 Å / Num. obs: 21020 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / Num. unique obs: 1093 / CC1/2: 0.775

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→24.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.003 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1089 5.2 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.179 19930 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.16 Å20 Å2-1.62 Å2
2---0.7 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→24.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1758 0 0 142 1900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0131819
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181616
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6621.6432453
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4031.5893716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7925217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.6122.476105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.36415300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1451510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02481
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1512.05871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.152.049870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3013.0671087
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2993.0681088
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8762.342946
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8742.341946
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4593.3961365
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.06625.0542145
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.96224.7482122
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 85 -
Rwork0.26 1466 -
obs--99.68 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る