PDB-9ivl: Crystal Structure of SME-1 E166A mutant in complex with Biapenem

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ivl

タイトル

Crystal Structure of SME-1 E166A mutant in complex with Biapenem

要素

beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Complex / Carbapenem

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Dhankhar, K. / Hazra, S.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SME-1 E166A mutant in complex with Biapenem
著者: Dhankhar, K. / Hazra, S.

履歴

登録	2024年7月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ivl.cif.gz	154.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ivl.ent.gz	94.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ivl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ivl_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ivl_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9ivl_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	9ivl_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/9ivl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/9ivl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-lactamase

ヘテロ分子

30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.605, 51.728, 88.226
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	beta-lactamase / SME E166A 分子量: 30345.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: sme-2, blaSME-1, blaSME-4, blaSME1, SME12620_22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54488, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-BMG / (4R,5S)-3-(6,7-dihydro-5H-pyrazolo[1,2-a][1,2,4]triazol-4-ium-6-ylsulfanyl)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-4-meth yl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylate / (4R,5S)-3-(6,7-dihydro-5H-pyrazolo[1,2-a][1,2,4]triazol-4-ium-6-ylthio)-5-((2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl)-4- methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylate 分子量: 352.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₀N₄O₄S
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M lithium chloride, 20% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→22.37 Å / Num. obs: 40678 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 1905 / CC_1/2: 0.887

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→22.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 2.24 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.062

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1771	1989	4.897 %
R_work	0.1388	38629	-
all	0.141	-	-
obs	-	40618	99.158 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.594 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.456 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.101 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.355 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→22.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2044	0	31	236	2311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.097	1.831	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.011	5	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.625	8.158	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.69	10	373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.917	10	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.22	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.447	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.241	0.673	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.362	1.209	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.019	0.885	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.701	1.539	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	21.982	11.562	3519
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.745	3	2152

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.436	0.195	146	0.158	2703	X-RAY DIFFRACTION	95.9259
1.436-1.475	0.169	149	0.132	2696	X-RAY DIFFRACTION	97.9346
1.475-1.518	0.189	125	0.132	2622	X-RAY DIFFRACTION	97.8974
1.518-1.565	0.186	122	0.132	2575	X-RAY DIFFRACTION	98.4307
1.565-1.616	0.162	126	0.122	2519	X-RAY DIFFRACTION	98.9895
1.616-1.672	0.172	148	0.121	2419	X-RAY DIFFRACTION	99.5347
1.672-1.735	0.165	126	0.126	2359	X-RAY DIFFRACTION	99.7191
1.735-1.805	0.181	131	0.129	2265	X-RAY DIFFRACTION	99.9166
1.805-1.885	0.196	128	0.13	2178	X-RAY DIFFRACTION	99.9567
1.885-1.976	0.173	94	0.133	2121	X-RAY DIFFRACTION	100
1.976-2.082	0.182	114	0.135	1994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.082-2.207	0.189	103	0.14	1907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.207-2.358	0.196	70	0.133	1830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.358-2.545	0.164	63	0.143	1685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.545-2.784	0.169	92	0.153	1554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.784-3.106	0.205	67	0.163	1420	X-RAY DIFFRACTION	99.9328
3.106-3.576	0.18	68	0.144	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
3.576-4.351	0.162	57	0.132	1094	X-RAY DIFFRACTION	100
4.351-6.041	0.137	35	0.146	873	X-RAY DIFFRACTION	100
6.041-22.37	0.174	25	0.174	558	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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