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- PDB-9iux: X-ray crystal structure of human hemoglobin subunit mu C49S/C104S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iux
タイトルX-ray crystal structure of human hemoglobin subunit mu C49S/C104S mutant
要素Hemoglobin subunit mu
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / hemoglobin
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, alpha-type / : / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit mu
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Lin, Y.W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray crystal structure of human hemoglobin subunit mu C49S/C104S mutant
著者: Lin, Y.W.
履歴
登録2024年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit mu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2342
ポリマ－15,6181
非ポリマー6161
水2,594144
1
A: Hemoglobin subunit mu
ヘテロ分子

A: Hemoglobin subunit mu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4694
ポリマ－31,2362
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.630, 40.630, 167.429
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-394-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit mu / Hemoglobin mu chain / Mu-globin


分子量: 15617.913 Da / 分子数: 1 / 変異: C49S,C104S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBM, HBAP2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6B0K9
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium acetate, sodium cacodylate, PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→41.86 Å / Num. obs: 24796 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 15.5 % / Biso Wilson estimate: 14.62 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.47→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 2.479 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3492 / CC1/2: 0.52 / Rpim(I) all: 0.749 / Rrim(I) all: 2.597 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.53→32.85 Å / SU ML: 0.1454 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.7686
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2013 1062 4.79 %
Rwork0.1729 21090 -
obs0.1742 22152 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→32.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1066 0 43 144 1253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00671200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93291660
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0099211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1055167
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.53-1.60.26721460.20942544X-RAY DIFFRACTION99.01
1.6-1.680.23771350.19042547X-RAY DIFFRACTION99.04
1.68-1.790.23521400.17852555X-RAY DIFFRACTION99.41
1.79-1.930.18631250.17362608X-RAY DIFFRACTION99.45
1.93-2.120.20811350.15732602X-RAY DIFFRACTION99.85
2.12-2.430.17261260.16262651X-RAY DIFFRACTION99.93
2.43-3.060.22581160.17862695X-RAY DIFFRACTION99.72
3.06-32.850.18261390.17012888X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.137354734283-0.0747979159250.06552063847180.1989491092-0.04700907900250.1865925504770.0436896772549-0.03205824238990.00662179080713-0.0163988234163-0.07529839419720.01452014168810.0213380933840.0501253366866-0.0194914241320.105476447876-0.003791034747140.017995540450.1048406506210.002214185371980.10874947454610.12411595161.42445078197-9.20219700996
20.0700476857213-0.134635509436-0.08306142740870.1946809159120.1149705986030.149370996250.0278587066824-0.08988903979760.2212452236150.01926642811610.03390102189790.129159404210.06011247816560.1979052875090.01032430819220.0971551824181-0.00963751721983-0.004629263044930.1133403690440.0006025138553940.12092027142214.7314887062-1.40201958273-2.89290491979
30.2627383498990.0866374201685-0.2455057123440.1989012944230.04769318817160.200927220824-0.04983849744080.00718019302336-0.05631608973240.09663330682630.07133296677460.03742421972090.104994318442-0.05037376950480.03988475502570.1412117256850.01092606649480.003541201336130.106883121068-0.01920170463540.09847574936876.24863391862-6.37873220925-6.62670050268
40.124552432220.0152246101776-0.02552637770810.0154088587635-0.03224473404050.0318274384399-0.0319601337114-0.1657487368680.0381174659788-0.03186122483250.01151750880540.176482998760.0276120433806-0.114394219921-0.03223961449160.129643291923-0.007043382755630.01879464767260.1379320810430.04086970770130.1535662268984.203699856019.14647753593-18.3030778012
50.2168561537660.117024202192-0.1463173617190.341162093788-0.2495647628060.394645280909-0.07952279626840.0552134566288-0.04898754089040.00485920919138-0.061083903474-0.05245544276720.05846108267570.0317288861973-0.1199244264750.1019376953120.01083781519820.002632059796470.118849543272-0.01493895931810.11720003727812.9580882826-6.27132102557-14.4369853376
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 80 through 116 )80 - 11676 - 112
22chain 'A' and (resid 117 through 141 )117 - 141113 - 137
33chain 'A' and (resid 1 through 35 )1 - 351 - 35
44chain 'A' and (resid 36 through 52 )36 - 5236 - 48
55chain 'A' and (resid 53 through 79 )53 - 7949 - 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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