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- PDB-9iui: Crystal structure of PSD-95 GK domain in complex with GK_FingR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iui
タイトルCrystal structure of PSD-95 GK domain in complex with GK_FingR
要素
  • Disks large homolog 4
  • FingR targeting PSD-95
キーワードPROTEIN BINDING / Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / beta-1 adrenergic receptor binding / Neurexins and neuroligins / neuroligin family protein binding / regulation of grooming behavior / structural constituent of postsynaptic density / synaptic vesicle maturation ...RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / beta-1 adrenergic receptor binding / Neurexins and neuroligins / neuroligin family protein binding / regulation of grooming behavior / structural constituent of postsynaptic density / synaptic vesicle maturation / positive regulation of neuron projection arborization / receptor localization to synapse / vocalization behavior / neuron spine / cerebellar mossy fiber / AMPA glutamate receptor clustering / protein localization to synapse / positive regulation of dendrite morphogenesis / proximal dendrite / dendritic branch / Trafficking of AMPA receptors / LGI-ADAM interactions / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / dendritic spine morphogenesis / negative regulation of receptor internalization / juxtaparanode region of axon / frizzled binding / acetylcholine receptor binding / neuron projection terminus / regulation of NMDA receptor activity / dendritic spine organization / cellular response to potassium ion / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of synapse assembly / beta-2 adrenergic receptor binding / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / Synaptic adhesion-like molecules / neuromuscular process controlling balance / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / cortical cytoskeleton / locomotory exploration behavior / AMPA glutamate receptor complex / excitatory synapse / kinesin binding / social behavior / regulation of neuronal synaptic plasticity / glutamate receptor binding / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / D1 dopamine receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / ionotropic glutamate receptor binding / dendrite cytoplasm / synaptic membrane / cell periphery / PDZ domain binding / neuromuscular junction / establishment of protein localization / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / cell-cell adhesion / postsynaptic density membrane / cerebral cortex development / kinase binding / synaptic vesicle / cell-cell junction / cell junction / nervous system development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein-containing complex assembly / scaffold protein binding / protein phosphatase binding / chemical synaptic transmission / dendritic spine / postsynaptic membrane / postsynapse / neuron projection / postsynaptic density / signaling receptor binding / dendrite / synapse / protein kinase binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / : / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. ...Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / : / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / SH3 domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Disks large homolog 4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
unclassified sequences (unknown)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Zhu, S. / Cai, Q. / Zhang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2025
タイトル: Modulating synaptic glutamate receptors by targeting network nodes of the postsynaptic density condensate.
著者: Jia, B. / Zhu, S. / Shen, Z. / Chen, X. / Li, H. / Zhao, S. / Cai, Q. / Wang, Y. / Wang, Z. / Nicoll, R.A. / Lu, Y. / Zhang, M.
履歴
登録2024年7月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年8月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32025年9月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disks large homolog 4
B: FingR targeting PSD-95
C: Disks large homolog 4
D: FingR targeting PSD-95
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9778
ポリマ－64,4934
非ポリマー4854
水4,306239
1
A: Disks large homolog 4
B: FingR targeting PSD-95


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2462
ポリマ－32,2462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13970 Å2
手法PISA
2
C: Disks large homolog 4
D: FingR targeting PSD-95
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7316
ポリマ－32,2462
非ポリマー4854
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.429, 74.987, 136.567
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Disks large homolog 4 / Postsynaptic density protein 95 / PSD-95 / Synapse-associated protein 90 / SAP-90 / SAP90


分子量: 21690.418 Da / 分子数: 2 / 断片: GK domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dlg4, Dlgh4, Psd95 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31016
#2: タンパク質 FingR targeting PSD-95


分子量: 10555.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unclassified sequences (unknown) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 243分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.36 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M Sodium Citrate pH 5.0, 20% PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月17日
放射モノクロメーター: LN2-cooled DCM with Si(111) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 51565 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 12.82
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.93-2.042.40277760.6962.5051
2.04-2.191.53878310.8721.5981
2.19-2.360.91872710.9510.9551
2.36-2.580.51967680.9860.541
2.58-2.890.28361160.9950.2941
2.89-3.330.12754320.9990.1321
3.33-4.080.06645880.9990.0691
4.08-5.750.043365610.0451
5.75-500.035212710.0361

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→49.72 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2782 2566 5 %
Rwork0.2387 --
obs0.2406 51363 98.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→49.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4370 0 32 239 4641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054529
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7666124
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.362630
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058667
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006791
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.960.51931200.47942274X-RAY DIFFRACTION84
1.96-20.44851390.44792618X-RAY DIFFRACTION96
2-2.050.43951420.42422700X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.10.42041420.38662695X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.150.40231440.35722726X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.210.31331430.32542723X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.270.35331430.30542721X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.340.35311400.28662668X-RAY DIFFRACTION98
2.34-2.430.29831430.27282716X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.530.34191450.26632731X-RAY DIFFRACTION99
2.53-2.640.28581430.27432722X-RAY DIFFRACTION99
2.64-2.780.30111440.26522763X-RAY DIFFRACTION99
2.78-2.950.33861400.25152685X-RAY DIFFRACTION99
2.95-3.180.26231460.24262773X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.50.26821450.22482776X-RAY DIFFRACTION100
3.5-4.010.24261450.19832758X-RAY DIFFRACTION99
4.01-5.050.22421480.16772833X-RAY DIFFRACTION100
5.05-49.720.20451540.18232915X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.42281.2931-0.07011.6857-0.17520.79180.0133-0.23290.237-0.0492-0.15560.3046-0.2217-0.19450.09460.3730.0756-0.02910.5236-0.0130.3927-10.57617.1546-13.7661
23.2139-0.2811-0.08672.22970.13913.6395-0.2103-0.1451-0.17750.41620.07860.29960.3222-0.49810.18470.3285-0.0320.05520.5793-0.0110.4023-22.4556-9.6355-5.63
32.10830.65-0.32242.937-0.35063.043-0.3389-0.0483-0.0005-0.17950.07020.41760.3536-0.48570.34570.4023-0.08720.02750.53920.02020.4431-15.2949-8.4296-12.622
41.90680.47780.20133.5943-0.53754.1549-0.42090.1307-0.3368-0.32190.068-0.59210.394-0.1930.29670.38710.01160.1050.42370.03660.4705-8.7487-1.5808-17.8974
52.38850.2773-0.49341.01470.30274.1681-0.067-0.17960.0670.0215-0.0015-0.1379-0.23150.32310.07820.3103-0.0278-0.00660.38770.04440.32593.71017.2414-12.2029
61.858-0.4098-0.94533.041-0.77016.1487-0.5652-0.78310.56840.1011-0.04660.0941-1.082-0.074-0.01360.842-0.2307-0.14031.2454-0.18670.6123-8.273811.429316.2639
71.1050.3889-1.28691.2046-0.67632.69690.3659-1.121-0.2970.05360.4130.1634-0.7726-0.385-0.38240.46580.01370.05421.26050.05490.4613-14.92585.372521.5816
81.57250.12210.90880.42350.9122.1130.6731-0.2330.4508-0.0787-0.06230.0663-0.9066-0.3608-0.41780.55480.0380.00740.5598-0.10780.4729-12.177711.96921.2717
92.7517-0.75182.00052.9683-0.07464.85660.2317-1.3342-0.3239-0.2514-0.1278-0.25560.43590.1507-0.05370.3467-0.05180.03310.74580.03140.3963-12.4543-0.23177.5025
103.4696-0.7224-0.88340.2857-0.08281.3577-0.1808-0.2083-1.4580.7112-0.19880.4430.6110.2241-0.01680.95090.128-0.13761.11590.40620.9108-4.1705-9.463117.4536
111.97840.37270.01511.28650.44594.00490.2841-0.4199-0.19110.0464-0.45740.1099-0.11-0.27850.06670.4162-0.02340.08630.69630.03420.4082-17.08782.670910.0116
120.6426-0.48070.3681.51660.11310.4890.1738-1.1094-0.1670.111-0.2044-0.2790.28210.4395-0.00420.346-0.0928-0.05621.16450.13250.4699-8.9678-0.330315.829
134.57181.18162.98651.01330.51512.6334-0.0396-0.0175-0.5216-0.09180.3736-0.4844-0.17570.7359-0.22720.3614-0.01490.02990.6974-0.02180.3518-8.09020.7858-2.7691
141.3188-0.80340.79213.164-0.69815.4522-0.032-0.5692-0.04341.3345-0.5193-0.631-0.0258-0.0292-0.06560.2903-0.5638-0.33091.98720.03340.348-5.19214.861120.984
151.1492-0.6547-0.79030.98540.00920.84320.16140.3264-0.20.00910.0160.10270.0607-0.47290.45520.37310.0489-0.03390.2518-0.04970.3791-6.2896-33.0614-33.6506
161.15950.58490.1240.5210.83772.0780.04330.17990.2326-0.1065-0.10120.1995-0.6104-0.656-0.0370.39370.06940.00430.2616-0.02530.4207-12.9967-28.9168-27.9955
173.3769-0.67340.11333.1206-0.07232.9158-0.4246-0.0350.14571.07360.06910.3729-0.2964-0.77390.35720.60160.02130.1220.73920.04460.587-25.0203-40.6343-17.3157
182.3451-0.69690.11333.0761-1.01711.73130.0213-0.0968-1.0277-0.17330.30050.83810.5379-0.3267-0.47790.6488-0.09710.00120.6043-0.04320.7901-20.9747-52.1098-25.4067
192.44340.76050.06713.5506-1.05812.9638-0.2562-0.3123-0.1147-0.34750.02510.20950.4251-0.95340.22120.4581-0.0898-0.00820.5332-0.08810.4896-15.924-45.7478-28.8878
201.30750.75510.13233.2259-0.53583.4918-0.3178-0.2415-0.3822-0.35620.1375-0.59120.2871-0.30170.21860.3720.04120.1050.36130.00320.5064-9.1266-38.9706-33.891
212.4936-0.608-0.99561.5012-0.24782.8459-0.2066-0.27140.02480.1360.1068-0.1186-0.09940.78380.17860.3573-0.0094-0.00040.48640.02590.35173.1448-29.7447-26.4921
222.4188-0.3767-0.38572.84420.24965.8278-0.4194-0.7227-0.13090.1409-0.11580.07260.59631.42990.66750.34290.11840.06260.57430.10820.41577.7652-37.8845-24.0126
232.17890.3568-0.07141.87021.17572.8899-0.0640.0340.27860.0722-0.1660.0447-0.55690.18470.25320.4736-0.0191-0.00560.43410.01010.34540.3396-24.3939-33.9268
241.80830.0151-0.07274.0989-1.02824.7299-0.1435-0.39990.2380.32870.3427-0.2371-0.85940.1368-0.18890.3899-0.02830.01610.9446-0.1430.4188-11.8392-29.31291.5176
252.92631.32050.73911.75890.71433.69230.0727-0.6704-0.3491-0.035-0.0858-0.2710.15590.13160.02630.26050.090.04270.50830.01890.3547-11.2891-36.9905-8.3007
262.390.1508-0.03331.66470.19351.72870.0628-0.9764-0.32910.22580.1769-0.025-0.1660.3251-0.23740.29230.0801-0.0030.60930.05760.355-11.6731-35.7547-1.5999
274.8451.02612.80791.16950.38452.80010.19650.0787-0.59560.0228-0.0577-0.19540.03570.4061-0.02980.36890.04210.01130.5704-0.00880.3902-8.3491-36.7496-18.9245
281.5821-0.1683-0.60662.4425-2.15424.2451-0.2271-1.5923-0.00620.8097-0.8368-0.83920.0586-0.02540.41070.5136-0.1801-0.14791.05410.02490.4729-4.8996-32.66644.6438
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 533 through 566 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 567 through 594 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 595 through 621 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 622 through 640 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 641 through 713 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 0 through 6 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 7 through 15 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 16 through 22 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 23 through 32 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 33 through 39 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 40 through 53 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 54 through 70 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 71 through 81 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 82 through 90 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 533 through 543 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 544 through 566 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 567 through 579 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 580 through 594 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 595 through 621 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 622 through 640 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 641 through 666 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 667 through 687 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 688 through 713 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 0 through 16 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 17 through 45 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 46 through 70 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 71 through 81 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 82 through 90 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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