PDB-9iud: High resolution structure of Lectin-Like ox-LDL Receptor 1 with B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9iud

タイトル

High resolution structure of Lectin-Like ox-LDL Receptor 1 with BI-0115 in space group P 21 21 21

要素

Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

low-density lipoprotein particle receptor activity / lipoprotein metabolic process / blood circulation / leukocyte cell-cell adhesion / tertiary granule membrane / immune system process / specific granule membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / carbohydrate binding / receptor complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Khan, M.A. / Arulandu, A.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: High resolution structure of Lectin-Like ox-LDL Receptor 1 with BI-0115 in space group P 21 21 21
著者: khan, M.A. / Arulandu, A.

履歴

登録	2024年7月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9iud.cif.gz	234.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9iud.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9iud.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9iud_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9iud_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9iud_validation.xml.gz	56.3 KB	表示
CIF形式データ	9iud_validation.cif.gz	74 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/9iud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/9iud	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (6) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (6) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

B: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

C: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

D: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

E: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

F: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

G: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

H: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

ヘテロ分子

127 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

B: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

C: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

D: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

F: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

G: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

H: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.545, 110.246, 117.057
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Oxidized low-density lipoprotein receptor 1 / Ox-LDL receptor 1 / C-type lectin domain family 8 member A / Lectin-like oxidized LDL receptor 1 / ...Ox-LDL receptor 1 / C-type lectin domain family 8 member A / Lectin-like oxidized LDL receptor 1 / LOX-1 / Lectin-like oxLDL receptor 1 / hLOX-1 / Lectin-type oxidized LDL receptor 1 分子量: 15668.785 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OLR1, CLEC8A, LOX1 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P78380
#2: 化合物	ChemComp-NJT / 9-chloranyl-5-propyl-11~{H}-pyrido[2,3-b][1,4]benzodiazepin-6-one 分子量: 287.744 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄ClN₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 699 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium formate dihydrate, 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ELETTRA

/ ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.97→80.25 Å / Num. obs: 71550 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 9.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.121 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 11.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.97-2.01	8.1	0.996	3748	0.803	0.372	1.064	100
5.364-80.25		0.056	4029	0.996	0.019	0.06	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2-3874)	精密化
PHENIX	(1.18.2-3874)	モデル構築
PHASER	2.8.3	位相決定
autoPROC	1.0.5	data processing
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.98→41.27 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2414	3691	5.17 %
R_work	0.2026	-	-
obs	0.2047	71432	94.71 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→41.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8448	0	134	699	9281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8859
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.374	12026
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.707	1240
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1201
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1589

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2	0.2903	116	0.2608	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.03	0.3396	150	0.2548	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.282	143	0.2614	2420	X-RAY DIFFRACTION	94
2.06-2.09	0.3595	70	0.2474	1360	X-RAY DIFFRACTION	59
2.09-2.12	0.2689	126	0.2433	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.16	0.2853	130	0.2432	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.19	0.262	140	0.2379	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.23	0.2974	146	0.2375	2684	X-RAY DIFFRACTION	98
2.23-2.28	0.2685	38	0.2365	753	X-RAY DIFFRACTION	28
2.28-2.32	0.2882	148	0.2272	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.37	0.2762	163	0.2287	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.43	0.2759	163	0.2257	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.49	0.2855	166	0.2251	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.56	0.2865	144	0.2272	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.63	0.2542	140	0.2278	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.72	0.3065	147	0.2208	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.81	0.2403	134	0.218	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.93	0.3075	143	0.2239	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.06	0.284	155	0.2255	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.22	0.2419	140	0.1962	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.42	0.2259	160	0.1942	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.69	0.1911	155	0.1837	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.69-4.06	0.2141	162	0.174	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-4.64	0.193	173	0.1576	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
4.64-5.85	0.2082	178	0.1741	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
5.85-41.27	0.2245	161	0.1934	2923	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)