PDB-9it8: Crystal structure of the ternary complex of lactoperoxidase with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9it8

タイトル

Crystal structure of the ternary complex of lactoperoxidase with nitric oxide and nitrite ion at 1.95 A resolution

要素

Lactoperoxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Bovine lactoperoxidase / Peroxide family

機能・相同性

機能・相同性情報

Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / thiocyanate peroxidase activity / peroxidase / lactoperoxidase activity / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / antibacterial humoral response / response to oxidative stress / defense response to bacterium / heme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.954 Å

データ登録者

Maurya, A. / Ahmad, N. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the ternary complex of lactoperoxidase with nitric oxide and nitrite ion at 1.95 A resolution
著者: Maurya, A. / Ahmad, N. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2024年7月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9it8.cif.gz	152.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9it8.ent.gz	113.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9it8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9it8_validation.pdf.gz	13.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9it8_full_validation.pdf.gz	13.6 MB	表示
XML形式データ	9it8_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	9it8_validation.cif.gz	46 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/9it8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/9it8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (5) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#17 - 2001年5月
シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase)
類似性 (5)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lactoperoxidase

ヘテロ分子

72.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.048, 80.503, 75.951
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.849, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lactoperoxidase / LPO 分子量: 67773.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P80025, peroxidase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 10種, 377分子

#4: 化合物	ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル分子量: 30.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素分子量: 46.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物	ChemComp-OSM / 1-(OXIDOSULFANYL)METHANAMINE 分子量: 79.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₅NOS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2M AMMONIUM IODIDE, 21% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→74.05 Å / Num. obs: 45886 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.973 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_rim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3093 / CC_1/2: 0.658 / R_pim(I) all: 0.725 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.954→74.049 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2474	1357	2.96 %
R_work	0.1884	44483	-
all	0.19	-	-
obs	-	45840	99.496 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.701 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.108 Å²	0 Å²	1.371 Å²
2-	-	-2.794 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.968 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.954→74.049 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4771	0	199	338	5308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	5103
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4725
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.727	1.68	6912
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.508	1.591	10879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.355	5	598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.969	5	39
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.311	10	830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.372	10	240
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	730
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	2.966	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	6070
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.026	0.02	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	4925
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.098	0.2	2657
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	350
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.091	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.715	5.574	2395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.694	5.575	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.168	10.019	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.167	10.022	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.614	5.913	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.613	5.914	2709
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.282	10.744	3931
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.281	10.744	3932
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.545	54.72	6040
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.544	54.721	6041

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.954-2.004	0.372	95	0.334	3143	0.335	3398	0.894	0.887	95.2913	0.331
2.004-2.059	0.318	92	0.308	3198	0.309	3297	0.898	0.905	99.7877	0.303
2.059-2.119	0.349	97	0.302	3116	0.304	3221	0.901	0.909	99.7516	0.292
2.119-2.184	0.276	90	0.266	3019	0.266	3115	0.938	0.941	99.8074	0.251
2.184-2.256	0.318	108	0.292	2907	0.293	3028	0.903	0.903	99.5707	0.279
2.256-2.335	0.286	83	0.244	2811	0.245	2905	0.948	0.955	99.6213	0.224
2.335-2.423	0.342	86	0.216	2746	0.22	2833	0.918	0.967	99.9647	0.198
2.423-2.522	0.264	81	0.201	2643	0.203	2724	0.953	0.972	100	0.184
2.522-2.633	0.265	74	0.191	2541	0.193	2618	0.958	0.976	99.8854	0.175
2.633-2.762	0.291	80	0.196	2426	0.198	2509	0.944	0.974	99.8804	0.182
2.762-2.911	0.242	71	0.195	2299	0.197	2372	0.962	0.976	99.9157	0.186
2.911-3.087	0.298	56	0.191	2192	0.194	2249	0.933	0.978	99.9555	0.187
3.087-3.3	0.262	76	0.194	2047	0.196	2123	0.957	0.978	100	0.195
3.3-3.564	0.263	53	0.193	1923	0.195	1977	0.965	0.978	99.9494	0.198
3.564-3.903	0.248	52	0.181	1759	0.183	1817	0.963	0.978	99.6698	0.186
3.903-4.362	0.145	41	0.13	1611	0.13	1656	0.987	0.989	99.7585	0.144
4.362-5.034	0.181	42	0.127	1430	0.128	1473	0.982	0.991	99.9321	0.141
5.034-6.159	0.192	36	0.147	1194	0.148	1230	0.977	0.989	100	0.161
6.159-8.68	0.241	28	0.159	939	0.162	967	0.953	0.985	100	0.183
8.68-74.049	0.192	16	0.188	538	0.188	559	0.976	0.966	99.1055	0.252

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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