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- PDB-9it5: p300 KAT domain in complex with KB528 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9it5
タイトルp300 KAT domain in complex with KB528
要素Histone acetyltransferase p300
キーワードTRANSFERASE / KB528 / EP300 / P300 / HISTONE ACETYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation ...behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone H2B acetyltransferase activity / internal protein amino acid acetylation / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / protein propionyltransferase activity / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / thigmotaxis / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / positive regulation of TORC2 signaling / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H4 acetyltransferase activity / cellular response to L-leucine / histone H3 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / acetylation-dependent protein binding / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / NGF-stimulated transcription / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Polo-like kinase mediated events / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / host-mediated activation of viral transcription / TGFBR3 expression / regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of mitochondrion organization / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / face morphogenesis / platelet formation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / regulation of glycolytic process / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / megakaryocyte development / protein-lysine-acetyltransferase activity / nuclear androgen receptor binding / acyltransferase activity / STAT family protein binding / protein acetylation / Formation of paraxial mesoderm / histone H3K122 acetyltransferase activity / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / PI5P Regulates TP53 Acetylation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / fat cell differentiation / Zygotic genome activation (ZGA) / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / RUNX3 regulates p14-ARF / histone acetyltransferase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / canonical NF-kappaB signal transduction / NF-kappaB binding / negative regulation of gluconeogenesis / negative regulation of protein-containing complex assembly / pre-mRNA intronic binding / Attenuation phase / somitogenesis / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / cellular response to nutrient levels / skeletal muscle tissue development / histone acetyltransferase / regulation of cellular response to heat / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / : / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / positive regulation of TORC1 signaling / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / CD209 (DC-SIGN) signaling / negative regulation of autophagy / B cell differentiation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / SUMOylation of transcription cofactors / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Histone acetyltransferase p300
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Rahl, P. / Gao, H. / Calderon, Y. / Wang, Z.-F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: p300 catalytic inhibition selectively targets IRF4 oncogenic activity in multiple myeloma
著者: Lenoir, F. / McKeown, M. / Giorgetti, G. / Kobylarz, M. / Hopkins, T. / Glore, W. / Shum, M. / Calderon, Y. / Carvajal, L. / Mori, K. / Gao, H. / Zhou, M. / Trotter, B. / Dinsmore, C. / ...著者: Lenoir, F. / McKeown, M. / Giorgetti, G. / Kobylarz, M. / Hopkins, T. / Glore, W. / Shum, M. / Calderon, Y. / Carvajal, L. / Mori, K. / Gao, H. / Zhou, M. / Trotter, B. / Dinsmore, C. / Munshi, N. / Lin, C. / Fulciniti, M. / Mariateresa, F. / Rahl, P.
履歴
登録2024年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase p300
B: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,09310
ポリマ－80,7842
非ポリマー1,3088
水8,611478
1
A: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0465
ポリマ－40,3921
非ポリマー6544
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area16520 Å2
手法PISA
2
B: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0465
ポリマ－40,3921
非ポリマー6544
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area16630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.400, 164.933, 56.588
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.845, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase p300 / p300 HAT / E1A-associated protein p300 / Histone butyryltransferase p300 / Histone ...p300 HAT / E1A-associated protein p300 / Histone butyryltransferase p300 / Histone crotonyltransferase p300 / Protein 2-hydroxyisobutyryltransferase p300 / Protein lactyltransferas p300 / Protein propionyltransferase p300


分子量: 40392.195 Da / 分子数: 2 / 断片: KAT domain / 変異: K1637R/M1652G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EP300, P300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q09472, histone acetyltransferase, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 486分子

#2: 化合物 ChemComp-A1L3B / 4-[(2~{S})-1-[[(~{R})-[(3~{S})-7-(1-methylpyrazol-4-yl)-2,3-dihydro-1~{H}-pyrido[2,3-b][1,4]oxazin-3-yl]-phenyl-methyl]amino]propan-2-yl]benzenecarbonitrile


分子量: 464.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H28N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: HM(PEGs-E9)-D6 (0.18M NH4Cl, 24% PEG 3350)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.302 Å / Num. obs: 50921 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 1.085 / Num. unique obs: 3701

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→44.302 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.845 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2378 2644 5.198 %
Rwork0.1878 48226 -
all0.19 --
obs-50870 97.906 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 35.942 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.279 Å20 Å20.951 Å2
2--0.293 Å2-0 Å2
3---0.169 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.302 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5380 0 92 478 5950
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0125686
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2811.8617695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4641.78212331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5125676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.1665.57752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.92210990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.37210273
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2809
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0410.22
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021341
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21074
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1850.24615
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.22712
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.22671
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0180.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1740.221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1920.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5063.672656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5053.672656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7726.583318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7726.583319
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.034.0063030
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0294.0063031
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8677.1894367
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8667.1894368
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.6139.3616430
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.5538.3456347
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2-2.0520.3311980.27834920.28138140.9320.95696.74880.278
2.052-2.1080.3131890.2734530.27237410.9370.95797.35370.27
2.108-2.1690.31960.2433710.24336830.9370.96496.85040.24
2.169-2.2360.2881790.22132170.22534780.9470.96797.64230.221
2.236-2.3090.2971750.21931410.22334020.9410.96997.47210.219
2.309-2.3890.2491660.20531000.20833430.9620.97397.69670.205
2.389-2.4790.2731770.22229180.22531610.9470.96897.91210.222
2.479-2.580.2661500.19928580.20330720.9560.97397.91670.199
2.58-2.6950.271270.18827780.19229630.9580.97798.04250.188
2.695-2.8260.2191380.18626400.18828270.9680.97898.26670.186
2.826-2.9780.2341510.20224630.20426520.960.97498.56710.202
2.978-3.1570.2331330.18223760.18525490.9670.98198.43080.182
3.157-3.3740.2391080.19622450.19923900.9680.97798.45190.196
3.374-3.6430.241160.18520790.18822210.9630.9898.82940.185
3.643-3.9880.2441100.16319020.16820400.9620.98498.62740.163
3.988-4.4540.182720.13817720.1418800.9820.98798.08510.138
4.454-5.1340.144810.14115410.14116390.9890.98998.96280.141
5.134-6.2670.212740.17712970.17913870.9830.98798.84640.177
6.267-8.7760.196600.17410060.17510850.9820.98498.24880.174
8.776-44.3020.263440.1975770.2016280.9710.98198.88540.197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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