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- PDB-9ish: Crystal structure of nanobody 32 in complex with HSV-2 gD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ish
タイトルCrystal structure of nanobody 32 in complex with HSV-2 gD
要素
  • Glycoprotein D
  • Nanobody 32
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Herpes simplex virus / Nanobody
機能・相同性Herpesvirus glycoprotein D/GG/GX domain / Herpesvirus glycoprotein D/GG/GX domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / viral envelope / virion membrane / membrane / Glycoprotein D
機能・相同性情報
生物種Human alphaherpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Hu, J. / Jin, T.C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82272301 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A potent protective bispecific nanobody targeting Herpes simplex virus gD reveals vulnerable epitope for neutralizing.
著者: Hu, J. / Tan, H. / Wang, M. / Deng, S. / Liu, M. / Zheng, P. / Wang, A. / Guo, M. / Wang, J. / Li, J. / Qiu, H. / Yao, C. / Zhu, Z. / Hasi, C. / Pan, D. / He, H. / Huang, C. / Shang, Y. / Zhu, S. / Jin, T.
履歴
登録2024年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Glycoprotein D
D: Nanobody 32
A: Glycoprotein D
B: Nanobody 32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0718
ポリマ－90,1864
非ポリマー8854
水00
1
C: Glycoprotein D
D: Nanobody 32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5354
ポリマ－45,0932
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Glycoprotein D
B: Nanobody 32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5354
ポリマ－45,0932
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.639, 136.217, 136.317
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Glycoprotein D


分子量: 30911.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: US6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1W6QD44
#2: 抗体 Nanobody 32


分子量: 14181.700 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.85 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M MES monohydrate (pH 6.0) 14% w/v Polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→96.36 Å / Num. obs: 24241 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.174 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 281242
反射 シェル解像度: 2.88→3.04 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 1.023 / Num. measured all: 35344 / Num. unique obs: 3490 / CC1/2: 0.815 / Rpim(I) all: 0.33 / Rrim(I) all: 1.076 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 2.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.88→19.28 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2764 1991 8.27 %
Rwork0.2163 --
obs0.2213 24077 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→19.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4726 0 56 0 4782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.377712
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073733
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012866
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.88-2.950.3731430.31911554X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.030.36151430.28991558X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.120.30781370.27571529X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.220.31511400.26691552X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.340.33321420.24041558X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.470.25321430.23271577X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.630.28971370.22841526X-RAY DIFFRACTION100
3.63-3.820.35171450.22931574X-RAY DIFFRACTION100
3.82-4.050.30761380.21981564X-RAY DIFFRACTION100
4.05-4.360.23341430.18891597X-RAY DIFFRACTION100
4.36-4.790.21561380.15891585X-RAY DIFFRACTION100
4.8-5.470.22731400.18061593X-RAY DIFFRACTION100
5.48-6.840.28221460.21321624X-RAY DIFFRACTION100
6.85-19.280.24571560.21231695X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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