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- PDB-9isd: Crystal structure of human secretory glutaminyl cyclase in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9isd
タイトルCrystal structure of human secretory glutaminyl cyclase in complex with the inhibitor N-(1H-benzo[d]imidazol-5-yl)-1-phenylmethanesulfonamide (compound 5)
要素Glutaminyl-peptide cyclotransferase
キーワードTRANSFERASE / glutaminyl cyclase / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-pyroglutamic acid biosynthetic process, using glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase activity / protein modification process / specific granule lumen / tertiary granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
M28 Zn-Peptidase Glutaminyl Cyclase / Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like / Peptidase M28 / Peptidase family M28
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DIMETHYLFORMAMIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glutaminyl-peptide cyclotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.367 Å
データ登録者Li, G.-B. / Yu, J.-L. / Zhou, C. / Ning, X.-L. / Mou, J. / Wu, J.-W. / Meng, F.-B.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82122065 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82073698 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Knowledge-guided diffusion model for 3D ligand-pharmacophore mapping.
著者: Yu, J.L. / Zhou, C. / Ning, X.L. / Mou, J. / Meng, F.B. / Wu, J.W. / Chen, Y.T. / Tang, B.D. / Liu, X.G. / Li, G.B.
履歴
登録2024年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
B: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
C: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
D: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
E: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
F: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
G: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
H: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
I: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
J: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
K: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
L: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)496,22346
ポリマ－491,09312
非ポリマー5,13034
水25,3471407
1
A: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
C: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
D: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
G: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
K: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
L: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,01222
ポリマ－245,5466
非ポリマー2,46616
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20200 Å2
ΔGint-315 kcal/mol
Surface area70760 Å2
手法PISA
2
F: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
H: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
I: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
J: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
ヘテロ分子

B: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
ヘテロ分子

E: Glutaminyl-peptide cyclotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,21124
ポリマ－245,5466
非ポリマー2,66418
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
crystal symmetry operation1_666x+1,y+1,z+11
Buried area19990 Å2
ΔGint-329 kcal/mol
Surface area70410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.540, 116.476, 122.750
Angle α, β, γ (deg.)96.21, 114.92, 109.69
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Glutaminyl-peptide cyclotransferase / Glutaminyl cyclase / QC / sQC / Glutaminyl-tRNA cyclotransferase / Glutamyl cyclase / EC


分子量: 40924.406 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Human / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: QPCT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q16769, glutaminyl-peptide cyclotransferase

-
非ポリマー , 7種, 1441分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-A1D93 / N-(1H-benzo[d]imidazol-5-yl)-1-phenylmethanesulfonamide


分子量: 287.337 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13N3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-DMF / DIMETHYLFORMAMIDE


分子量: 73.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12-16% (v/v) polyethylene glycol 4000, 0.2 M MgCl2 and 0.1 M Tris-HCl at pH 8.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.184→39.212 Å / Num. obs: 262894 / % possible obs: 97.84 % / 冗長度: 3.33 % / CC1/2: 0.1964 / CC star: 0.5729 / Rmerge(I) obs: 0.3243 / Rpim(I) all: 0.215 / Rrim(I) all: 0.3912 / Net I/σ(I): 4.95
反射 シェル解像度: 2.184→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 1.8774 / Mean I/σ(I) obs: 0.49 / Num. unique obs: 19392 / CC1/2: 0.0903 / CC star: 0.4069 / Rpim(I) all: 1.2764 / Rrim(I) all: 2.2845

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
autoPXV2.0data processing
autoPXV2.0データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PBB

3pbb


解像度: 2.367→39.212 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2621 1585 0.76 %
Rwork0.1891 --
obs0.1897 208064 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.367→39.212 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31320 0 309 1407 33036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02432614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.80144312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.49619205
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0814692
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0125750
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.367-2.44340.35261380.287618562X-RAY DIFFRACTION98
2.4434-2.53070.33331460.281818652X-RAY DIFFRACTION98
2.5307-2.6320.35571500.274218675X-RAY DIFFRACTION98
2.632-2.75180.37471420.266618638X-RAY DIFFRACTION98
2.7518-2.89680.3341440.246518771X-RAY DIFFRACTION98
2.8968-3.07820.31061460.221918784X-RAY DIFFRACTION99
3.0782-3.31580.29471460.203418802X-RAY DIFFRACTION99
3.3158-3.64930.27581410.179718842X-RAY DIFFRACTION99
3.6493-4.17680.25841430.156218860X-RAY DIFFRACTION99
4.1768-5.26030.19261440.137218926X-RAY DIFFRACTION99
5.2603-39.2120.20541450.170718967X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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