PDB-9isa: Dimeric amylosucrase from Deinococcus geothermalis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9isa

タイトル

Dimeric amylosucrase from Deinococcus geothermalis

要素

Amylosucrase

キーワード

CARBOHYDRATE / amylosucrase / dimerization / sucrose isomer

機能・相同性

機能・相同性情報

amylosucrase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus geothermalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Kim, D.S. / Park, J.H. / Seo, D.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Construction and enzymatic characterization of a monomeric variant of dimeric amylosucrase from Deinococcus geothermalis.
著者: Oh, J.S. / Kim, D.S. / So, Y.S. / Hong, S. / Yoo, S.H. / Park, C.S. / Park, J.H. / Seo, D.H.

履歴

登録	2024年7月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9isa.cif.gz	258.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9isa.ent.gz	207.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9isa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/9isa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/9isa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uerS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Amylosucrase

B: Amylosucrase

146 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.917, 149.917, 188.131
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	THR	THR	A	A	7 - 646	2 - 641
2	LEU	LEU	B	B	6 - 646	1 - 641

#1: タンパク質	Amylosucrase 分子量: 72805.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus geothermalis (strain DSM 11300 / CIP 105573 / AG-3a) (バクテリア) 遺伝子: Dgeo_0572 発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B (大腸菌) 参照: UniProt: Q1J0W0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.23 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 10% v/v 2-Propanol, 20% w/v Polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→48.3 Å / Num. obs: 49477 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.69→2.84 Å / R_merge(I) obs: 0.458 / Num. unique obs: 7656

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Coot		モデル構築
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3UER

3uer

解像度: 2.69→46.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 10.461 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.546 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21985	2544	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17642	-	-	-
obs	0.17855	49477	86.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.843 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.16 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.69→46.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10119	0	0	40	10159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	10401
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.711	1.633	14143
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.851	5	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.226	19.73	667
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.28	15	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.415	15	129
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8208
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.746	4.717	5071
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.221	7.06	6330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.456	5.154	5330
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.766	61.296	14598
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 20564 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.693→2.763 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	186	-
R_work	0.327	3666	-
obs	-	-	88.55 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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