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- PDB-9irq: Alginate lyase (Microbulbifer sp. ALW1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9irq
タイトルAlginate lyase (Microbulbifer sp. ALW1)
要素Alginate lyase AlgL17
キーワードHYDROLASE / Exooligoalginatelyase / Cloning / Biochemical characterization / Microbulbifer
機能・相同性mannuronate-specific alginate lyase / poly(beta-D-mannuronate) lyase activity / Alginate lyase domain / Alginate lyase / Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / periplasmic space / Alginate lyase AlgL17
機能・相同性情報
生物種Microbulbifer sp.
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Zhu, Y.B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)No. 22178142 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular cloning and characterization of AlgL17, a new exo-oligoalginate lyase from Microbulbifer sp. ALW1
著者: Zhu, Y.B.
履歴
登録2024年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alginate lyase AlgL17
B: Alginate lyase AlgL17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,5914
ポリマ－157,4602
非ポリマー1312
水6,774376
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area48540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.108, 90.421, 88.287
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alginate lyase AlgL17


分子量: 78729.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microbulbifer sp. (strain ALW1) (バクテリア)
遺伝子: algl17 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
参照: UniProt: A0A3Q8CBV3, mannuronate-specific alginate lyase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Glycine ,PEG 4000, Glycine,PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.978565 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月29日 / 詳細: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→82.96 Å / Num. obs: 84249 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.98→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.525 / Num. unique obs: 11039

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12精密化
XDS1データ削減
XDS1データスケーリング
PHENIX1.12位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4nei

4nei


解像度: 1.98→82.96 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 4003 -
Rwork0.188 --
obs-84135 94.51 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→82.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11086 0 2 376 11464
LS精密化 シェル解像度: 1.9843→2.0552 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3195 429 -
Rwork0.2552 --
obs-8808 99.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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