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- PDB-9iro: Crystal structure of SeUGI and SAUDG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iro
タイトルCrystal structure of SeUGI and SAUDG
要素
  • Staphylococcus epidermidis uracil-DNA glycosylase inhibitor (SeUGI)
  • Uracil-DNA glycosylase
キーワードDNA BINDING PROTEIN/INHIBITOR / DNA mimic protein / uracil-DNA glycosylase / uracil-DNA glycosylase inhibitor / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor / Uracil DNA glycosylase inhibitor superfamily / S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Wang, H.C. / Ko, T.P.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)NSTC 112-2628-B-038 -011 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Establish a Least-Square Circle Feature Extraction method for identifying new DNA mimic proteins
著者: Liao, B.C. / Chen, Y.H. / Chou, H.H. / Hsu, K.C. / Ko, T.P. / Liu, C.Y. / Lin, S.J. / Chen, Y.C. / Hsieh, S.Y. / Wang, H.C.
履歴
登録2024年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil-DNA glycosylase
B: Staphylococcus epidermidis uracil-DNA glycosylase inhibitor (SeUGI)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8473
ポリマ－41,7512
非ポリマー961
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area15960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.895, 75.860, 77.056
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase / UDG


分子量: 26071.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ung, SAR0586 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GJ88, uracil-DNA glycosylase
#2: タンパク質 Staphylococcus epidermidis uracil-DNA glycosylase inhibitor (SeUGI)


分子量: 15679.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A169SZN4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.29 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→30 Å / Num. obs: 19056 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 33.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 30.1
反射 シェル解像度: 2.18→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.227 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique obs: 1848

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
BUCCANEERモデル構築
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WDG

3wdg


解像度: 2.18→24.71 Å / SU ML: 0.2302 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.1029
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2389 947 4.98 %
Rwork0.1915 18061 -
obs0.1938 19008 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→24.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2783 0 5 197 2985
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022866
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48653892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0416418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.38631046
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.18-2.290.33081310.29922455X-RAY DIFFRACTION96.35
2.29-2.430.29811340.2322595X-RAY DIFFRACTION99.96
2.43-2.620.24331350.21832565X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.890.24571340.22132592X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.30.24341370.1992600X-RAY DIFFRACTION99.82
3.3-4.160.22251310.16822513X-RAY DIFFRACTION95.07
4.16-24.710.21371450.16322741X-RAY DIFFRACTION99.18
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.21306190149-0.173743002618-1.104794541280.01931660976130.1328564867870.6074493064930.0138545666864-1.23056682874-0.913110166790.3473918319350.4940106192760.2259248089240.9145391332980.6312218036090.2334602802880.5425058800780.0955546291366-0.1302827310310.3524621690720.08423440691370.43959324246915.6749122254-41.610882590718.3428674901
20.307715169832-0.2760244096560.2577696534280.8448998817740.3244496088530.6771094151620.210874630030.000696604918734-0.377953926127-0.07579888827460.344222984568-0.7409439725540.9818307831841.287603577160.07593868648640.4899055392480.315203564125-0.1224898101430.730633469771-0.1237796661540.4591276131621.659402656-41.75602820210.291284847232
30.131634480199-0.101882372553-0.6678407195710.449537166552-0.09592235714953.706110235420.2020928945760.1721438666110.2830390048580.154523935444-0.0992373005987-0.844713629984-0.4675017973571.61742574423-0.02920292697720.2217977523190.02180986514030.03916263859170.400164814421-0.006914678352660.29494374969816.9202253127-29.49897682514.49088409139
41.80719400544-1.540286596820.1733632298012.49507005951.03150870721.164231239330.0202382257438-0.0318330729495-0.1011228016520.01734712243370.09568847620810.0670020901666-0.1455123162290.1092379275640.001569915766470.263689390933-0.0842435445947-0.01404399553620.2189088761330.05431923923490.2216956777056.97556803921-29.29136204637.97180974744
50.92317652354-0.2027418115550.947152129252.46331398758-0.3150665854991.21962654136-0.3052201679630.5139392608110.41978034268-0.02781952184970.06476191653730.0141490933491-0.320095141771-0.268350145063-0.0009006221763260.2934093545430.00570502065989-0.01051398144640.2579261339660.01512726334920.2658708293320.730562005664-20.32544124032.72113319532
63.88342232643-1.424532753661.27453595661.75242223901-0.6781733666072.741781426150.110663373910.08117012066790.0632671593548-0.163070959939-0.108702456001-0.0747104158275-0.0837485701937-0.01007899475830.006315380583570.227775882783-0.04649501872890.001437788979080.1139612702333.77718202251E-50.2081413313556.9507914788-27.71129816134.5094392239
72.653021800730.02407958896680.4774135335222.591630447780.2102128802672.702108953220.0394740640547-0.732464083571-0.6577675816220.2400105178010.2800962333380.4842985388610.45270555471-0.7819456950180.05115149511980.262320062524-0.0867465928710.02907302256330.3356652947850.1264047014430.323702411101-2.67472405694-35.905277941111.0522612252
80.385947016465-0.5101124220520.4629092523490.940536439474-0.7043234969220.536557549217-0.259407804688-0.792800087327-0.3449720686620.8929995848550.249724535040.149193165761-0.51502137547-1.667606029460.004517004675460.3593748037310.06295148559310.0948595646270.681787356567-0.0003280606526950.338020876939-7.3088628569-25.536763743519.9242972077
93.490217982190.01327780948931.807000203971.270107337280.5873438889682.633768844350.0144823589795-0.9207003238340.6148161279010.5805859774670.05650124983360.499170398538-0.8602937477140.20919683496-0.5161623028420.4718631494550.07850036983810.05585182970630.537447334424-0.07187556439660.328095859131-0.45652839549-20.022562162519.5324044297
100.4221742810680.01630368016730.2101843858870.3198613225250.3512753251150.464494766362-0.04661998170530.712020189632-0.7781342352060.196881294082-0.3666900544660.6118521748170.637485615224-1.112522489750.0103123041740.5065218886220.08341469529280.1067181942230.708701574147-0.1106944496120.5293541108928.08304576768-40.7067780529-25.5085604279
111.52883491575-0.262827350604-0.1242979122850.8739981760880.1501766478380.6304637341540.3036617437690.8446599097320.658525075569-0.946388713248-0.507043318034-0.40245101033-0.453519670390.356180448178-0.0137741253860.6229615954660.1934241045490.0497717896040.672067841850.06347522129560.455737678812-0.632521730131-23.7740278058-20.8790303343
124.08798702838-0.3469551007261.008268022612.844960532520.3151300129734.786431275030.2530383429180.0653231626955-0.40512484685-0.0756341559591-0.1596549163850.02379767568710.247228960527-0.2615179618670.002020993811690.2374226853530.0273620798476-0.04282323551610.319292320559-0.05189634230020.313052794652-7.24483314626-32.4091664184-9.74861140593
130.629644199997-0.272560663661-0.1622205829942.136373262260.8122162639761.175781782260.2593731244620.819263367298-0.516453741814-1.01655751631-0.4074224294140.405892683105-0.441268615569-0.5480243177580.008021051973250.5027864376540.0514007869489-0.1770613520080.557279881412-0.2258155244010.592491880804-12.8266407009-33.9791877687-18.9364204989
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 13 )AA1 - 131 - 13
22chain 'A' and (resid 14 through 29 )AA14 - 2914 - 29
33chain 'A' and (resid 30 through 45 )AA30 - 4530 - 45
44chain 'A' and (resid 46 through 67 )AA46 - 6746 - 67
55chain 'A' and (resid 68 through 94 )AA68 - 9468 - 94
66chain 'A' and (resid 95 through 133 )AA95 - 13395 - 133
77chain 'A' and (resid 134 through 194 )AA134 - 194134 - 194
88chain 'A' and (resid 195 through 205 )AA195 - 205195 - 205
99chain 'A' and (resid 206 through 216 )AA206 - 216206 - 216
1010chain 'B' and (resid -13 through -1 )BB-13 - -11 - 13
1111chain 'B' and (resid 0 through 24 )BB0 - 2414 - 38
1212chain 'B' and (resid 25 through 85 )BB25 - 8539 - 99
1313chain 'B' and (resid 86 through 109 )BB86 - 109100 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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