PDB-9irj: X-ray structure of PSmOrange3 (trigonal form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9irj

タイトル

X-ray structure of PSmOrange3 (trigonal form)

要素

mOrange

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / CHROMOPHORE / photoswitching

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / metal ion binding / mOrange

機能・相同性情報

生物種

Discosoma sp. (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Samygina, V.R. / Subach, O.M. / Vlaskina, A.V. / Nikolaeva, A.Y. / Subach, F.V.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Genetically Encoded Orange-to-Far-red Photoconvertible Fluorescent Protein PSmOrange3
著者: Subach, O.M. / Samygina, V.R. / Vlaskina, A.V. / Nikolaeva, A.Y. / Subach, F.V.

履歴

登録	2024年7月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9irj.cif.gz	61 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9irj.ent.gz	41 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9irj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9irj_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9irj_full_validation.pdf.gz	447 KB	表示
XML形式データ	9irj_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	9irj_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/9irj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/9irj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: mOrange

26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.165, 137.165, 55.223
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	mOrange 分子量: 26558.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CRO IS PEPTIDE DERIVED CHROMOPHORE 71TYG73 由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VWW2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.09 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Na/K Phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→68.59 Å / Num. obs: 15169 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / CC_1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 2.8→2.94 Å / Num. unique obs: 608 / CC_1/2: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→68.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / WR_factor R_free: 0.211 / WR_factor R_work: 0.18 / SU B: 8.972 / SU ML: 0.161 / Average fsc free: 0.9139 / Average fsc work: 0.9233 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.222 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2099	651	5.04 %
R_work	0.1783	13303	-
all	0.18	-	-
obs	-	14009	93.599 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.401 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.164 Å²	-0.082 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.164 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.533 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→68.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1715	0	22	18	1755

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1783
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.193	1.672	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.347	1.598	3833
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.32	5	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.684	22.759	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.469	15	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.965	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	218
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1959
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	377
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	834
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.105	0.2	973
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.01	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.551	5.245	858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.485	5.237	857
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.625	7.857	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.624	7.868	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.599	6.292	925
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.596	6.297	926
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.677	9.031	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.673	9.037	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.911	61.722	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.917	61.786	1893

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.873	0.354	33	0.295	608	X-RAY DIFFRACTION	59.2421
2.873-2.951	0.321	34	0.307	732	X-RAY DIFFRACTION	72.3324
2.951-3.037	0.335	36	0.292	869	X-RAY DIFFRACTION	86.7689
3.037-3.13	0.257	39	0.251	894	X-RAY DIFFRACTION	93.3934
3.13-3.232	0.338	55	0.255	913	X-RAY DIFFRACTION	99.384
3.232-3.345	0.246	56	0.218	890	X-RAY DIFFRACTION	100
3.345-3.471	0.253	46	0.203	875	X-RAY DIFFRACTION	100
3.471-3.613	0.205	41	0.18	838	X-RAY DIFFRACTION	99.8864
3.613-3.773	0.184	51	0.176	795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.773-3.956	0.228	46	0.161	772	X-RAY DIFFRACTION	100
3.956-4.17	0.153	35	0.145	728	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-4.422	0.146	43	0.117	684	X-RAY DIFFRACTION	100
4.422-4.726	0.143	33	0.114	658	X-RAY DIFFRACTION	100
4.726-5.102	0.174	46	0.127	611	X-RAY DIFFRACTION	100
5.102-5.586	0.217	32	0.137	554	X-RAY DIFFRACTION	100
5.586-6.24	0.178	40	0.15	512	X-RAY DIFFRACTION	100
6.24-7.196	0.217	16	0.157	460	X-RAY DIFFRACTION	100
7.196-8.789	0.235	11	0.162	399	X-RAY DIFFRACTION	100
8.789-12.328	0.201	11	0.164	321	X-RAY DIFFRACTION	100
12.328-68.5	0.207	2	0.38	190	X-RAY DIFFRACTION	96

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)