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- PDB-9iqu: phage HY126 dCMP hydroxylase-AfhB with sustrate dCMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iqu
タイトルphage HY126 dCMP hydroxylase-AfhB with sustrate dCMP
要素Thymidylate synthase
キーワードHYDROLASE / COMPLEX / dCMP
機能・相同性Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / methylation / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
機能・相同性情報
生物種Phage #D (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Yu, H. / Lianrong, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Not funded 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: STRUCTURE OF protein XAN60475 at 1.1.96 angstroms resolution
著者: Yu, H.
履歴
登録2024年7月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1813
ポリマ－26,7811
非ポリマー3992
水5,044280
1
A: Thymidylate synthase
ヘテロ分子

A: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3616
ポリマ－53,5632
非ポリマー7994
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area6640 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area16890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.190, 65.190, 231.933
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-408-

HOH

21A-572-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate synthase


分子量: 26781.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phage #D (ファージ) / 遺伝子: 308Ecol101PP_00194 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0AA50FDD6
#2: 化合物 ChemComp-DCM / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / dCMP


分子量: 307.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.38 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium acetate;0.1M Sodium acetate teihydrate pH4.6;15% peg 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→54.85 Å / Num. obs: 20631 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 28.8
反射 シェル解像度: 1.96→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.281 / Num. unique obs: 1022 / CC1/2: 0.985

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.96→35.84 Å / SU ML: 0.1713 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 20.4751
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2193 1899 9.2 %RANDOM
Rwork0.1964 18732 --
obs0.1985 20631 93.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→35.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1756 0 26 280 2062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01481822
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27682463
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0676264
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076316
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.7405243
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.96-20.2404990.21351022X-RAY DIFFRACTION73.36
2-2.060.29861160.20141149X-RAY DIFFRACTION82.73
2.06-2.120.22631310.20241262X-RAY DIFFRACTION90.75
2.12-2.190.25161330.21011335X-RAY DIFFRACTION94.83
2.19-2.270.41061200.38211099X-RAY DIFFRACTION79.67
2.27-2.360.24081230.241265X-RAY DIFFRACTION89.26
2.36-2.460.23931390.1871383X-RAY DIFFRACTION98.13
2.46-2.590.2391410.1841378X-RAY DIFFRACTION97.75
2.59-2.760.20541430.18771407X-RAY DIFFRACTION99.04
2.76-2.970.2211460.19671437X-RAY DIFFRACTION99.31
2.97-3.270.18141440.181438X-RAY DIFFRACTION99.81
3.27-3.740.20241470.17971449X-RAY DIFFRACTION99.69
3.74-4.710.16561510.15081494X-RAY DIFFRACTION99.7
4.71-35.840.18621660.18341614X-RAY DIFFRACTION99.72
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.6066437266 Å / Origin y: -24.287597715 Å / Origin z: -10.9969377102 Å
111213212223313233
T0.112516117262 Å20.00596266340572 Å20.00350098546773 Å2-0.103173456515 Å20.00932893068784 Å2--0.0987942734007 Å2
L0.596400604205 °20.0857840567035 °2-0.106155004208 °2-0.435915695642 °2-0.241118939054 °2--0.643073519003 °2
S-0.00184632759065 Å °-0.0547350764322 Å °-0.0470408857944 Å °0.0213495234699 Å °0.0121170053855 Å °0.00232410474049 Å °0.110985423631 Å °-0.0240825810021 Å °-0.000275685161712 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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