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- PDB-9iqn: CatM-W86A-L6R, a SnoaL-like protein in complex with substrate mim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iqn
タイトルCatM-W86A-L6R, a SnoaL-like protein in complex with substrate mimic L6R
要素SnoaL-like domain-containing protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / CatM / SnoaL-like protein / complex / L6R
機能・相同性SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / : / SnoaL-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Streptantibioticus cattleyicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, B. / Ge, H.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22277051,81925033, 22193071 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tandem Michael addition and Knoevenagel condensation catalyzed by NTF2-Like Enzymes as iminium catalysis
著者: Liu, C.L. / Zhang, B. / Ge, H.M.
履歴
登録2024年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SnoaL-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8282
ポリマ－14,4331
非ポリマー3951
水68538
1
A: SnoaL-like domain-containing protein
ヘテロ分子

A: SnoaL-like domain-containing protein
ヘテロ分子

A: SnoaL-like domain-containing protein
ヘテロ分子

A: SnoaL-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3118
ポリマ－57,7334
非ポリマー1,5784
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-y,x+1,z1
crystal symmetry operation4_455y-1,-x,z1
Buried area9380 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area22380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.485, 68.485, 126.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-321-

HOH

21A-326-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 SnoaL-like domain-containing protein


分子量: 14433.339 Da / 分子数: 1 / 変異: W86A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptantibioticus cattleyicolor (strain ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057) (バクテリア)
遺伝子: SCATT_01420
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: G8X1I4
#2: 化合物 ChemComp-A1D91 / (5~{R},6~{R})-6-[(~{E})-5-[(2~{S},3~{S},5~{R})-5-(2-hydroxyethyl)-3,5-dimethyl-oxolan-2-yl]-3-methyl-2-oxidanylidene-pent-3-enyl]-5-propyl-oxane-2,4-dione


分子量: 394.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H34O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.31 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM tri-Sodium citrate; pH 5.0 3.15 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30.14 Å / Num. obs: 10579 / % possible obs: 93.53 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 27.12 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.53
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / Num. unique obs: 901 / CC1/2: 0.586

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 9IQ5

9iq5


解像度: 2→30.14 Å / SU ML: 0.2371 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 26.0194
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2601 998 10.04 %
Rwork0.2257 8942 -
obs0.2292 9940 93.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数914 0 28 38 980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111954
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07581284
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0553147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013166
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4277133
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.10.3321350.2711151X-RAY DIFFRACTION86.42
2.1-2.240.28361280.25391181X-RAY DIFFRACTION88.33
2.24-2.410.32681320.25551214X-RAY DIFFRACTION90.27
2.41-2.650.29161430.25231263X-RAY DIFFRACTION94.17
2.65-3.030.27861470.24281326X-RAY DIFFRACTION97.55
3.03-3.820.2641520.20611360X-RAY DIFFRACTION98.25
3.82-30.140.2141610.20621447X-RAY DIFFRACTION98.53
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.4104011494 Å / Origin y: 15.9705929821 Å / Origin z: -16.5346257776 Å
111213212223313233
T0.234907552012 Å20.0550753512071 Å20.0735404924122 Å2-0.181256091646 Å2-0.056165874349 Å2--0.175454149431 Å2
L4.78616392643 °21.00435749944 °2-0.587937299304 °2-6.87750760951 °2-3.44911037041 °2--3.46090889448 °2
S-0.106535066798 Å °0.0592948022184 Å °-0.52516795464 Å °-0.259823911724 Å °-0.216564914295 Å °-0.419832597184 Å °0.217027266421 Å °0.318515153749 Å °0.153722326262 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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