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- PDB-9iql: SacM in complex with L6S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iql
タイトルSacM in complex with L6S
要素Nuclear transport factor 2 family protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / SacM / SnoaL-like protein / Complex / macrocyclase
機能・相同性SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Nuclear transport factor 2 family protein
機能・相同性情報
生物種Saccharothrix syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Zhang, B. / Ge, H.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22277051,81925033, 22193071 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tandem Michael addition and Knoevenagel condensation catalyzed by NTF2-Like Enzymes as iminium catalysis
著者: Liu, C.L. / Zhang, B. / Ge, H.M.
履歴
登録2024年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月15日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear transport factor 2 family protein
B: Nuclear transport factor 2 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9298
ポリマ－29,8142
非ポリマー1,1156
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.239, 52.239, 203.458
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-360-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nuclear transport factor 2 family protein


分子量: 14906.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharothrix syringae (バクテリア)
株: NRRL B-16468 / 遺伝子: EKG83_24495
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A5Q0H2K6

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非ポリマー , 5種, 141分子

#2: 化合物 ChemComp-A1D90 / (5~{R},6~{R})-6-[(~{E})-5-[(2~{S},3~{S},5~{S})-5-(2-hydroxyethyl)-3,5-dimethyl-oxolan-2-yl]-3-methyl-2-oxidanylidene-pent-3-enyl]-5-propyl-oxane-2,4-dione


分子量: 394.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H34O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium HEPES 7.5, 2 % v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→36.34 Å / Num. obs: 32718 / % possible obs: 92.65 % / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 21.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.62
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / Num. unique obs: 3433 / CC1/2: 0.846

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 9IQ7

9iq7


解像度: 1.65→36.34 Å / SU ML: 0.161 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.0829
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2248 1606 4.92 %
Rwork0.2095 31059 -
obs0.2102 32665 92.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→36.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1915 0 76 135 2126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00932066
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06182799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0677311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0105362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8377291
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.70.31390.25112971X-RAY DIFFRACTION99.9
1.7-1.760.25551480.22513002X-RAY DIFFRACTION99.94
1.76-1.830.24461450.20852971X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.90.2531330.22142178X-RAY DIFFRACTION85.06
1.93-2.020.24521060.21942322X-RAY DIFFRACTION86.56
2.02-2.140.21031270.20082742X-RAY DIFFRACTION91.22
2.14-2.310.26371550.25032715X-RAY DIFFRACTION89.97
2.31-2.540.23731390.22233068X-RAY DIFFRACTION99.97
2.54-2.910.25751630.22432863X-RAY DIFFRACTION93.68
2.91-3.640.22331800.20463028X-RAY DIFFRACTION100
3.68-36.340.1891710.18813199X-RAY DIFFRACTION97.57
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.6749211931 Å / Origin y: -11.3452442082 Å / Origin z: -15.2530594383 Å
111213212223313233
T0.113854989061 Å20.0123120410158 Å20.00691673816256 Å2-0.203226380491 Å2-0.00468513179247 Å2--0.120195159787 Å2
L3.42886785278 °20.0261055507263 °20.472549564197 °2-1.7361629673 °20.414415447522 °2--1.70745671822 °2
S0.0363994977498 Å °0.207127641682 Å °-0.111284692195 Å °-0.0108083250916 Å °-0.0346834809166 Å °-0.0577184776369 Å °0.0429159384998 Å °0.226789077596 Å °0.0405714259414 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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