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- PDB-9iqd: Apo-MicM,homologous of AkaM, SnoaL-like protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iqd
タイトルApo-MicM,homologous of AkaM, SnoaL-like protein
要素SnoaL-like domain-containing protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / MicM / homologous of AkaM / SnoaL-like protein / Apo form
機能・相同性SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SnoaL-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Micromonospora sp. HM134 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Zhang, B. / Ge, H.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22277051,81925033, 22193071 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tandem Michael addition and Knoevenagel condensation catalyzed by NTF2-Like Enzymes as iminium catalysis
著者: Liu, C.L. / Zhang, B. / Ge, H.M.
履歴
登録2024年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SnoaL-like domain-containing protein
B: SnoaL-like domain-containing protein
C: SnoaL-like domain-containing protein
D: SnoaL-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,15120
ポリマ－57,9734
非ポリマー1,17716
水9,044502
1
A: SnoaL-like domain-containing protein
ヘテロ分子

D: SnoaL-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4269
ポリマ－28,9872
非ポリマー4397
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12210 Å2
手法PISA
2
B: SnoaL-like domain-containing protein
C: SnoaL-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,72411
ポリマ－28,9872
非ポリマー7389
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.306, 72.732, 65.403
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.210, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
SnoaL-like domain-containing protein


分子量: 14493.354 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora sp. HM134 (バクテリア)
遺伝子: FJK98_13695
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A518WFQ2

-
非ポリマー , 5種, 518分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 100 mM tri-Sodium citrate; pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→59.54 Å / Num. obs: 53998 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 23.98 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 14.13
反射 シェル解像度: 1.77→1.83 Å / Num. unique obs: 5331 / CC1/2: 0.937

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 9IQ7

9iq7


解像度: 1.77→59.54 Å / SU ML: 0.1909 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.835
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 2766 5.13 %
Rwork0.1815 51196 -
obs0.1832 53962 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→59.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3655 0 76 503 4234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00663787
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88645094
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0577554
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8408541
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.80.22861270.23072535X-RAY DIFFRACTION98.7
1.8-1.830.27541330.21842534X-RAY DIFFRACTION98.63
1.83-1.870.23641370.21042558X-RAY DIFFRACTION98.83
1.87-1.910.27981320.20062525X-RAY DIFFRACTION98.63
1.91-1.950.23081380.2012562X-RAY DIFFRACTION99.08
1.95-1.990.22171380.19262541X-RAY DIFFRACTION99.11
1.99-2.040.23031420.18332538X-RAY DIFFRACTION99.04
2.04-2.10.23891390.18592546X-RAY DIFFRACTION99.3
2.1-2.160.23121480.18352550X-RAY DIFFRACTION99.26
2.16-2.230.19491390.1822543X-RAY DIFFRACTION99.41
2.23-2.310.22771440.18822568X-RAY DIFFRACTION99.45
2.31-2.40.23861390.19352570X-RAY DIFFRACTION99.56
2.4-2.510.23871450.18622566X-RAY DIFFRACTION99.49
2.51-2.640.23781390.19622575X-RAY DIFFRACTION99.78
2.64-2.810.20351370.19032572X-RAY DIFFRACTION99.6
2.81-3.030.19681560.18822559X-RAY DIFFRACTION99.45
3.03-3.330.24651340.18352579X-RAY DIFFRACTION99.27
3.33-3.810.19991260.16352587X-RAY DIFFRACTION98.91
3.81-4.80.17021320.1492581X-RAY DIFFRACTION98.83
4.8-59.540.22961410.18842607X-RAY DIFFRACTION97.9
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.6025894931 Å / Origin y: -1.17660088713 Å / Origin z: 31.9495865714 Å
111213212223313233
T0.217267872181 Å20.00989874901206 Å2-0.0024832082843 Å2-0.175504677565 Å2-0.0104157177641 Å2--0.203126268319 Å2
L1.08384901116 °2-0.0220234036257 °20.0433139324974 °2-0.129283341649 °2-0.0382442255487 °2--0.0657428672566 °2
S-0.0378123528906 Å °-0.0229620824228 Å °-0.0335604771975 Å °0.0114449499666 Å °0.041933383283 Å °-0.0216289981194 Å °0.012388673139 Å °0.0138099225769 Å °-0.00251312964205 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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