PDB-9iqb: Crystal structure of beta-glucosidase from Acetivibrio thermocellus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9iqb

タイトル

Crystal structure of beta-glucosidase from Acetivibrio thermocellus

要素

Beta-glucosidase A

キーワード

HYDROLASE / Beta-glucosidase / GH1 family / Cellobiose

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetivibrio thermocellus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Kamale, C. / Bhaumik, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Rational design facilitates the improvement of glucose tolerance and catalytic properties of a beta-glucosidase from Acetivibrio thermocellus.
著者: Kamale, C. / Rauniyar, A. / Bhaumik, P.

履歴

登録	2024年7月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9iqb.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9iqb.ent.gz	874.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9iqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9iqb_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9iqb_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9iqb_validation.xml.gz	213.8 KB	表示
CIF形式データ	9iqb_validation.cif.gz	276.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/9iqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/9iqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-glucosidase A

B: Beta-glucosidase A

C: Beta-glucosidase A

D: Beta-glucosidase A

E: Beta-glucosidase A

F: Beta-glucosidase A

G: Beta-glucosidase A

H: Beta-glucosidase A

I: Beta-glucosidase A

J: Beta-glucosidase A

K: Beta-glucosidase A

L: Beta-glucosidase A

ヘテロ分子

632 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.930, 158.620, 158.910
Angle α, β, γ (deg.)	60.118, 88.192, 87.478
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Beta-glucosidase A / Beta-D-glucoside glucohydrolase / Cellobiase / Gentiobiase 分子量: 52618.270 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus (バクテリア) 遺伝子: bglA, Cthe_0212 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P26208, beta-glucosidase
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.15 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 55% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→35 Å / Num. obs: 175099 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 1.99 % / CC_1/2: 0.97 / R_merge(I) obs: 0.165 / R_rim(I) all: 0.233 / Net I/σ(I): 4.33
反射シェル	解像度: 3→3.2 Å / R_merge(I) obs: 0.65 / Num. unique obs: 31024 / CC_1/2: 0.5 / R_rim(I) all: 0.92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→34.991 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.776 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.734 / SU B: 35.553 / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.576 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	8755	5 %
R_work	0.3	166344	-
all	0.335	-	-
obs	-	175099	94.062 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.256 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.036 Å²	0.023 Å²	0.014 Å²
2-	-	-0.008 Å²	0.008 Å²
3-	-	-	-0.009 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→34.991 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	43908	0	16	303	44227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	45146
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	40928
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.407	1.636	61098
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.142	1.58	95216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.467	5	5376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.756	23.333	2412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.489	15	7740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.401	15	180
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	5616
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	50460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	9840
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	11821
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.222	0.2	42694
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	21355
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	18771
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.085	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.241	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.3	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.079	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.154	4.267	21542
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.153	4.266	21541
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.631	6.394	26904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.631	6.395	26905
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.554	4.188	23604
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.553	4.187	23601
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.757	6.295	34194
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.756	6.294	34193
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.737	49.068	53369
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.738	49.074	53366

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3-3.077	0.415	646	0.413	12282	0.414	13627	0.368	0.598	94.8705	0.412
3.077-3.161	0.414	633	0.399	12024	0.399	13366	0.444	0.691	94.6955	0.394
3.161-3.252	0.4	616	0.383	11703	0.384	12985	0.559	0.768	94.871	0.373
3.252-3.351	0.404	593	0.368	11276	0.37	12549	0.617	0.813	94.5812	0.355
3.351-3.46	0.376	578	0.346	10971	0.348	12263	0.69	0.844	94.1776	0.33
3.46-3.58	0.373	554	0.344	10536	0.345	11802	0.728	0.854	93.9671	0.329
3.58-3.714	0.373	536	0.334	10181	0.336	11416	0.722	0.861	93.877	0.318
3.714-3.864	0.35	516	0.324	9795	0.326	10984	0.791	0.881	93.8729	0.309
3.864-4.033	0.364	492	0.332	9361	0.334	10507	0.767	0.882	93.7756	0.319
4.033-4.227	0.339	474	0.316	9003	0.318	10136	0.815	0.892	93.4984	0.301
4.227-4.452	0.358	449	0.311	8521	0.314	9530	0.795	0.891	94.1238	0.299
4.452-4.717	0.322	426	0.307	8098	0.308	9092	0.81	0.892	93.7527	0.292
4.717-5.037	0.333	402	0.315	7633	0.316	8543	0.804	0.879	94.0536	0.299
5.037-5.431	0.355	375	0.322	7126	0.324	7950	0.833	0.888	94.3522	0.302
5.431-5.935	0.365	346	0.34	6585	0.341	7346	0.798	0.863	94.3507	0.317
5.935-6.612	0.354	315	0.32	5979	0.322	6669	0.818	0.875	94.377	0.302
6.612-7.59	0.339	276	0.315	5253	0.316	5896	0.833	0.867	93.7754	0.302
7.59-9.188	0.322	234	0.298	4440	0.299	5009	0.865	0.877	93.312	0.3
9.188-12.567	0.285	182	0.307	3460	0.306	3946	0.865	0.893	92.296	0.322
12.567-34.991	0.338	112	0.323	2117	0.323	2413	0.848	0.889	92.3746	0.35

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関連情報:EMDBヘッダ

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