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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9iq5 | ||||||
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タイトル | CatM, SnoaL-like protein | ||||||
![]() | SnoaL-like domain-containing protein | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Homologous of AkaM / catalyzing tandem cyclization. | ||||||
機能・相同性 | SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / SnoaL-like domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, B. / Zhu, A. / Ma, X.X. / Ge, H.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Tandem Michael addition and Knoevenagel condensation catalyzed by NTF2-Like Enzymes as iminium catalysis 著者: Liu, C.L. / Zhang, B. / Ge, H.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 3 - 121 / Label seq-ID: 3 - 121
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.943107759689, -0.0295911266557, -0.33116781069), (0.0257157762366, -0.999539980438, 0.0160787548534), (-0.33149125549, 0.00664776115191, 0.943434870463)ベクター: ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.943107759689, -0.0295911266557, -0.33116781069), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14548.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SCATT_01420 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: G8X1I4 #2: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.41 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium HEPES 7.5 2 % v/v PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.06→38.82 Å / Num. obs: 16707 / % possible obs: 95.14 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 43.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 17.92 |
反射 シェル | 解像度: 2.06→2.13 Å / Num. unique obs: 1466 / CC1/2: 0.756 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 9IQ3 解像度: 2.06→38.82 Å / SU ML: 0.2903 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.198 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→38.82 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.699677901917 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 2.46919687774 Å / Origin y: 27.1762397647 Å / Origin z: 10.9766063844 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |