PDB-9iq4: Crystal structure of African swine fever virus methyltransferase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9iq4

タイトル

Crystal structure of African swine fever virus methyltransferase EP424R in complex with S-Adenosylhomocysteine

要素

Methyltransferase EP424R

キーワード

VIRAL PROTEIN / ASFV / EP424R / SAH

機能・相同性

機能・相同性情報

7-methylguanosine mRNA capping / methylation / methyltransferase cap1 activity
類似検索 - 分子機能

生物種

African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Wang, Z.X. / Guo, F.L. / Liu, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of African swine fever virus methyltransferase EP424R in complex with S-Adenosylhomocysteine
著者: Wang, Z.X. / Guo, F.L. / Liu, Y.

履歴

登録	2024年7月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9iq4.cif.gz	328.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9iq4.ent.gz	266.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9iq4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9iq4_validation.pdf.gz	728.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9iq4_full_validation.pdf.gz	744.5 KB	表示
XML形式データ	9iq4_validation.xml.gz	36.3 KB	表示
CIF形式データ	9iq4_validation.cif.gz	48.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/9iq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/9iq4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (2) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Methyltransferase EP424R

B: Methyltransferase EP424R

ヘテロ分子

98 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyltransferase EP424R

B: Methyltransferase EP424R

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
98 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.113, 56.918, 100.465
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Methyltransferase EP424R 分子量: 48824.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) 遺伝子: EP424R CDS, EP424R, ASFV-Georgia_4-079 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X0RUW3
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 19%(w/v) PEG 3350, 200 mM Ammonium citrate dibasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→50 Å / Num. obs: 31642 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.63 % / CC_1/2: 0.6402 / Net I/σ(I): 14.06
反射シェル	解像度: 2.42→2.49 Å / Num. unique obs: 2304 / CC_1/2: 0.8633

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
autoPX		データ削減
PHENIX		位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.42→48.54 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2123	1718	5.44 %
R_work	0.2046	-	-
obs	0.205	31574	99.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.42→48.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6482	0	26	231	6739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.105
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.945	2482
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	999
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1128

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.42-2.49	0.2926	146	0.2598	2396	X-RAY DIFFRACTION	97
2.49-2.57	0.2743	124	0.2476	2517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.67	0.2917	143	0.2647	2448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.77	0.2555	135	0.2345	2489	X-RAY DIFFRACTION	99
2.77-2.9	0.2576	132	0.2149	2483	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9-3.05	0.2372	160	0.2223	2479	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.24	0.1887	134	0.2249	2493	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.49	0.1797	135	0.2026	2483	X-RAY DIFFRACTION	99
3.49-3.84	0.19	147	0.1822	2491	X-RAY DIFFRACTION	100
3.84-4.4	0.1854	168	0.1654	2511	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-5.54	0.18	153	0.1672	2497	X-RAY DIFFRACTION	99
5.54-48.54	0.2198	141	0.2175	2569	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1033	0.0729	0.0244	0.4639	-0.1349	0.8919	-0.006	-0.0061	-0.0101	-0.0279	0.0405	0.0313	0.063	0.0007	0.0183	0.0812	0.0114	-0.0005	0.0739	-0.0073	0.1147	-8.2858	21.0677	-37.3572
2	0.3411	-0.1096	0.069	0.596	0.2063	0.4841	-0.0176	-0.0708	0.0405	0.0253	-0.013	-0.0785	-0.0516	0.1036	-0.0024	0.0528	-0.0065	-0.0077	0.0777	0.0191	0.0734	1.1712	31.749	-40.7719
3	0.1012	0.0467	0.0623	0.3234	0.0717	0.5607	0.0072	0.0514	0.0229	0.0107	-0.0045	-0.0171	0.0829	-0.1347	-0.0207	0.1085	0.005	0.0051	0.1225	-0.0091	0.1394	-15.1256	14.4407	-34.0995
4	0.1657	-0.0069	-0.0493	0.4569	0.0928	0.6787	-0.0481	-0.0242	0.0305	-0.0435	0.0689	-0.0526	-0.0104	0.0334	-0.0183	0.0696	-0.0185	-0.0151	0.1282	0.0035	0.1218	26.0531	0.3472	-2.658
5	0.3652	0.2827	0.0651	0.3993	0.2924	0.3356	-0.0892	-0.0261	0.0515	-0.0689	0.0067	0.1051	-0.0587	-0.0203	-0	0.1445	-0.0119	-0.0316	0.1671	0.0142	0.1392	18.5863	0.1678	-20.3826
6	0.1467	0.0326	-0.1216	0.4366	0.0191	0.481	-0.0407	0	0.0262	-0.0016	0.0327	0.0413	-0.0047	0.0522	-0.0009	0.099	-0.0132	0.0093	0.1371	0.0041	0.1177	27.1577	-3.6831	-6.0041

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 163 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 171 through 343 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 344 through 417 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 13 through 135 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 136 through 258 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 259 through 417 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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