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- PDB-9ipw: Crystal structure of VHL-EloB-EloC in complex with a fragment com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ipw
タイトルCrystal structure of VHL-EloB-EloC in complex with a fragment compound 7HC_5(D3)
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードPROTEIN BINDING / E3 ligase / EloB / EloC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / transcription corepressor binding / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / transcription corepressor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / regulation of gene expression / microtubule cytoskeleton / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein stabilization / cilium / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lee, B.I. / Kim, Y.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
Other government
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2025
タイトル: Identification of novel 7-hydroxycoumarin derivatives as ELOC binders with potential to modulate CRL2 complex formation.
著者: Kim, Y. / Baek, S.J. / Yoon, E.K. / Choi, M. / Kim, J.H. / Kim, K. / Park, C.H. / Lee, B.I.
履歴
登録2024年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: Elongin-B
E: Elongin-C
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Elongin-B
H: Elongin-C
I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
J: Elongin-B
K: Elongin-C
L: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,15513
ポリマ－166,94912
非ポリマー2061
水362
1
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7373
ポリマ－41,7373
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area15820 Å2
手法PISA
2
D: Elongin-B
E: Elongin-C
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7373
ポリマ－41,7373
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15790 Å2
手法PISA
3
G: Elongin-B
H: Elongin-C
I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7373
ポリマ－41,7373
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area16280 Å2
手法PISA
4
J: Elongin-B
K: Elongin-C
L: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9434
ポリマ－41,7373
非ポリマー2061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area16200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.443, 94.443, 361.486
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4

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要素

#1: タンパク質
Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11956.372 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: EloB / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質
Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: EloC / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質
von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18806.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: 化合物 ChemComp-A1L2Z / 7-Hydroxy-4-methoxymethylcoumarin / 4-(methoxymethyl)-7-oxidanyl-chromen-2-one


分子量: 206.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12% PEG 8K,0.1M Na cacodylate-HCl pH 6.0, 0.2M Mg acetate, 5mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 62450 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 60.72 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.46
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / Num. unique obs: 10053 / CC1/2: 0.782

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8zv8

8zv8


解像度: 3→49.06 Å / SU ML: 0.4601 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.5939
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2728 3689 5.92 %
Rwork0.2065 58646 -
obs0.2104 62335 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10206 0 15 2 10223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.281414160
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06261595
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01181823
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.24861383
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.040.35941450.30992245X-RAY DIFFRACTION96.53
3.04-3.080.3871350.27172198X-RAY DIFFRACTION99.96
3.08-3.130.36111450.26742289X-RAY DIFFRACTION99.96
3.13-3.170.30681490.26112262X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.220.28111410.26082223X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.270.29981400.24032295X-RAY DIFFRACTION99.96
3.27-3.330.36281380.22942245X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.390.30051470.22962277X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.460.3211390.23342260X-RAY DIFFRACTION99.96
3.46-3.530.31341460.23142248X-RAY DIFFRACTION99.96
3.53-3.60.31651440.22542285X-RAY DIFFRACTION100
3.6-3.690.26011370.22322232X-RAY DIFFRACTION99.96
3.69-3.780.26881480.20612290X-RAY DIFFRACTION99.92
3.78-3.880.31211370.19232237X-RAY DIFFRACTION99.92
3.88-40.21531410.20072257X-RAY DIFFRACTION99.92
4-4.130.2591460.1872259X-RAY DIFFRACTION99.92
4.13-4.270.25321480.17452266X-RAY DIFFRACTION99.88
4.27-4.440.21371360.17072257X-RAY DIFFRACTION99.92
4.44-4.650.24591440.16912267X-RAY DIFFRACTION99.88
4.65-4.890.22911350.17122256X-RAY DIFFRACTION99.83
4.89-5.20.24391440.17892262X-RAY DIFFRACTION100
5.2-5.60.23971450.19652257X-RAY DIFFRACTION99.88
5.6-6.160.28761430.23182244X-RAY DIFFRACTION99.67
6.16-7.050.32931420.23282265X-RAY DIFFRACTION99.67
7.05-8.870.21811460.19622263X-RAY DIFFRACTION100
8.87-49.060.27491280.18732207X-RAY DIFFRACTION97.05

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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