PDB-9iow: Crystal Structure of SME-1 E166A Mutant in complex with Cefaclor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9iow

タイトル

Crystal Structure of SME-1 E166A Mutant in complex with Cefaclor

要素

beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Complex / Carbapenemase mutant / Cephalosporin

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Dhankhar, K. / Hazra, S.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SME-1 E166A Mutant in complex with Cefaclor
著者: Dhankhar, K. / Hazra, S.

履歴

登録	2024年7月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9iow.cif.gz	143 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9iow.ent.gz	91.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9iow.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9iow_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9iow_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9iow_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	9iow_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/9iow ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/9iow	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-lactamase

ヘテロ分子

30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.297, 50.788, 61.91
Angle α, β, γ (deg.)	90, 98.634, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	beta-lactamase / SME E166A 分子量: 30345.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: sme-2, blaSME-1, blaSME-4, blaSME1, SME12620_22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54488, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-Q6R / (R)-2-((R)-((R)-2-amino-2-phenylacetamido)(carboxy)methyl)-5-chloro-3,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid / cefaclor 分子量: 385.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₆ClN₃O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.2M Lithium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→23.46 Å / Num. obs: 8331 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 855 / CC_1/2: 0.925

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→21.476 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 21.918 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.335

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2624	389	4.675 %
R_work	0.1509	7932	-
all	0.156	-	-
obs	-	8321	96.666 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.131 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.526 Å²	0 Å²	0.49 Å²
2-	-	-1.32 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.623 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→21.476 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2058	0	26	43	2127

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	2120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.761	1.824	2858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.306	5	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.592	6.667	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.673	10	373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.599	10	92
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.189	0.2	313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.354	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.167	1.099	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.114	1.977	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.803	1.163	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.782	2.111	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.824	13.445	3364
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.205	3	2120

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.462	0.292	35	0.172	557	0.179	623	0.948	0.982	95.0241	0.158
2.462-2.528	0.35	27	0.16	568	0.168	618	0.911	0.983	96.2783	0.143
2.528-2.601	0.46	23	0.167	528	0.178	571	0.913	0.982	96.4974	0.146
2.601-2.679	0.321	34	0.151	537	0.161	587	0.942	0.987	97.2743	0.135
2.679-2.766	0.242	28	0.149	508	0.154	551	0.96	0.987	97.2777	0.132
2.766-2.861	0.208	20	0.159	503	0.161	535	0.98	0.984	97.757	0.142
2.861-2.967	0.284	22	0.163	512	0.168	546	0.95	0.982	97.8022	0.144
2.967-3.086	0.287	27	0.146	446	0.153	485	0.937	0.986	97.5258	0.13
3.086-3.22	0.279	14	0.146	464	0.15	489	0.95	0.986	97.7505	0.132
3.22-3.373	0.236	17	0.15	426	0.154	454	0.976	0.985	97.5771	0.134
3.373-3.551	0.256	18	0.146	414	0.151	442	0.96	0.987	97.7376	0.135
3.551-3.76	0.242	15	0.151	394	0.154	417	0.967	0.987	98.0815	0.144
3.76-4.011	0.225	19	0.145	371	0.149	401	0.976	0.987	97.2569	0.138
4.011-4.32	0.259	20	0.143	348	0.149	376	0.949	0.988	97.8723	0.136
4.32-4.713	0.189	14	0.14	318	0.142	338	0.985	0.988	98.2249	0.134
4.713-5.238	0.193	17	0.133	284	0.137	307	0.981	0.989	98.0456	0.127
5.238-5.989	0.332	11	0.16	264	0.165	284	0.934	0.985	96.831	0.151
5.989-7.196	0.273	10	0.15	220	0.154	245	0.961	0.986	93.8776	0.143
7.196-9.65	0.264	11	0.145	162	0.151	193	0.982	0.988	89.6373	0.147
9.65-21.476	0.219	7	0.175	107	0.178	132	0.975	0.983	86.3636	0.178

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.5071 Å / Origin y: -0.0038 Å / Origin z: 15.1842 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.021 Å²	0.0089 Å²	-0.0059 Å²	-	0.0761 Å²	0.0003 Å²	-	-	0.0065 Å²
L	1.6236 °²	0.581 °²	0.2592 °²	-	2.0448 °²	0.3103 °²	-	-	1.4238 °²
S	-0.024 Å °	0.0548 Å °	-0.0047 Å °	-0.1182 Å °	0.0506 Å °	-0.0211 Å °	-0.0511 Å °	0.0525 Å °	-0.0266 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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