PDB-9iov: Gossypol bound lactate dehydrogenase A

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 9iov
• タイトル: Gossypol bound lactate dehydrogenase A
• 要素: L-lactate dehydrogenase A chain
• キーワード: OXIDOREDUCTASE / lactate dehydrogenase A / lactate dehydrogenase / gossypol / complex

機能・相同性

分子機能:

L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / cadherin binding / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol

ドメイン・相同性:

L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding domain superfamily

構成要素:

Gossypol / L-lactate dehydrogenase A chain

• 生物種: Homo sapiens (ヒト)
• 手法: X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.98 Å
• データ登録者: Ha, M.S. / Han, C.W. / Jeong, M.S. / Jang, S.B.

資金援助

韓国, 1件

組織	認可番号	国
National Research Foundation (NRF, Korea)		韓国

• 引用: ジャーナル: To be published; タイトル: Gossypol bound lactate dehydrogenase A; 著者: Ha, M.S. / Han, C.W. / Jeong, M.S. / Jang, S.B.

履歴

登録	2024年7月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

集合体

登録構造単位

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

E: L-lactate dehydrogenase A chain

F: L-lactate dehydrogenase A chain

G: L-lactate dehydrogenase A chain

H: L-lactate dehydrogenase A chain

I: L-lactate dehydrogenase A chain

J: L-lactate dehydrogenase A chain

K: L-lactate dehydrogenase A chain

L: L-lactate dehydrogenase A chain

M: L-lactate dehydrogenase A chain

N: L-lactate dehydrogenase A chain

O: L-lactate dehydrogenase A chain

P: L-lactate dehydrogenase A chain

Q: L-lactate dehydrogenase A chain

R: L-lactate dehydrogenase A chain

S: L-lactate dehydrogenase A chain

T: L-lactate dehydrogenase A chain

U: L-lactate dehydrogenase A chain

V: L-lactate dehydrogenase A chain

W: L-lactate dehydrogenase A chain

X: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

概要:

• 879 kDa, 24 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	879,002	25
ポリマ－	878,483	24
非ポリマー	519	1
水	0	0

1

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 146 kDa, 4 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	146,414	4
ポリマ－	146,414	4
非ポリマー	0	0
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	20880 Å2
ΔGint	-138 kcal/mol
Surface area	41940 Å2
手法	PISA

2

E: L-lactate dehydrogenase A chain

F: L-lactate dehydrogenase A chain

G: L-lactate dehydrogenase A chain

H: L-lactate dehydrogenase A chain

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 146 kDa, 4 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	146,414	4
ポリマ－	146,414	4
非ポリマー	0	0
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	20720 Å2
ΔGint	-135 kcal/mol
Surface area	42220 Å2
手法	PISA

3

I: L-lactate dehydrogenase A chain

J: L-lactate dehydrogenase A chain

K: L-lactate dehydrogenase A chain

L: L-lactate dehydrogenase A chain

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 146 kDa, 4 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	146,414	4
ポリマ－	146,414	4
非ポリマー	0	0
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	20720 Å2
ΔGint	-133 kcal/mol
Surface area	42630 Å2
手法	PISA

4

M: L-lactate dehydrogenase A chain

N: L-lactate dehydrogenase A chain

O: L-lactate dehydrogenase A chain

P: L-lactate dehydrogenase A chain

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 146 kDa, 4 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	146,414	4
ポリマ－	146,414	4
非ポリマー	0	0
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	20520 Å2
ΔGint	-139 kcal/mol
Surface area	42900 Å2
手法	PISA

5

Q: L-lactate dehydrogenase A chain

R: L-lactate dehydrogenase A chain

S: L-lactate dehydrogenase A chain

T: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 147 kDa, 4 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	146,932	5
ポリマ－	146,414	4
非ポリマー	519	1
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	20160 Å2
ΔGint	-139 kcal/mol
Surface area	43260 Å2
手法	PISA

6

U: L-lactate dehydrogenase A chain

V: L-lactate dehydrogenase A chain

W: L-lactate dehydrogenase A chain

X: L-lactate dehydrogenase A chain

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 146 kDa, 4 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	146,414	4
ポリマ－	146,414	4
非ポリマー	0	0
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	20360 Å2
ΔGint	-135 kcal/mol
Surface area	43130 Å2
手法	PISA

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.369, 110.924, 217.546
Angle α, β, γ (deg.)	89.98, 90.04, 88.37
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3
4	4
5	5
6	6
7	7
8	8
9	9
10	10
11	11
12	12
13	13
14	14
15	15
16	16
17	17
18	18
19	19
20	20
21	21
22	22
23	23
24	24
25	25
26	26
27	27
28	28
29	29
30	30
31	31
32	32
33	33
34	34
35	35
36	36
37	37
38	38
39	39
40	40
41	41
42	42
43	43
44	44
45	45
46	46
47	47
48	48
49	49
50	50
51	51
52	52
53	53
54	54
55	55
56	56
57	57
58	58
59	59
60	60
61	61
62	62
63	63
64	64
65	65
66	66
67	67
68	68
69	69
70	70
71	71
72	72
73	73
74	74
75	75
76	76
77	77
78	78
79	79
80	80
81	81
82	82
83	83
84	84
85	85
86	86
87	87
88	88
89	89
90	90
91	91
92	92
93	93
94	94
95	95
96	96
97	97
98	98
99	99
100	100
101	101
102	102
103	103
104	104
105	105
106	106
107	107
108	108
109	109
110	110
111	111
112	112
113	113
114	114
115	115
116	116
117	117
118	118
119	119
120	120
121	121
122	122
123	123
124	124
125	125
126	126
127	127
128	128
129	129
130	130
131	131
132	132
133	133
134	134
135	135
136	136
137	137
138	138
139	139
140	140
141	141
142	142
143	143
144	144
145	145
146	146
147	147
148	148
149	149
150	150
151	151
152	152
153	153
154	154
155	155
156	156
157	157
158	158
159	159
160	160
161	161
162	162
163	163
164	164
165	165
166	166
167	167
168	168
169	169
170	170
171	171
172	172
173	173
174	174
175	175
176	176
177	177
178	178
179	179
180	180
181	181
182	182
183	183
184	184
185	185
186	186
187	187
188	188
189	189
190	190
191	191
192	192
193	193
194	194
195	195
196	196
197	197
198	198
199	199
200	200
201	201
202	202
203	203
204	204
205	205
206	206
207	207
208	208
209	209
210	210
211	211
212	212
213	213
214	214
215	215
216	216
217	217
218	218
219	219
220	220
221	221
222	222
223	223
224	224
225	225
226	226
227	227
228	228
229	229
230	230
231	231
232	232
233	233
234	234
235	235
236	236
237	237
238	238
239	239
240	240
241	241
242	242
243	243
244	244
245	245
246	246
247	247
248	248
249	249
250	250
251	251
252	252
253	253
254	254
255	255
256	256
257	257
258	258
259	259
260	260
261	261
262	262
263	263
264	264
265	265
266	266
267	267
268	268
269	269
270	270
271	271
272	272
273	273
274	274
275	275
276	276

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
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74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
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85
86
87
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89
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91
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95
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97
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99
100
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110
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115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
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248
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266
267
268
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271
272
273
274
275
276

要素

#1: タンパク質

A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S ...
L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59

詳細:

分子量: 36603.473 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase

#2: 化合物

Q-401 ChemComp-GO3 / Gossypol / (+)-ゴッシポ-ル

詳細:

分子量: 518.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₀O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

• 研究の焦点であるリガンドがあるか: Y
• Has protein modification: N

実験情報

実験

• 実験: 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

試料調製

• 結晶: マシュー密度: 2.32 ų/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
• 結晶化: 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8% Tacsimate (pH 7.0), 20% PEG 3350

データ収集

• 回折: 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
• 放射光源: 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979 Å
• 検出器: タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月20日
• 放射: プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
• 放射波長: 波長: 0.979 Å / 相対比: 1
• 反射: 解像度: 3.98→35.56 Å / Num. obs: 63704 / % possible obs: 97.02 % / 冗長度: 2.53 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 9.3
• 反射 シェル: 解像度: 4.07→4.17 Å / R_merge(I) obs: 0.051 / Mean I/σ(I) obs: 9.3 / Num. unique obs: 63704

解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.98→35.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.855 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.797 / SU B: 56.42 / SU ML: 0.777 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	Rfactor	反射数	%反射	Selection details
Rfree	0.27315	3390	5.1 %	RANDOM
Rwork	0.23839	-	-	-
obs	0.2401	63704	99.06 %	-

• 溶媒の処理: イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.977 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	-0.01 Å2	0.17 Å2	0.06 Å2
2-	-	-0.01 Å2	-0.1 Å2
3-	-	-	0.03 Å2

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.98→35.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	61632	0	38	0	61670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	62729
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.63	1.622	84880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.831	5	7920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.441	23.628	2712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.71	15	11736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.188	15	264
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.156	0.2	8208
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	45490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
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193	1	K	10641	0.1
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270	1	T	10766	0.1
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271	1	U	10831	0.1
271	2	V	10831	0.1
272	1	U	10807	0.1
272	2	W	10807	0.1
273	1	U	10781	0.1
273	2	X	10781	0.1
274	1	V	10756	0.1
274	2	W	10756	0.1
275	1	V	10926	0.09
275	2	X	10926	0.09
276	1	W	10745	0.1
276	2	X	10745	0.1

LS精密化 シェル

解像度: 3.98→4.081 Å

	Rfactor	反射数	%反射
Rfree	0.251	247	-
Rwork	0.23	4268	-
obs	-	-	90.25 %