PDB-9iom: CapE apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9iom

タイトル

CapE apo form

要素

cUMP-AMP-activated phospholipase

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / CapE / patatin-like phospholipase protein

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholipase A1 / phospholipase A1 activity / lipid catabolic process / fatty acid metabolic process / defense response to virus / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.648 Å

データ登録者

Gao, A. / Wang, J.G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Cyclic-dinucleotide-induced filamentous assembly of phospholipases governs broad CBASS immunity.
著者: Jingge Wang / Zhao Li / Hao Lang / Wenfeng Fu / Yina Gao / Sen Yin / Panpan Sun / Zhaolong Li / Jiafeng Huang / Songqing Liu / Yun Zhu / Fei Sun / Dong Li / Pu Gao / Ang Gao /

要旨: Cyclic-oligonucleotide-based antiphage signaling systems (CBASS), a widespread antiviral bacterial immune system homologous to the mammalian cGAS-STING pathway, synthesizes cyclic nucleotide signals ...

履歴

登録	2024年7月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9iom.cif.gz	75 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9iom.ent.gz	53.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9iom.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9iom_validation.pdf.gz	429.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9iom_full_validation.pdf.gz	431.6 KB	表示
XML形式データ	9iom_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	9iom_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/9iom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/9iom	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	60745C 60746C 9ionC 9iopC 9ioqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cUMP-AMP-activated phospholipase

35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cUMP-AMP-activated phospholipase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法
70.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.215, 89.215, 81.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-513- HOH
2	1	A-521- HOH

#1: タンパク質	cUMP-AMP-activated phospholipase / 3' / 3'-cUAMP receptor CapE / Patatin-like phospholipase 分子量: 35406.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: capE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XGD4, phospholipase A1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.25 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 5% (w/v) PEG1000, 50% (v/v) ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.648→50 Å / Num. obs: 45392 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.089 / Χ²: 1.307 / Net I/σ(I): 6.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.65-1.69	19.9	1.113	2977	0.853	0.96	0.255	1.142	0.446	100
1.69-1.73	19.5	0.867	2981	0.905	0.975	0.201	0.89	0.499	100
1.73-1.78	18.7	0.603	3005	0.941	0.985	0.143	0.62	0.459	100
1.78-1.83	19.4	0.468	2971	0.966	0.991	0.109	0.481	0.492	100
1.83-1.89	19.5	0.366	3012	0.982	0.995	0.085	0.375	0.588	100
1.89-1.96	20	0.336	2976	0.987	0.997	0.077	0.345	0.85	100
1.96-2.03	19.8	0.18	3018	0.995	0.999	0.041	0.184	0.612	100
2.03-2.13	18.5	0.177	3023	0.995	0.999	0.043	0.182	0.98	100
2.13-2.24	19.1	0.117	3015	0.997	0.999	0.027	0.12	0.989	100
2.24-2.38	19.8	0.118	2992	0.997	0.999	0.027	0.121	1.448	100
2.38-2.56	19.8	0.093	3042	0.998	0.999	0.022	0.096	1.525	100
2.56-2.82	18.8	0.088	3028	0.998	0.999	0.021	0.09	1.977	100
2.82-3.23	19.1	0.081	3056	0.998	0.999	0.019	0.083	2.476	100
3.23-4.07	17.7	0.072	3095	0.999	1	0.018	0.074	3.182	100
4.07-50	16	0.066	3201	0.999	1	0.017	0.069	3.493	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.16_3549: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.648→27.97 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2266	2258	4.98 %
R_work	0.2036	-	-
obs	0.205	45343	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.648→27.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2354	0	0	121	2475

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2393
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.83	3233
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.831	1451
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	374
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	414

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.648-1.6839	0.3171	123	0.2856	2662	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6839-1.723	0.2961	143	0.2691	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.723-1.7661	0.2771	145	0.2574	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7661-1.8139	0.2942	151	0.2538	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8139-1.8672	0.2917	155	0.2488	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8672-1.9275	0.3053	141	0.2518	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9275-1.9964	0.2764	141	0.2417	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9964-2.0763	0.2571	162	0.2331	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0763-2.1707	0.2377	129	0.2258	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1707-2.2851	0.2494	138	0.2224	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2851-2.4283	0.2615	137	0.2155	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4283-2.6156	0.242	147	0.2172	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6156-2.8787	0.2152	136	0.1982	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8787-3.2948	0.2504	117	0.2037	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2948-4.1493	0.2146	133	0.1826	2750	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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