PDB-9io7: Crystal Structure of SME-1 Carbapenemase in complex with Zidebactam

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9io7

タイトル

Crystal Structure of SME-1 Carbapenemase in complex with Zidebactam

要素

beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Complex / DBO / Class A Carbapenemase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Dhankhar, K. / Hazra, S.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SME-1 Carbapenemase in complex with ZIdebactam
著者: Dhankhar, K. / Hazra, S.

履歴

登録	2024年7月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9io7.cif.gz	142.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9io7.ent.gz	90.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9io7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9io7_validation.pdf.gz	951.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9io7_full_validation.pdf.gz	955 KB	表示
XML形式データ	9io7_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	9io7_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/9io7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/9io7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-lactamase

ヘテロ分子

30.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.884, 50.18, 60.586
Angle α, β, γ (deg.)	90, 97.939, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	beta-lactamase / SME-1 分子量: 30403.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: sme-2, blaSME-1, blaSME-4, blaSME1, SME12620_22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54488, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-C8V / (2S,5R)-1-formyl-N'-[(3R)-piperidine-3-carbonyl]-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carbohydrazide / OPEN FORM - Zidebactam 分子量: 393.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₃N₅O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.2M lithium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→23.159 Å / Num. obs: 8470 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.3 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 872 / CC_1/2: 0.972

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→23.159 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.852 / SU B: 22.282 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.335 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2668	418	4.945 %
R_work	0.1833	8035	-
all	0.187	-	-
obs	-	8453	99.764 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.373 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.893 Å²	-0 Å²	0.216 Å²
2-	-	0.143 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.589 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→23.159 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2058	0	30	36	2124

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.927	1.819	2864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.881	5	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.165	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.488	10	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.505	10	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	960
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.27	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.508	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.394	0.657	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.351	1.179	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.57	0.716	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.542	1.293	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.588	7.95	3247
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.428	3	2125

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.462	0.245	28	0.193	573	0.196	601	0.965	0.978	100	0.17
2.462-2.529	0.318	29	0.194	588	0.2	617	0.943	0.976	100	0.178
2.529-2.601	0.419	27	0.206	542	0.215	569	0.95	0.975	100	0.185
2.601-2.68	0.262	21	0.192	542	0.195	563	0.962	0.979	100	0.172
2.68-2.767	0.286	41	0.188	524	0.195	565	0.957	0.979	100	0.171
2.767-2.862	0.34	25	0.235	494	0.24	519	0.91	0.968	100	0.211
2.862-2.969	0.253	27	0.212	499	0.214	526	0.962	0.97	100	0.192
2.969-3.088	0.389	25	0.211	461	0.219	486	0.909	0.97	100	0.191
3.088-3.222	0.272	27	0.201	458	0.205	485	0.961	0.972	100	0.194
3.222-3.376	0.247	25	0.201	426	0.203	451	0.95	0.975	100	0.197
3.376-3.555	0.257	20	0.186	423	0.189	443	0.955	0.98	100	0.184
3.555-3.765	0.222	20	0.188	381	0.19	405	0.959	0.979	99.0123	0.185
3.765-4.017	0.255	20	0.176	371	0.18	391	0.962	0.983	100	0.18
4.017-4.328	0.156	17	0.126	347	0.127	366	0.984	0.99	99.4536	0.126
4.328-4.725	0.107	13	0.121	324	0.121	337	0.991	0.99	100	0.125
4.725-5.255	0.255	12	0.146	298	0.15	311	0.968	0.988	99.6785	0.152
5.255-6.017	0.406	13	0.202	267	0.212	280	0.956	0.975	100	0.207
6.017-7.248	0.242	15	0.206	215	0.208	231	0.974	0.976	99.5671	0.208
7.248-9.782	0.327	6	0.163	182	0.166	188	0.923	0.984	100	0.171
9.782-23.159	0.252	7	0.163	120	0.167	127	0.981	0.987	100	0.171

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 12.7387 Å / Origin y: -0.1451 Å / Origin z: 14.6964 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1066 Å²	0.0151 Å²	0.0265 Å²	-	0.0534 Å²	0.0107 Å²	-	-	0.0078 Å²
L	2.7863 °²	0.6425 °²	0.3419 °²	-	1.5928 °²	0.0859 °²	-	-	1.2539 °²
S	0.024 Å °	0.0339 Å °	0.0339 Å °	-0.0202 Å °	-0.0206 Å °	-0.0004 Å °	-0.0249 Å °	0.0798 Å °	-0.0035 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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