PDB-9io6: Crystal Structure of SME-1 Carbapenemase in complex with Nacubactam.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9io6

タイトル

Crystal Structure of SME-1 Carbapenemase in complex with Nacubactam.

要素

beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Carbapenemase / DBO / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Dhankhar, K. / Hazra, S.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SME-1 Carbapenemase in complex with Nacubactam.
著者: Dhankhar, K. / Hazra, S.

履歴

登録	2024年7月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9io6.cif.gz	278.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9io6.ent.gz	185.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9io6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9io6_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9io6_full_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示
XML形式データ	9io6_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	9io6_validation.cif.gz	37.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/9io6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/9io6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-lactamase

B: beta-lactamase

ヘテロ分子

62.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.731, 52.206, 78.133
Angle α, β, γ (deg.)	90, 114.549, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 267 / Label seq-ID: 3 - 269

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	beta-lactamase / SME-1 分子量: 30403.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: sme-2, blaSME-1, blaSME-4, blaSME1, SME12620_22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54488, beta-lactamase

-
非ポリマー , 6種, 252分子

#2: 化合物	ChemComp-OP0 / (2S,5R)-N-(2-aminoethoxy)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide 分子量: 326.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₈N₄O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.2 M Lithium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→24.65 Å / Num. obs: 32338 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 2.07→2.13 Å / Num. unique obs: 2492 / CC_1/2: 0.821

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.07→24.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 11.891 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.19

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2353	1640	5.073 %
R_work	0.1775	30685	-
all	0.181	-	-
obs	-	32325	99.907 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.505 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.154 Å²	0 Å²	-0.354 Å²
2-	-	0.583 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.631 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→24.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4130	0	93	235	4458

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	4334
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.813	1.825	5817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.612	5	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.543	5	39
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.382	10	755
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.512	10	189
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	633
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3222
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	2957
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.284	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.482	0.963	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.453	1.731	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.205	1.08	2198
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.377	1.932	3149
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.547	11.468	6718
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.722	3	4334
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.073	0.05	8916

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07315	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07315	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.07-2.123	0.289	135	0.218	2212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.123-2.181	0.243	106	0.189	2232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.181-2.244	0.252	118	0.183	2097	X-RAY DIFFRACTION	100
2.244-2.312	0.278	87	0.187	2069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.312-2.387	0.319	100	0.188	2018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.387-2.47	0.265	126	0.181	1932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.563	0.26	98	0.189	1844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.563-2.666	0.224	87	0.176	1809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.666-2.783	0.264	92	0.193	1742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.783-2.917	0.268	91	0.194	1662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.917-3.073	0.223	65	0.193	1599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.073-3.256	0.253	77	0.187	1511	X-RAY DIFFRACTION	100
3.256-3.476	0.231	80	0.18	1395	X-RAY DIFFRACTION	100
3.476-3.749	0.221	82	0.174	1321	X-RAY DIFFRACTION	99.9288
3.749-4.097	0.202	74	0.151	1206	X-RAY DIFFRACTION	100
4.097-4.565	0.174	53	0.148	1105	X-RAY DIFFRACTION	99.9137
4.565-5.241	0.186	43	0.139	1013	X-RAY DIFFRACTION	100
5.241-6.348	0.167	49	0.17	838	X-RAY DIFFRACTION	100
6.348-8.694	0.246	41	0.17	669	X-RAY DIFFRACTION	100
8.694-24.65	0.191	36	0.164	411	X-RAY DIFFRACTION	98.6755

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9992	-0.0347	0.1902	1.5209	0.666	1.4882	0.0671	-0.0142	-0.0252	0.0204	-0.049	-0.0773	-0.011	0.0083	-0.018	0.0178	-0.0194	-0.0102	0.0324	0.0212	0.0195	-22.7792	0.1271	8.2878
2	1.3276	-0.1266	0.2417	1.5941	0.6426	1.4491	-0.0297	-0.073	-0.0563	0.1045	0.0901	-0.062	0.0435	0.0005	-0.0604	0.0075	0.006	-0.0039	0.0114	0.002	0.0073	-38.0968	1.9644	41.9608

精密化 TLSグループ

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