PDB-9io1: INTERACTION BETWEEN A FLUOROQUINOLONE DERIVATIVE KG022 AND RNAS: ...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 9io1

タイトル

INTERACTION BETWEEN A FLUOROQUINOLONE DERIVATIVE KG022 AND RNAS: EFFECT OF BASE PAIRS 5' ADJACENT TO THE BULGE OUT RESIDUES

要素

RNA (5'-R(*GP*GP*AP*UP*AP*CP*UP*UP*UP*CP*GP*AP*GP*UP*CP*AP*UP*CP*C)-3')

キーワード

RNA / FLUOROQUINOLONE / INTERACTION / SPECIFICITY

機能・相同性

Chem-53D / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / na

データ登録者

Ichijo, R. / Kawai, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Specific Interaction between a Fluoroquinolone Derivative, KG022, and RNAs with a Single Bulge.
著者: Ichijo, R. / Kawai, G.

履歴

登録	2024年7月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9io1.cif.gz	149.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9io1.ent.gz	123 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9io1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9io1_validation.pdf.gz	608.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9io1_full_validation.pdf.gz	663.5 KB	表示
XML形式データ	9io1_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	9io1_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/9io1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/9io1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9io0C 9iorC 9iosC 9iouC C: 同じ文献を引用 (文献)
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#121 - 2010年1月
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リボスイッチ (Riboswitches)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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伸長因子 (Elongation Factors)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*UP*AP*CP*UP*UP*UP*CP*GP*AP*GP*UP*CP*AP*UP*CP*C)-3')

ヘテロ分子

6.46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: NMR Distance Restraints, not applicable

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	11 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(GPGPAPUPAPCPUPUPUPCPGPAPGPUPCPAPUPCPC)-3') 分子量: 6015.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus* (ハツカネズミ)
#2: 化合物	ChemComp-53D / 1-cyclopropyl-N-[3-(dimethylamino)propyl]-7-(4-ethylpiperazin-1-yl)-6-fluoranyl-4-oxidanylidene-quinoline-3-carboxamide 分子量: 443.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₄FN₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 0.44 mM RNA (5'-R(*GP*GP*AP*UP*AP*CP*UP*UP*UP*CP*GP*AP*GP*UP*CP*AP*UP*CP*C)-3'), 0.66 mM 53D, 95% H2O/5% D2O
Label: sample1 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.44 mM	RNA (5'-R(GPGPAPUPAPCPUPUPUPCPGPAPGPUPCPAPUPCP*C)-3')	none	1
0.66 mM	53D	none	1

試料状態

イオン強度: 50 mM / Label: condition1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Sparky	3	Goddard	chemical shift assignment
CNS	1.3	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	structure calculation
Sparky	3	Goddard	peak picking

精密化

手法: na / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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